molclus调用gaussian出错

a617788816

环境变量均已设置好，setting文件也已经设置好，一直报错opt没写，模板文件有问题，可我一直看不出什么问题？麻烦老师们指导一下，A图就是模板文件，没改直接运行都不行

a617788816

snljty 发表于 2020-2-1 17:32
Linux下用斜线'/'做分隔符，不是Windows/DOS下的反斜线'\'。

谢谢， 已解决

snljty

a617788816 发表于 2020-2-1 17:18
之前在windows下经过修改可正常运行，因速度过慢，现改成重新安装在linux系统，出现如下2个问题
问题1   ...

Linux下用斜线'/'做分隔符，不是Windows/DOS下的反斜线'\'。

a617788816

sobereva 发表于 2020-1-24 22:28
一看提示就知道末尾缺俩空行
应当在模板文件的[geometry]末尾增加至少两个空行

之前在windows下经过修改可正常运行，因速度过慢，现改成重新安装在linux系统，出现如下2个问题，PATH图如下，最后两行是高斯路径
问题1      显示g16.exe命令不存在。已检查过此命令存在root/g16目录下，并也已经赋予了g16下的chmod 750 -R* 权限，并且Gaussian单独可正常运行，但调用时不知为何出错
问题2    此前问题在windows下已出现过，windows下在Geometry后加两行即可解决此报错，，，，，而linux进行同样操作未能解决，不知是否哪里格式有误，setting和template文件已上传
望sob老师解答，谢谢

zsu007

格式问题难倒一些人！

sobereva

a617788816 发表于 2020-1-24 20:25
sob老师在用它的原模板的情况下B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt, 程序是可运行的，虽然不收敛，我可以解决
但 ...

一看提示就知道末尾缺俩空行
应当在模板文件的[geometry]末尾增加至少两个空行

a617788816

liuyuje714 发表于 2020-1-24 21:33
哦，我是看你贴出来的输入文件文本中都没空行了，以为你格式有问题。你最好将出错的输入文件传上来，免得 ...

谢谢

liuyuje714

a617788816 发表于 2020-1-24 21:30
请问是什么格式问题，能否详细解答，那是报错文件出来的格式，我想请问的是，我哪个文件的格式需要修改

。不好意思，看错了

a617788816

liuyuje714 发表于 2020-1-24 21:21
格式有问题？你空行都不要了？

请问是什么格式问题，能否详细解答，那是报错文件出来的格式，我想请问的是，我哪个文件的格式需要修改

liuyuje714

格式有问题？你空行都不要了？

a617788816

sobereva 发表于 2020-1-24 18:22
新图直接发在回帖里，不要贴到前头去
自行看备份出的.out，判断为什么报错，是关键词有问题还是几何优化 ...

sob老师在用它的原模板的情况下B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt, 程序是可运行的，虽然不收敛，我可以解决
但当我改它的关键词时，不管怎么样都运行不了，这是我一直要解决的问题，用的分子式您压缩包里的四水团簇分子
曾试过以下集中命令，均报错如下
pm6 opt
pm6 em=GD3 opt
M062X/6-31G* opt
This Gaussian task did not perform geometry optimization at all!! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the templete file

生成的gif文件应该没问题

%chk=gau.chk

# pm6 em=GD3 opt

Template file

0 1

O      22.22528695   21.88012343   22.13940668

H      21.93336414   22.10899604   21.26348342

H      21.81182736   22.55696239   22.76440037

O      24.73484283   22.32743230   22.65145089

H      25.09026877   21.54962411   23.06816983

H      23.81761813   22.07566547   22.31242172

O      24.06328868   24.26089128   24.25486339

H      24.42076840   25.06968075   23.90420824

H      24.47187320   23.51084458   23.71617677

O      21.55358956   23.81503608   23.74118150

H      22.47544686   24.14182772   23.99224010

H      21.13125722   23.55222087   24.55205084

Out文件的报错如下

Symbolic Z-matrix:

Charge =  0 Multiplicity = 1

O                     22.22529   21.88012   22.13941

H                     21.93336   22.109    21.26348

H                     21.81183   22.55696   22.7644

O                     24.73484   22.32743   22.65145

H                     25.09027   21.54962   23.06817

H                     23.81762   22.07567   22.31242

O                     24.06329   24.26089   24.25486

H                     24.42077   25.06968   23.90421

H                     24.47187   23.51084   23.71618

O                     21.55359   23.81504   23.74118

H                     22.47545   24.14183   23.99224

H                     21.13126   23.55222   24.55205

End of file in ZSymb.

Error termination via Lnk1e in E:\A\G09w\l101.exe at Fri Jan 24 20:55:08 2020.

Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.

File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

snljty

a617788816 发表于 2020-1-24 17:49
sob老师，我已更新使用Gaussian09 D01版本，我还是出现同样的问题，我发现我对template文件不作修改可运 ...

M06-2X拟合参数的时候已经表现了中程相关，用BJ阻尼的D3校正本来就不合理，也没有拟合的参数。M06-2X系列等泛函应该用0阻尼的色散校正D3(0)，Gaussian写作EmpiricalDispersion=GD3。跑molclus之前如果对你用的关键词不熟悉，建议先用一个简单任务，直接用Gaussian试一下。

sobereva

a617788816 发表于 2020-1-24 17:58
我整个文件里，只写两个关键词 opt PM6D3 仍然无法运行，报错我的tem文件有问题，使用M062X也不可以运行 ...

新图直接发在回帖里，不要贴到前头去
自行看备份出的.out，判断为什么报错，是关键词有问题还是几何优化不收敛之类，都是基于Gaussian常识自行判断。自己判断不出来就把文件压缩后上传

a617788816

sobereva 发表于 2020-1-24 17:52
PM6D3已经带了D3，哪能还写empiricaldispersion=GD3BJ。这属于Gaussian基本使用常识问题，仔细看
DFT-D ...

我整个文件里，只写两个关键词 opt PM6D3 仍然无法运行，报错我的tem文件有问题，使用M062X也不可以运行，但他里面本身的模板可以运行，搞不明白，并且以它本身的模板运行，运行一下就开始报错，原因未知，报错如图F

sobereva

a617788816 发表于 2020-1-24 17:49
sob老师，我已更新使用Gaussian09 D01版本，我还是出现同样的问题，我发现我对template文件不作修改可运 ...

PM6D3已经带了D3，哪能还写empiricaldispersion=GD3BJ。这属于Gaussian基本使用常识问题，仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210