求助：氯仿力场文件缺失怎么解决

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 14:29:11

用UFF力场生成氯仿的拓扑文件时，[ dihedrals ]部分缺失了参数，不知道原因为何？UFF力场不应该普适性很高？想请教一下在不换力场的前提下，该如何解决这个问题？
下面是力场参数：
[ moleculetype ]
; Name    nrexcl
UFF 3

[ atoms ]
; nr type  resnr residue atom    cgnr charge    mass
1       H_    1 UFF    H_    1    0.0000    1.0079
2       C_3    1 UFF    C_3    2    0.0000 12.0107
3       Cl    1 UFF    Cl    3    0.0000 35.4530
4       Cl    1 UFF    Cl    4    0.0000 35.4530
5       Cl    1 UFF    Cl    5    0.0000 35.4530

[ bonds ]
; found 2 unique bond terms
; [0]    H_    C_3       1       0.1109  277224.2634
; [1]    C_3 Cl       1       0.1778  222090.5714
5    2    1    0.1778  222090.5714 ; Cl    C_3 type 1
3    2    1    0.1778  222090.5714 ; Cl    C_3 type 1
2    4    1    0.1778  222090.5714 ; C_3 Cl    type 1
2    1    1    0.1109  277224.2634 ; C_3 H_    type 0

[ angles ]
; G96 (cosine) angles
; found 2 unique angle terms
; [0]    H_    C_3 Cl       109.4700  466.8945
; [1]    Cl    C_3 Cl       109.4700  911.1823
3    2    5    2 109.4700 911.1823 ; Cl    C_3 Cl type 1
4    2    5    2 109.4700 911.1823 ; Cl    C_3 Cl type 1
1    2    5    2 109.4700 466.8945 ; H_    C_3 Cl type 0
3    2    4    2 109.4700 911.1823 ; Cl    C_3 Cl type 1
1    2    3    2 109.4700 466.8945 ; H_    C_3 Cl type 0
1    2    4    2 109.4700 466.8945 ; H_    C_3 Cl type 0

[ dihedrals ]
; proper torsion terms
; found 0 unique dihedral terms

[ dihedrals ]
; inversion terms (improper dihedrals)
; found 0 unique inversion terms

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 20:57:49

sobereva 发表于 2020-1-3 18:40
Cl用GAFF、OPLS-AA、CGenFF都可以
B这种上述力场都没有的情况，用UFF凑合一下还算有一定理由

多谢卢老师，这就是我采用UFF的理由了

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 18:40:35

kay 发表于 2020-1-3 18:05
好的，谢谢卢老师，那请教卢老师类似B，cl这类原子，用那种力场描述会更好一些

Cl用GAFF、OPLS-AA、CGenFF都可以
B这种上述力场都没有的情况，用UFF凑合一下还算有一定理由

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 18:05:06

sobereva 发表于 2020-1-3 17:20
PS：UFF用于氯仿绝对不是好选择

好的，谢谢卢老师，那请教卢老师类似B，cl这类原子，用那种力场描述会更好一些

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 17:20:56

PS：UFF用于氯仿绝对不是好选择

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 16:32:14

liuyuje714 发表于 2020-1-3 14:51
我很想弱弱的问你一句，三氯甲烷结构中有二面角？

sorry，打扰了，这是遇问题遇多了综合征

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-1-3 14:51:47

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-1-3 14:52 编辑

我很想弱弱的问你一句，三氯甲烷结构中有二面角？

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