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[Molclus] molclus调用gaussian出错

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本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 18:05 编辑

环境变量均已设置好,setting文件也已经设置好,一直报错opt没写,模板文件有问题,可我一直看不出什么问题?麻烦老师们指导一下,A图就是模板文件,没改直接运行都不行

B.png (42.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

B.png

A.png (4.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 62)

A.png

D.png (33.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

D.png

C.png (9.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 65)

C.png

E.png (5.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

E.png

F.png (29.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 58)

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发表于 Post on 2020-1-19 20:14:23 | 只看该作者 Only view this author
检查自动生成的gau.gjf的内容是否正常、得到的gau.out是否正常。记住G09 D.01之前的不支持D3校正。
如果看不出毛病,重启机子再试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-19 21:11:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-19 21:13 编辑
sobereva 发表于 2020-1-19 20:14
检查自动生成的gau.gjf的内容是否正常、得到的gau.out是否正常。记住G09 D.01之前的不支持D3校正。
如果看 ...

C图就是gau.gif, D图是gau.out
输入没问题,输出是空的,看不出来是什么问题,已试过重启,仍然是这样

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发表于 Post on 2020-1-19 22:36:04 | 只看该作者 Only view this author
显然是你的Gaussian版本太老,我在2L已经说过了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-24 17:49:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 17:55 编辑
sobereva 发表于 2020-1-19 22:36
显然是你的Gaussian版本太老,我在2L已经说过了

sob老师,我已更新使用Gaussian09 D01版本,我还是出现同样的问题,我发现我对template文件不作修改可运行,修改后就不可运行了,可我看不出来文件的命令有什么错,麻烦sob老师看一下,如图E,不加D3修正,仍然不可运行,使用M062X也不可运行,但不知道为什么使用默认模板的byl3p 可以运行

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发表于 Post on 2020-1-24 17:52:05 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-24 17:49
sob老师,我已更新使用Gaussian09 D01版本,我还是出现同样的问题,我发现我对template文件不作修改可运 ...

PM6D3已经带了D3,哪能还写empiricaldispersion=GD3BJ。这属于Gaussian基本使用常识问题,仔细看
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-24 17:58:58 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 18:05 编辑
sobereva 发表于 2020-1-24 17:52
PM6D3已经带了D3,哪能还写empiricaldispersion=GD3BJ。这属于Gaussian基本使用常识问题,仔细看
DFT-D ...

我整个文件里,只写两个关键词 opt PM6D3 仍然无法运行,报错我的tem文件有问题,使用M062X也不可以运行,但他里面本身的模板可以运行,搞不明白,并且以它本身的模板运行,运行一下就开始报错,原因未知,报错如图F

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发表于 Post on 2020-1-24 18:22:51 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-24 17:58
我整个文件里,只写两个关键词 opt PM6D3 仍然无法运行,报错我的tem文件有问题,使用M062X也不可以运行 ...

新图直接发在回帖里,不要贴到前头去
自行看备份出的.out,判断为什么报错,是关键词有问题还是几何优化不收敛之类,都是基于Gaussian常识自行判断。自己判断不出来就把文件压缩后上传
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发表于 Post on 2020-1-24 20:05:05 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-24 17:49
sob老师,我已更新使用Gaussian09 D01版本,我还是出现同样的问题,我发现我对template文件不作修改可运 ...

M06-2X拟合参数的时候已经表现了中程相关,用BJ阻尼的D3校正本来就不合理,也没有拟合的参数。M06-2X系列等泛函应该用0阻尼的色散校正D3(0),Gaussian写作EmpiricalDispersion=GD3。跑molclus之前如果对你用的关键词不熟悉,建议先用一个简单任务,直接用Gaussian试一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-24 20:25:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 21:34 编辑
sobereva 发表于 2020-1-24 18:22
新图直接发在回帖里,不要贴到前头去
自行看备份出的.out,判断为什么报错,是关键词有问题还是几何优化 ...

sob老师在用它的原模板的情况下B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt, 程序是可运行的,虽然不收敛,我可以解决
但当我改它的关键词时,不管怎么样都运行不了,这是我一直要解决的问题,用的分子式您压缩包里的四水团簇分子
曾试过以下集中命令,均报错如下
pm6 opt
pm6 em=GD3 opt
M062X/6-31G* opt
This Gaussian task did not perform geometry optimization at all!! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the templete file

生成的gif文件应该没问题
%chk=gau.chk
# pm6 em=GD3 opt

Template file

0 1
O      22.22528695   21.88012343   22.13940668
H      21.93336414   22.10899604   21.26348342
H      21.81182736   22.55696239   22.76440037
O      24.73484283   22.32743230   22.65145089
H      25.09026877   21.54962411   23.06816983
H      23.81761813   22.07566547   22.31242172
O      24.06328868   24.26089128   24.25486339
H      24.42076840   25.06968075   23.90420824
H      24.47187320   23.51084458   23.71617677
O      21.55358956   23.81503608   23.74118150
H      22.47544686   24.14182772   23.99224010
H      21.13125722   23.55222087   24.55205084


Out文件的报错如下
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
O                     22.22529   21.88012   22.13941
H                     21.93336   22.109    21.26348
H                     21.81183   22.55696   22.7644
O                     24.73484   22.32743   22.65145
H                     25.09027   21.54962   23.06817
H                     23.81762   22.07567   22.31242
O                     24.06329   24.26089   24.25486
H                     24.42077   25.06968   23.90421
H                     24.47187   23.51084   23.71618
O                     21.55359   23.81504   23.74118
H                     22.47545   24.14183   23.99224
H                     21.13126   23.55222   24.55205
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in E:\A\G09w\l101.exe at Fri Jan 24 20:55:08 2020.
Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

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发表于 Post on 2020-1-24 21:21:46 | 只看该作者 Only view this author
格式有问题?你空行都不要了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-24 21:30:59 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-1-24 21:21
格式有问题?你空行都不要了?

请问是什么格式问题,能否详细解答,那是报错文件出来的格式,我想请问的是,我哪个文件的格式需要修改

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发表于 Post on 2020-1-24 21:33:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liuyuje714 于 2020-1-24 21:36 编辑
a617788816 发表于 2020-1-24 21:30
请问是什么格式问题,能否详细解答,那是报错文件出来的格式,我想请问的是,我哪个文件的格式需要修改

。不好意思,看错了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-24 21:37:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 a617788816 于 2020-1-24 21:42 编辑
liuyuje714 发表于 2020-1-24 21:33
哦,我是看你贴出来的输入文件文本中都没空行了,以为你格式有问题。你最好将出错的输入文件传上来,免得 ...

谢谢

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发表于 Post on 2020-1-24 22:28:16 | 只看该作者 Only view this author
a617788816 发表于 2020-1-24 20:25
sob老师在用它的原模板的情况下B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt, 程序是可运行的,虽然不收敛,我可以解决
但 ...

一看提示就知道末尾缺俩空行
应当在模板文件的[geometry]末尾增加至少两个空行

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