lammps例子个人搜集-2015年

朱雪刚

lammps入门需要上网查资料。有相关的入门引导。本人纯粹自学，还是在一楼说说自学过程吧。

前段时间一个视屏讲的分子入门引导，主要是为lammps做准备，优酷视屏，感觉挺好。在此分享网址（该网址已不可用2024.04.05）

附件将添加我搜集的lammps例子。这些例子我也只是看过，但是没有去进行调试和运行。这些资料有些有说明有些没有说明，我挑拣着把有例子的放到一个文件夹内都上传了。例子有重复。
希望大家把有关lammps的例子等资料多多分享。如果有相关的资料，希望回复我个网址或上传一些资料

另外超哥的帖子里边第二个网址有详细的in文件和说明，有的还有分析过程，英语。那个网址我今年春天才从同学那里得到有种相见恨晚的感觉。
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ypeid%26typeid%3D29

资料是2015年手机的，已经旧了，并未更新

shc

哥，谢谢你的经验和经历分析。我导也是叫我搞这个，搞了几天还没入门，都想放弃了，看到你的贴子觉得应该再试一试

KCM@SHU

朱雪刚 发表于 2015-8-14 10:03
14年3月份儿，导师指定一片已经毕业的师姐的毕业论文，让我用lammps做相似金属的融化。
师姐说lammps要看 ...

老师您好，我想请问一下老师lammps粗粒化力场一般怎么获得呢？最近刚开始学习lammps，我看网上说Martine力场可以生成粗粒化力场，但是我看那个好像是针对GROMACS的，还是GROMACS和lammps的力场其实是可以相互转换的呢？

朱雪刚

John_Tao 发表于 2024-4-4 15:32
感谢分享，去好好学习一下

可以看我最近正在写的教程。飞书文档https://ucoyxk075n.feishu.cn/doc ... ?from=from_copylink，针对没有dp经验的新手，上手做的教程，还在撰写过程中，希望大家给提出意见。

John_Tao

感谢分享，去好好学习一下

朱雪刚

现阶段做动力学模拟最好做dp势函数或者nep势函数，教程比较多，上手相对容易。

朱雪刚

推一下帖子，再占个楼，说明我还在搞这一块，最近参加了cp2k的培训，如果要用cp2k参加培训是可以快速上手的。

Ruanruan

请问一下lammps粗粒化的in文件书写时弹性常数k怎么获得呢

米咚咚丶

谢谢

shixin

zhanlou

WB1040720479

楼主可以分享一下拟合势函数的过程和经验嘛

朱雪刚

chenxia12 发表于 2020-7-31 16:55
请问楼主您粗粒化的粒子坐标是怎么得到的呀？您有适合新手的粗粒化教程推荐吗？不做蛋白质的。非常感谢！

这个简单，比如说我用的是石墨烯的molecular模型，模型中需要有原子坐标，两原子间的键，三原子间的键角，四原子间的二面角。那么，首先我用excell把原子的序号和坐标x，y，z输入，需要注意这里原子的距离比较大，然后重新建立一个excell表格，把原子1跟2之间的键输入，然后再建立excell，把二面角输入，等等。
另外，编程写更简单，可以试试。你可以随便找个材料的data文件，看看里边的格式，然后按照那个格式给自己的data就行。只要你敢尝试，总能找到办法

chenxia12

请问楼主您粗粒化的粒子坐标是怎么得到的呀？您有适合新手的粗粒化教程推荐吗？不做蛋白质的。非常感谢！

朱雪刚

liudy02 发表于 2020-5-13 01:37
非常感谢楼主的分享，帮了大忙了

我都没想到这个帖子还有很多人在看。

朱雪刚

tjuptz 发表于 2019-8-13 16:04
好奇楼主后来毕业了没有

毕业了，博士毕业了，毕业是模拟简单的材料生长，其实拟合势函数也能毕业，只不过导师项目不需要了。