请教：与forcefield.itp文件中dihedraltypes (propers)相关的报错如何解决

yihanxu

Sob老师好，各位老师好！运行GMX 2018.4的时候报错：“Command line:
  gmx grompp -f em.mdp -c SS_1.pdb -p SS.top -o SS_1_em.tpr

Setting the LD random seed to 1171463889

ERROR 1 [file forcefield.itp, line 330]:
  Encountered a second block of parameters for dihedral type 9 for the same
  atoms, with either different parameters and/or the first block has
  multiple lines. This is not supported.


ERROR 2 [file forcefield.itp, line 331]:
  Encountered a second block of parameters for dihedral type 9 for the same
  atoms, with either different parameters and/or the first block has
  multiple lines. This is not supported.”

基于GAFF的forcefield.itp中 line 330和 line 331 为     
[ dihedraltypes ] ; propers
; for gromacs 4.5 or higher, using funct 9

c3     ss     ss     c3      9     0.00   2.51040   3 ;   

c3     ss     ss     c3      9     0.00  14.64400   2 ;

想请教各位老师，为什么会报错呢？如何解决？
谢谢！

sobereva

Lyueyang2020 发表于 2024-3-26 10:49
非常感激老师的回复，请问去重有何依据原则，该保留哪一项参数呢，例如
“  CG2O1   CG311   OG311    H ...

这和前面我说的是两码事
function type = 9说明这是不同周期性函数叠加构成的二面角项，不需要也不能去掉

Lyueyang2020

sobereva 发表于 2020-1-3 20:22
在forcefield.itp的285行已经定义了一遍
     c3     ss     ss     c3      9     0.00   2.51040   3 ;  ...

非常感激老师的回复，请问去重有何依据原则，该保留哪一项参数呢，例如
“  CG2O1   CG311   OG311    HGP1     9  0.000000e+00  1.464400e+00      1
CG2O1   CG311   OG311    HGP1     9  0.000000e+00  1.548080e+00      2
CG2O1   CG311   OG311    HGP1     9  1.800000e+02  4.184000e-02      3”
感谢老师赐教！

yihanxu

sobereva 发表于 2020-1-3 06:22
在forcefield.itp的285行已经定义了一遍
     c3     ss     ss     c3      9     0.00   2.51040   3 ;  ...

感谢老师！

sobereva

在forcefield.itp的285行已经定义了一遍
     c3     ss     ss     c3      9     0.00   2.51040   3 ;   
     c3     ss     ss     c3      9     0.00  14.64400   2 ;  
显然不能在后头又重新定义一遍

你的输入文件里还有一些其它重复的，可能会造成模拟出问题
将二面角项合并的时候记得要去重

yihanxu

sobereva 发表于 2020-1-2 05:42
把产生tpr用到的所有文件打包上传

谢谢老师。见附件。

sobereva

把产生tpr用到的所有文件打包上传