如何从MM-MD的结果提取QM/MM初始结构

hhhnano

如何从MM-MD的结果提取QM/MM初始结构

看到文献说"The last snapshot of MM MD simulations was chosen as the initial QM/MM model；

AMBER运行成品模拟获得轨迹快照集:
提取产物mm_pbsa.pl extract_coords.mmpbsa > extract_coords.log
snapshot_com.crd.1
snapshot_com.crd.2
snapshot_com.crd.3
....
snapshot_com.crd.99
获得99个快照；



选择最后一个文件snapshot_com.crd.99，重命名为snapshot_com.crd，用VMD打不开.先打开prmtop文件，再打开Crd 文件，也显示不了，选择NETCDF文件也不行；
看到论坛里面有打开方法：http://www.mdbbs.org/forum.php?m ... ghlight=SNAPSHOTvmd先读取pdb文件，或psf文件，然后再读取dcd（轨迹文件）到pdb（或psf）文件上，即可看各snapshot，可是
用vmd打开prmtop文件，再打开mdcrd文件（选择NETCDF），结构蛋白跑的飞快，如何提取最后一贞？是不是等mdcrd文件读入完毕，蛋白结构停止运动，选择这时候的frames（最后一个）作为QM/MM的初始结构?

另外，看有的教程说取平衡结构作为QM/MM的初始结构，而不是产物结构作为QM/MM的初始结构，不知哪一个对？


请教各位，非常感谢！

hhhnano

谢谢，问题已经解决，选择一下保存方式即可。

chenjinfeng850

hhhnano 发表于 2020-1-15 18:35
谢谢chenjinfeng850，我打开平衡后的轨迹文件，蛋白读入结束时显示500帧，输入如下命令：
set a [atomsele ...

你直接右键选择Save Coordinates 保存呢？

hhhnano

谢谢chenjinfeng850，我打开平衡后的轨迹文件，蛋白读入结束时显示500帧，输入如下命令：
set a [atomselect top "protein" frame 500]
$ writepdb 500.pdb

显示保存蛋白成功，但是VMD蛋白打不开500.pdb；
不知道为什么？这样保存最后一帧对吗？

chenjinfeng850

在VMD中，导入轨迹完成后，把最后一针的结构保存出来就可以了。
AMBER也可以用CPPTRAJ直接把轨迹最后一个结构保存出来。
QM/MM的初始结构一般是反应物的结构，所以用MD的平衡结构好一些。