VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0

wypkdhd

• 2020.2.16更新关于各种报错，内存溢出报错（任务跑了一段时间自动停止）等一些列有关mpi不兼容的问题。更新提任务后后台任务stopped的问题。
  

• 2020.4.26针对目前的戴尔R740服务器，以及centos6.9的系统，Intel® Parallel Studio XE 2020 最低支持centos7，故经过测试，vasp5.4.4使用XE2018的时候，会产生Intel MKL的错误Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DSTEIN2。且这个问题只能更新XE解决，故最后采用XE2019 update5，采用2013版本的opemmpi1.6.5不太方便，根据上传的soft-hpc为2015版XE，可以直接单独安装里面的mpi2015，和2019不冲突，只需加入bashrc无需其他操作。
• 2020.11.22针对于曙光I620-G30服务器，centos7.6系统，同样采用intel XE的2019.5.281版本，在编译完成后，同样采用intel2015的mpi，测试完成后正常使用。
• 2021.7.2维护修改了细节，补充了各种所需文件的获取，单机任务号的确定，制作了目录，精简了安装过程。
• 2021.7.8补充在没有网络情况下离线centos7.6安装过程。
• 2021.12.14针对Dell的R750双路Gold6342cpu测试，已正常编译。针对VTST新版本184，区分了vasp6和6之前的版本，修订vasp安装部分的vtst部分。
• 2022.3.5 新年过后发现新的戴尔R750采用的都是H755阵列卡，根据官方文件RHEL_Support_Matrix发现新的H755阵列卡最低支持Centos7.8，后因课题组当年购买的为Materials Studio 2014 即为 MS 8.0，故补充并精简系统安装过程，更新Centos 7.9 系统的MS 8.0安装，防火墙设置以及gateway相关问题。近期将测试 Materials Studio 202x版本看看能否可行。
• 2022.10.20 针对mpi2015在超算等未拥有root条件的机器的安装，进行增补修改。
• 2023.4.18 目前课题组内安装系统已更换为Ventoy工具，故更新系统安装部分，简化系统安装的操作。
• 2023.4.26 针对dellR750的AMD zen3 7543 处理器配置，在vasp安装部分完成后，在bashrc中加入两行export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5和export MKL_CBWR=AVX2即可正常使用并拥有合理计算速度，具体测试有兴趣可查看EPYC 7543和Platinum 8358对比测试。此外，对于Zen 4处理器，EPYC 9654、EPYC 9554、EPYC 9374F等，支持AVX-512，估计只需要export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5加入bashrc即可。
  

本文参考的教程有：正确使用超算中心，5分钟搞定vasp5.4.4编译
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 11111&fromuid=16471
(出处: 计算化学公社)
VASP的最简单的安装方法（含全程视频演示）
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 11812&fromuid=16471
(出处: 计算化学公社)
vasp.6.1.0 更新介绍/安装/测试
http://bbs.keinsci.com/thread-16191-1-1.html(出处: 计算化学公社)
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VASP+VTST编译安装_vtst编译安装,vtstscripts,vasp安装_lwl_666的博客-CSDN博客
(出处: CSDN)
U盘安装CentOS7
(出处: CSDN)
U盘安装centos7.6步骤详细方案(图文教程)
(出处: CSDN)

特别感谢VASPKIT的各位开发者。
VASPKIT: A User-Friendly Interface Facilitating High-Throughput Computing and Analysis Using VASP Code

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GauCPGro

您好，soft-hpc的链接过期了，我加群问了没有要到，方便再分享一个吗？谢谢

L4tte

后来发现直接提交VASP的任务不会报错，前面的报错对应的任务是运行了遗传算法，算法中间会调用VASP计算，但是看报错信息，应该是算法还没开始就报错了

L4tte

网上有些是说mpd未启动，在slurm脚本上加上mpd命令之后err.log的报错更诡异了


/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd:1049: SyntaxWarning: invalid escape sequence '\['
  cmd = "/usr/bin/cpuset -q " + cpuset + " -Q | grep ' CPU\[' | wc -l"
  File "/home/kxzheng/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpd", line 1813
    logFileFD = os.open(self.logFilename,os.O_CREAT|os.O_WRONLY|os.O_EXCL,0600)
                                                                          ^
SyntaxError: leading zeros in decimal integer literals are not permitted; use an 0o prefix for octal integers
/bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory

L4tte

楼主你好，我在运行非root的步骤之后，在集群上提交slurm脚本，遇到了报错，似乎是无法与节点连接？）

----------out.log 内容：

y01是节点名字    kxz是我的用户名

mpiexec_y01(): cannot connect to local mpd (/tmp/mpd2.console_kxz); possible causes:
  1. no mpd is running on this host
  2. an mpd is running but was started without a "console" (-n option)

----------err.log 内容：
/bin/sh: INSTALLDIR: No such file or directory

请问是发生了什么。。。。。

zzaa

wypkdhd 发表于 2023-9-19 20:22
你可以输入 which mpiexec 和which ifort 看返回值，如果都没有。那说明你没加载环境， 看我帖子两行命令 ...

你好，感谢大佬的解答，想问下，安装这个库，命令行就可以操作，还是需要桌面选择啊，我们自己的服务器不在身边，是通过远程连接的，我想如果没有必要，我就不到机器旁边了

wypkdhd

后到咸阳斯蒂庞 发表于 2024-10-31 20:49
楼主您好，我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题，,在mpi安装过程当中并无报错，5.4.4版本可以正 ...

兄弟，我记得vasp6对mpi版本有最低要求。。。不行您老老实实用oneapi吧，那个一点问题没有，用oneapi2023年版本即可。

后到咸阳斯蒂庞

楼主您好，我在将2019的mpi换为2015的mpi时遇到了以下问题，,在mpi安装过程当中并无报错，5.4.4版本可以正常运行，但当运行vasp.6.3.2时会出现：vasp_cellopt: symbol lookup error: vasp_cellopt: undefined symbol: mpi_f08_compile_constants_mp_mpi_info_null_的报错。想请教一下各位这个问题该如何解决。

wypkdhd

Qingming 发表于 2024-9-29 18:27
老师您好，我先前用的oneapi编译的vasp，现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while  ...

输入which mpiexec 显示啥？我这边已经毕业，有情况首页有群，群里艾特。

Qingming

老师您好，我先前用的oneapi编译的vasp，现在用您的方法安装mpi2015,安装后运行vasp报错vasp: error while loading shared libraries: libmkl_intel_lp64.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory。请问是怎么回事，应该怎么解决啊？谢谢老师

Wuwei

【已经解决，仅供参考】
在安装intel mpi 2015的时候，出现下边的情况
Please type the full path to the installation:/opt/intel

Select the target software(s) which you will install
1.intel-2015.2.164
2.intelmpi-5.0.2.044
3.ALL
Enter your selection:2
[ww] Info: Installing IntelMPI (with intel), please wait a minute ...
Intel does not installed, please install Intel Compiler firstly!
有大佬知道这是啥情况吗？

以下步骤可能有无效的内容，仅供参考
通过重装之后能够找到编译器
    sudo apt-get update
    sudo apt-get install --reinstall libc6 libc6-dev

~/.bashrc中加入以下环境配置
    source /opt/intel/oneapi/compiler/2021.4.0/env/vars.sh
    source ~/.bashrc
删除/opt/intel/mpi/下之前关于intelmpi-5.0.2.004的文件夹(我的主机中，该目录下只有一个文件夹)
重新运行./hpcsoft

Wuwei

_Fun 发表于 2024-5-20 15:15
老师你好，在编译vasp5.4.4的时候出现了如下错误：
make[3]: Entering directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/b ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 23583&fromuid=49424看下这个？ 我遇到相同的问题，通过3楼的回答解决了

_Fun

老师你好，在编译vasp5.4.4的时候出现了如下错误：
make[3]: Entering directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib'
fpp -f_com=no -free -w0 preclib.F preclib.f90
make[3]: fpp: Command not found
make[3]: *** [preclib.f90] Error 127
make[3]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[2]: *** [all] Error 2
make[2]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[1]: *** [lib] Error 2
make[1]: Leaving directory `/home/CMX/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] Error 2
还请老师指导下
处理器AMD，centos7系统，编译器Intel Parallel Studio XE 2019

wypkdhd

qzm 发表于 2024-4-6 12:10
老师，按照您这个教程，我已经完美编译vasp了，非常感谢，请问出个编译安装CP2K的教程吗

不过cp2k可以参考论坛内刘锦程老师的帖子，甚至cp2k官网给的都很详细。

wypkdhd

qzm 发表于 2024-4-6 12:10
老师，按照您这个教程，我已经完美编译vasp了，非常感谢，请问出个编译安装CP2K的教程吗

我已毕业。

qzm

老师，按照您这个教程，我已经完美编译vasp了，非常感谢，请问出个编译安装CP2K的教程吗