NEB方法搜索固态电解质中锂离子迁移路径，构建初末态结构的几个问题求助

木小虫427 · 发表于 Post on 2019-11-20 11:38:40

正在用VASP计算固态电解质的锂离子迁移路径，采用NEB方法，但是构建末态结构的时候有几个小问题，特来求助各位大牛。希望大牛有时间可以指点一二。
VASP官网上没有看到锂电相关的案例，不过在QATK上看到有研究LiFePO4中锂离子的扩散的例子，初态结构是把一个Li原子删掉，末态则是把这个原子b/c方向一个邻近的Li原子移到初态那个被删掉的Li位。然后再分别进行结构优化，用优化之后的结构去进行过渡态搜索。那么请问：

1. 我已经结构驰豫得到了一个完整的结构，那么在我删掉一个Li原子之后再去优化，其他原子难道不会为了新的能量平衡而改变位置吗？末态结构也要优化，那优化之后初末态结构在原子上的差别不就不止那一个Li原子了？感觉不太合理，是我理解的有问题吗？
2. 我在文献里看到有用“补偿电荷“来取代锂空位的说法，这样是为了解决我的第一个问题吗？那么这个“补偿电荷“反映在构建结构上应该怎么操作呢？

希望各位前辈可以不吝赐教，非常感谢！

好好科研 · 发表于 Post on 2021-12-22 08:28:20

请问 Figure S8的文献DOI能分享一下吗

多次拒绝斯佳丽 · 发表于 Post on 2020-12-30 22:14:09

烦请问一下去掉一个Li+后NELECT最后你设置多少呢？上面你们的交流我越看越懵逼…谢谢

ziukuang · 发表于 Post on 2020-9-24 16:14:01

卡开发发发表于 2020-9-24 15:52
按道理不需要，因为通常要模拟一个离子的迁移需要足够大的晶胞来避免镜像上迁移的离子间的作用，即便会偏 ...

好的，谢谢老师！

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-9-24 15:52:48

ziukuang 发表于 2020-9-24 15:48
了解了，谢谢。另外，在计算某一个离子迁移能垒的时候，是不是要fix其他的原子？不然晶胞貌似会跑乱掉。

按道理不需要，因为通常要模拟一个离子的迁移需要足够大的晶胞来避免镜像上迁移的离子间的作用，即便会偏离原来的结构也是迁移路径附近的一些原子。

ziukuang · 发表于 Post on 2020-9-24 15:48:08

卡开发发发表于 2020-9-24 11:09
就初始的晶格来说，还是应该优化。构建路径的时候，很严格来说，晶格还是应该进行优化的。但是有些程序可 ...

了解了，谢谢。另外，在计算某一个离子迁移能垒的时候，是不是要fix其他的原子？不然晶胞貌似会跑乱掉。

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-9-24 11:09:00

ziukuang 发表于 2020-9-24 08:51
你好，想问一个类似的问题：在计算离子迁移势垒时，优化初始结构的时候是要固定基矢，只优化原子位置吗？

就初始的晶格来说，还是应该优化。构建路径的时候，很严格来说，晶格还是应该进行优化的。但是有些程序可能做不了变晶格的过渡态搜索，可能只能容忍一些误差。

ziukuang · 发表于 Post on 2020-9-24 08:51:52

卡开发发发表于 2019-12-23 18:31
确定没磁性可以ISPIN=1，一个晶胞内的电子数是奇数不表示整个体系每个晶胞都包含一个单电子，比较典型的 ...

你好，想问一个类似的问题：在计算离子迁移势垒时，优化初始结构的时候是要固定基矢，只优化原子位置吗？

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-12-23 18:31:24

木小虫427 发表于 2019-12-23 15:24
谢谢老师的回复，这段时间没有登录才看到，真是不好意思！
因为删去一个离子之前结构驰豫的时候试过ISPI ...

确定没磁性可以ISPIN=1，一个晶胞内的电子数是奇数不表示整个体系每个晶胞都包含一个单电子，比较典型的体系是Cu的原胞，只有一个Cu原子，按道理是奇数电子，但我们知道这个体系就不是磁性体系。

木小虫427 · 发表于 Post on 2019-12-23 15:24:20

duguex 发表于 2019-12-3 17:30
383电子为什么ispin=1;
你的结构优化精度太低了, 要适当改小potim和ediff/ediffg

谢谢老师的回复，这段时间没有登录才看到，真是不好意思！
因为删去一个离子之前结构驰豫的时候试过ISPIN=2，能量和ISPIN=1相比没有变化，mag也等于0，之后就一直用的ISPIN=1，请问如果删去一个离子之后剩余电子是单数，就要令ISPIN=2吗？如果是双数而且知道这个体系没有磁性还用改吗？
是的老师，因为这个是初算，二次驰豫的时候已经把精度调高了~

duguex · 发表于 Post on 2019-12-3 17:30:58

383电子为什么ispin=1;
你的结构优化精度太低了, 要适当改小potim和ediff/ediffg

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-12-2 18:06:46

ghifi37 发表于 2019-12-2 15:17
感谢！我想设置不同原子带不同电荷，一直在VASP里找不到办法

不过要小心的是，一般只能处理过剩电荷比较局域的团簇或三维周期体系，而且得进行一些修正，参考手册6.64~6.65。

ghifi37 · 发表于 Post on 2019-12-2 15:17:59

卡开发发发表于 2019-12-2 15:02
只是通过设置NELECT让电子富余就行。

感谢！我想设置不同原子带不同电荷，一直在VASP里找不到办法

卡开发发 · 发表于 Post on 2019-12-2 15:02:32

ghifi37 发表于 2019-12-2 14:58
请教一下，VASP的POSCAR不是以原子为单位进行构建的吗？如何只拿掉离子而留下电子？还是只是通过设置NELE ...

只是通过设置NELECT让电子富余就行。

ghifi37 · 发表于 Post on 2019-12-2 14:58:27

本帖最后由 ghifi37 于 2019-12-2 15:01 编辑

卡开发发发表于 2019-11-28 18:55
1. 超胞的价电子原本是384个，拿掉锂离子(Li+)，电子还留在在格子里面，剩下多少电子？当然还得看赝势或p ...

请教一下，VASP的POSCAR不是以原子为单位进行构建的吗？如何只拿掉离子而留下电子？还是只是通过设置NELECT让电子富余？

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