orca 提交作业nohup无法和mpirun连用么？

hunterpyj · 发表于 Post on 2020-1-16 11:58:20

如题，输入nohup orca mymol.inp >& mymol.out & -allow-run-as-root 命令时，出现
[3] 39578
bash: -allow-run-as-root: command not found...
[2] Exit 125 nohup orca peo3pmma3d12.inp &>peo3pmma3d12.out
[2] Exit 125 nohup orca peo3pmma3d12.inp &>peo3pmma3d12.out

所示错误，求各位指导

abin · 发表于 Post on 2020-1-17 12:55:36

为何要用 root 执行计算呢?

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-17 02:28:48

按我的博文修改完openmpi源代码后并且重新安装和编译后就根本不需要写--allow-run-as-root

hunterpyj · 发表于 Post on 2020-1-16 15:39:47

多谢讨论，问题解决：
nohup /home/admin/ORCA421/orca 1.inp >& 1.out --allow-run-as-root &
1.orca需完整路径；
2.--allow-run-as-root需在&之前

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-1-16 14:30:22

nohup orca mymol.inp -allow-run-as-root >& mymol.out & 试试？

hunterpyj · 发表于 Post on 2020-1-16 14:13:49

本帖最后由 hunterpyj 于 2020-1-16 14:15 编辑

去掉只能单核任务运行，无法多核运行。按照sob社长指示编辑完
orte/tools/orte-dvm/orte-dvm.c
orte/tools/orte-submit/orte-submit.c（对于OpenMPI 3.x是orte/orted/orted_submit.c）
orte/tools/orterun/orterun.c

这三个文件后，问题依然存在。

chenjinfeng850 · 发表于 Post on 2020-1-16 12:30:36

提示很明显是 bash: -allow-run-as-root: command not found...
你把它去掉就行了

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[ORCA] orca 提交作业nohup无法和mpirun连用么？