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[ORCA] orca 提交作业nohup无法和mpirun连用么?

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楼主
如题,输入nohup orca mymol.inp >& mymol.out & -allow-run-as-root 命令时,出现
[3] 39578
bash: -allow-run-as-root: command not found...
[2]   Exit 125                nohup orca peo3pmma3d12.inp &>peo3pmma3d12.out
[2]   Exit 125                nohup orca peo3pmma3d12.inp &>peo3pmma3d12.out

所示错误,求各位指导

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发表于 Post on 2020-1-17 12:55:36 | 只看该作者 Only view this author
为何要用 root 执行计算呢?
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发表于 Post on 2020-1-17 02:28:48 | 只看该作者 Only view this author
按我的博文修改完openmpi源代码后并且重新安装和编译后就根本不需要写--allow-run-as-root
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-16 15:39:47 | 只看该作者 Only view this author
多谢讨论,问题解决:
nohup /home/admin/ORCA421/orca 1.inp  >& 1.out --allow-run-as-root &
1.orca需完整路径;
2.--allow-run-as-root需在&之前

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发表于 Post on 2020-1-16 14:30:22 | 只看该作者 Only view this author
nohup orca mymol.inp -allow-run-as-root >& mymol.out & 试试?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-16 14:13:49 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hunterpyj 于 2020-1-16 14:15 编辑

去掉只能单核任务运行,无法多核运行。按照sob社长指示编辑完
orte/tools/orte-dvm/orte-dvm.c
orte/tools/orte-submit/orte-submit.c(对于OpenMPI 3.x是orte/orted/orted_submit.c)
orte/tools/orterun/orterun.c

这三个文件后,问题依然存在。

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发表于 Post on 2020-1-16 12:30:36 | 只看该作者 Only view this author
提示很明显是 bash: -allow-run-as-root: command not found...
你把它去掉就行了
An expert is a man who has made all the mistakes which can be made, in a narrow field.

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