计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 14530|回复 Reply: 16
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[其它] 在Multiwfn四处攻城略地的情况下,我可以宣布NLO Calculator接近寿终正寝了

[复制链接 Copy URL]

592

帖子

12

威望

4799

eV
积分
5631

Level 6 (一方通行)

密度泛函·小卒

本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-17 14:41 编辑

  我记得sob说过一句话,大概意思是“由于Multiwfn不断发展,已经让几十个波函数分析程序失去了存在的价值”。
  终于有一天,我也可以宣布NLO Calculator寿终正寝了。
  严格来讲,非线性光学计算,不算波函数分析,但是它跟波函数有千丝万缕的联系。我想也正是这个原因,让sob豪气万分地扫荡了这一区域吧。
  前几天我试用了Multiwfn中的NLO计算部分,发现这部分功能已经涵盖了NLO Calculator至少一半儿的功能了。
  还没涵盖的功能之一是“Harmonic light intensity as a function of the polarization angle Ψ by polar representation”(可见JPCA, 2012, 116, 10249的Fig. 5)但是这个很简单的,就是几个小公式而已。
  功能之二是“非线性光学材料的阻尼震荡”(Multiwfn计算的是无阻尼震荡),这个其实也蛮简单的,因为计算公式也已经被我们推导来出了,并发表了。
  之三是“the Movie of Periodic vibration of electron density distribution driven by an external electromagnetic field with the electric field”,这个其实还是简单的,就是在外加电场条件下进行电子云密度偏转的计算,然后连接成gif动画而已。
  之二之三,都可以见ChemPhysChem 2015, 16, 1889,至于gif动画可见该文章的Supporting Information

  如果sob神再把上述这几个功能加上,我觉得NLO Calculator就真的可以彻底寿终正寝了。@ChemiAndy @jiewei @sobereva @14xlliu @卡开发发 @我本是个娃娃  @小范范1989 @superrice

  其实NLO Calculation的编写,纯属偶然。我爱人还在读博士生的时候,新接触了一个领域,共轭分子体系的二阶非线性光学效应的理论模拟。她啃了一堆文献。
  这一行儿三个方法,SOS方法,CPHF或CPDFT方法,FF方法。其中FF方法我们嫌太糙,就嫌弃它,不用它。而且国内有一个重要的实验兼理论的课题组也一直用FF方法进行模拟,我们也不想跟人家撞车抢饭碗。更重要的是FF方法无法加入动态超极化率的计算,这是很严重的缺点。
  至于SOS呢,我们用不起。我们当时要研究的体系太大了,而SOS方法需要考虑上百个激发态才有准确性。SOS(zindo)计算太不准确了,SOS(CIS)计算量可以接受但是在大多数情况下也不够准,而SOS(TD-DFT)计算上百个states我们有点承受不起。
  最后我们选了CP-DFT(CAM-B3LYP或LC-BLYP)。
  说是“我们选了”,其实是我爱人选了。她负责idea,我去实现这个程序。我爱人就是这个程序的第一位用户。连名字都是她起的。她说:“这个计算器还挺好用的,挺快捷”。于是我就直接命名为Calculator了。即将发布的时候,我又加了个缩写词NLO,变成了NLO Calculator(非线性光学计算器)。第一个发布版本叫v 0.2
  后来我继续研究其他领域去了,对NLO的关注度就变小了。后来别人在使用NLO Calculator的时候给出一些bug报告,我便稍稍改动它,于是便有了v 0.21,v 0.22。此时,它还仍旧是一个无阻尼震荡程序。再后来,有个本科毕设的好娃娃,完成了CP-DFT的震荡公式中加入阻尼系数的推导和coding,我便改动版本号为v 0.23。这几年课题组对NLO材料进行了许多实验研究和某些理论研究。有时候需要用到它了就拿来用一用。用不到它的时候也实在想不起它。
  这个故事好平淡啊,毕竟我这几年也根本没在它身上投入什么精力。浑浑噩噩地让它小范围流传了,我也没关心。这几天要提交一个基金申请书,我突然想起,我要不要看看NLO Calculator被引用了多少次啦?没想到居然也有了十几次了。无心插柳,居然也有人关注。其实这本是我为了方便我爱人的研究而做的一个小程序,而事实上我爱人(L. Zhang)也只用过它一次,后来她也转到别的领域去了。现在看到被T. Zhang呀C.-G. Liu呀J. Wang呀S. Chen呀X. Zhang呀H.-Q. Wu呀L. Zhao呀C. Chen呀C. Wang等人用起来了,我居然有点默默感谢他们的感觉。其实这里面有俩人儿,我认得他们的名字,因为他们以前用邮件给我报告过bug的。这里还应该提及我的师兄Y. Zhang。他的在国外做博后时期,做的一项工作对我们影响重大(Y. Zhang, B. Champagne, J. Phys. Chem. C, 2012, 116, 21973),第二项工作对我们影响较大(Y. Zhang, B. Champagne, J. Phys. Chem. C, 2013, 117, 1833),第三项工作有一定影响(Y. Zhang, F. Castet, B. Champagne, Chem. Phys. Lett. 2013, 574, 42)。

  不过这都快成为历史了吧。前几天我试用了Multiwfn中的NLO计算部分,感觉Multiwfn已经几乎让NLO Calculator失去存在的价值了。如果再加上上述三条功能,它真的就没有存在的必要了。
  其实我以前从来没想过说这些。现在觉得它要进坟墓啦,就想随便说说而已,说不清是欣喜还是悲伤,或者两者兼而有之,但貌似第三种情绪,也就是敬佩,更多些吧。Multiwfn功能如此繁多,让我十分佩服。以后世界上不会再有NLO Calculator的存在价值了。立此为悼,亦怀欣喜。



评分 Rate

参与人数
Participants 7
eV +39 收起 理由
Reason
wzkchem5 + 5
kevin + 5 赞!
ChemiAndy + 5 赞!
小范范1989 + 5 牛!
aaa + 4 好萌好萌好萌!
卡开发发 + 5 你太可爱
sobereva + 10 谢谢,等以后有时间时会把提到的那些加进去

查看全部评分 View all ratings

一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
二十岁天天向上,三十岁基本定向,
四十岁拼命打创,五十岁回首一望,
六十岁告老还乡,七十岁搓搓麻将,
八十岁躺在床上,九十岁挂在墙上,
人生一世,匆匆忙忙,生得嘹亮,走得凄凉!
生活就像五味瓶,酸甜苦辣难消停!
该吃吃,该喝喝,遇事别去心里搁,
想哭哭,想笑笑,烦恼就往云外抛,
记住甜,忘掉苦,亲人朋友好相处,
心情好,最重要,自我麻痹乐逍遥!

1

帖子

0

威望

43

eV
积分
44

Level 2 能力者

17#
发表于 Post on 2023-6-17 00:59:41 | 只看该作者 Only view this author
请问最新版的NLO Calculator ruhexiazai ? 非常感谢!

3

帖子

0

威望

161

eV
积分
164

Level 3 能力者

16#
发表于 Post on 2018-12-16 11:47:35 | 只看该作者 Only view this author
yjcmwgk 发表于 2015-8-17 11:46
我给NLO Calculator立个小墓碑吧。墓碑上就写这个
三年来引用了NLO Calculator的文章们

请问最新版的NLO Calculator ruhexiazai ? 非常感谢!

592

帖子

12

威望

4799

eV
积分
5631

Level 6 (一方通行)

密度泛函·小卒

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-4-25 11:23:06 | 只看该作者 Only view this author
再次增加引用记录
Journal of Molecular Graphics and Modelling 2018, 81, 155
The Journal of Physical Chemistry C 2017, 121, 5731
The Journal of Physical Chemistry A 2015, 119, 767
Journal of Porphyrins and Phthalocyanines 2018, 22, 137
New Journal of Chemistry 2018, 42, 6091
Inorganic Chemistry Frontiers 2016, 3, 1146
Chemical Physics Letters 2015, 641, 5
RSC Advances 2015, 5, 72907
书籍《Intramolecular Charge Transfer: Theory and Applications》中的Chapter 1(DOI:10.1002/9783527801916)
一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
二十岁天天向上,三十岁基本定向,
四十岁拼命打创,五十岁回首一望,
六十岁告老还乡,七十岁搓搓麻将,
八十岁躺在床上,九十岁挂在墙上,
人生一世,匆匆忙忙,生得嘹亮,走得凄凉!
生活就像五味瓶,酸甜苦辣难消停!
该吃吃,该喝喝,遇事别去心里搁,
想哭哭,想笑笑,烦恼就往云外抛,
记住甜,忘掉苦,亲人朋友好相处,
心情好,最重要,自我麻痹乐逍遥!

592

帖子

12

威望

4799

eV
积分
5631

Level 6 (一方通行)

密度泛函·小卒

14#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-10-13 10:53:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-10-13 10:55 编辑
jiewei 发表于 2015-8-19 09:35
坚持不泄啊。  话说 你居然有小号。。。啧啧。。。

我在木虫的时候,小号千千万,如果被骂急了,我能召唤一堆小号冲出来助拳(没真干过这事儿)
曾经我在木虫小号三四十个吧,每一个小号对应的密码都要在本地电脑的txt文件里记录下来。吃多了撑着几个经常出来晃荡的小号儿,甚至都想好了人设,如真实姓名、性别、年龄、文化程度、尤其重要的是性格特征,发帖时候还要换IP。
一出生响亮登场,十几岁快乐成长,
二十岁天天向上,三十岁基本定向,
四十岁拼命打创,五十岁回首一望,
六十岁告老还乡,七十岁搓搓麻将,
八十岁躺在床上,九十岁挂在墙上,
人生一世,匆匆忙忙,生得嘹亮,走得凄凉!
生活就像五味瓶,酸甜苦辣难消停!
该吃吃,该喝喝,遇事别去心里搁,
想哭哭,想笑笑,烦恼就往云外抛,
记住甜,忘掉苦,亲人朋友好相处,
心情好,最重要,自我麻痹乐逍遥!

207

帖子

0

威望

2324

eV
积分
2531

Level 5 (御坂)

13#
发表于 Post on 2015-8-19 09:35:02 | 只看该作者 Only view this author
aaa 发表于 2015-8-18 18:07
呀,某人好像暴露了一个小号儿!小号啊

坚持不泄啊。  话说 你居然有小号。。。啧啧。。。

18

帖子

0

威望

385

eV
积分
403

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2015-8-18 18:07:42 | 只看该作者 Only view this author
jiewei 发表于 2015-8-17 19:45
坚持开发啊! 莫泄气!

呀,某人好像暴露了一个小号儿!小号啊

18

帖子

0

威望

385

eV
积分
403

Level 3 能力者

11#
发表于 Post on 2015-8-18 17:59:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 aaa 于 2015-8-18 18:21 编辑
jiewei 发表于 2015-8-17 19:45
坚持开发啊! 莫泄气!

虽然源码连1000行都不到。但是我实在不想继续“开发”下去了。
原因有几个。
其中有一个原因是:我已经受不了这个程序了。源码极其混乱。我自己都不想读它!血的教训告诉我们,注释是多么重要。
看看这个程序一开头的全局变量定义啊

事实上我从未有过任何“规范写代码”的经历。
再看个例子,我自己愚蠢的例子。
我现在一直用自己写的一个叫做TD-Analy的程序,来进行tddft结果的后处理,但是源码我简直一眼都不想看。
现在看到TD-Analy的代码我都哭笑不得。看看这个,只是为了获得一个文件有多少行儿,我便把文件打开,用readlines()狂读一遍,然后直接关掉。

这种愚蠢到家的代码为什么会产生呢?以前的代码,虽然都是我亲手敲进去的,但是天知道我当时想的是什么。仅仅时隔一周,我就完全无法向原来的代码中添加任何东西了,只好新开一段,对计算量的浪费就这样产生了。

而且,当初我用的这些变量名怎么都这么奇怪啊,我当时到底想表达什么啊?


我现在唯一能看懂的,就是我自己用的那些小脚本儿(要么是bash要么是python,反正我一直拿python当bash用),短则数十行,长也就一百行儿。这些我倒是还能看懂。
我自己写的程序嘛,无任何注释,结构千奇百怪,只要超过500行,绝难维护。

我觉得python害死了我。python这个语言简直就是个奇迹。以数组为例。
看看fortran吧,一个数组是real型,那么这个数组里的元素就都必须是real。在python里,我搞一个数组出来,第一个元素是整形数,第二个元素是实形数,第三个元素是一个字符串,第四个元素是一个小数组,第五个元素是个对象……简直完全没有限制。python的语言的极度灵活,让我的程序也极度“灵活”。我又从不做注释,基本可以死翘翘了

156

帖子

0

威望

3571

eV
积分
3727

Level 5 (御坂)

10#
发表于 Post on 2015-8-18 03:20:35 | 只看该作者 Only view this author
看起来不错啊

296

帖子

1

威望

2588

eV
积分
2904

科音成员

9#
发表于 Post on 2015-8-17 23:53:12 | 只看该作者 Only view this author
这么好的程序还没有用过。下次尝试学习用一下。
华北电力大学数理学院,理论与计算化学,团簇、表面的结构与反应机理。(招第一性原理计算,量子化学计算方向的教师、硕士/博士研究生)

63

帖子

0

威望

748

eV
积分
813

Level 4 (黑子)

公社新人

8#
发表于 Post on 2015-8-17 20:23:23 | 只看该作者 Only view this author
aaa 发表于 2015-8-17 17:27
你是说楼主厉害?还是说sob厉害?

两个都厉害啊,楼主以前在某虫上认识的,很牛的
努力学习,认真工作

1295

帖子

0

威望

6276

eV
积分
7571

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2015-8-17 20:05:23 | 只看该作者 Only view this author
我感觉楼主真的很厉害。在小木虫和sob老师的计算化学公式,给我们这些新手提供的帮助很多。thanks
https://www.x-mol.com/groups/fan_jianzhong

strive for greatness

207

帖子

0

威望

2324

eV
积分
2531

Level 5 (御坂)

6#
发表于 Post on 2015-8-17 19:45:13 | 只看该作者 Only view this author
坚持开发啊! 莫泄气!

18

帖子

0

威望

385

eV
积分
403

Level 3 能力者

5#
发表于 Post on 2015-8-17 17:27:37 | 只看该作者 Only view this author

你是说楼主厉害?还是说sob厉害?

63

帖子

0

威望

748

eV
积分
813

Level 4 (黑子)

公社新人

4#
发表于 Post on 2015-8-17 17:06:11 | 只看该作者 Only view this author
厉害
努力学习,认真工作

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-13 05:27 , Processed in 0.193607 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list