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[综合交流] 一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本

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一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
Script to convert all gjf files to xyz files and convert all Gaussian output files to gjf files in one click

文/Sobereva@北京科音
First release: 2020-Jan-28  Last update: 2023-Jun-12


本文提供笔者写的两个Linux下的Bash shell脚本,对实际研究有一定价值,都利用了Multiwfn程序进行格式转换,因此Multiwfn必须已恰当安装从而能通过Multiwfn命令直接启动。Multiwfn可以在http://sobereva.com/multiwfn免费下载(Linux下的安装方法见手册2.1.2节),一定要用最新版本。这俩脚本在Multiwfn的examples\scripts目录下也可以找到。

把本文的脚本稍微改写几行,就也可以利用Multiwfn在其它格式间进行转换,非常方便。Multiwfn支持的格式详见《详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换》(http://sobereva.com/379)。笔者十分建议仔细看看《详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法》(http://sobereva.com/612),里面对通过命令行和脚本批量运行Multiwfn做了特别透彻的说明,看过之后就可以游刃有余地改写本文的脚本。


1 一键把所有gjf文件转成xyz文件

脚本下载:http://sobereva.com/attach/530/gjf2xyz.sh

这是把当前目录下所有Gaussian输入文件(gjf)转成xyz文件的脚本,直接运行即可。gjf文件应当是以笛卡尔坐标记录。

输出信息例子
Converting AlCl3.gjf to AlCl3.xyz ... (2 of 151)
Converting Aniline.gjf to Aniline.xyz ... (3 of 151)
Converting Azetidine.gjf to Azetidine.xyz ... (4 of 151)
Converting B2H6.gjf to B2H6.xyz ... (5 of 151)
Converting Benzaldehyde.gjf to Benzaldehyde.xyz ... (6 of 151)
Converting Benzene.gjf to Benzene.xyz ... (7 of 151)
Converting Benzonitrile.gjf to Benzonitrile.xyz ... (8 of 151)
...


2 一键把所有Gaussian输出文件转成gjf文件

脚本下载:http://sobereva.com/attach/530/out2gjf.sh

这是把当前目录下所有Gaussian输出文件(out)转成gjf文件的脚本,直接运行即可。运行之前必须将Multiwfn的settings.ini文件里的iloadGaugeom设为1(否则Multiwfn在载入out文件时不会从中读取数据)。得到的gjf文件里是默认关键词,应当根据实际情况进行修改。电荷和自旋多重度和out文件里一致(用了赝势的情况除外,需要自行手动修改gjf)。坐标是输出文件里最后一次输出的(如果有输入朝向的坐标则新生成的gjf里也是输入朝向的,没有的话就是标准朝向的。不了解朝向问题的话参看《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》http://sobereva.com/297。如果把iloadGaugeom设为2,则总是载入标准朝向下的坐标)。

上面的脚本产生的Gaussian输入文件是笛卡尔坐标的,如果要输出为内坐标的输入文件,改用此脚本:http://sobereva.com/attach/530/out2gjf_zmat.sh。注意对某些体系,比如乙炔,原理上其结构就没法用内坐标描述(除非引入虚原子),对这样的体系无法成功产生Gaussian输入文件。

如果你的Gaussian输出文件是log后缀,把脚本里的out替换为log即可。也可以批量把诸如xyz、mol、mol2、pdb、gro、wfn、wfx、cub等各种Multiwfn支持的输入文件转成gjf,也是同样地把这个.sh脚本里的out替换成相应后缀即可(对于把fch、molden、mwfn等含有基函数信息的波函数文件转成gjf文件,应当在脚本的${inf//out/gjf}下面插入内容一行,内容是n,代表不把当前波函数作为初猜信息写入gjf)。

Multiwfn产生的gjf里关键词默认为B3LYP/6-31G*。可以按照《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》(http://sobereva.com/258)里第5节所述的方法批量把所有gjf文件里的关键词替换成实际要用的关键词。如果当前目录下有个template.gjf文件,并且其中坐标部分用[geometry]或[GEOMETRY]代替,则这个文件会自动被当做模板文件产生新的gjf,而含有[geometry]或[GEOMETRY]的这一行会被替换为当前体系的坐标。如果输入文件里某一行或几行里有[name]字样,则这六个字符会被替换为新产生的输入文件名(不含后缀)。如果你载入的是Gaussian输入或输出文件、ORCA输入文件或者含有波函数信息的文件,新产生的gjf文件里的净电荷和自旋多重度会用读入的,否则会沿用template.gjf里的。允许使用template.gjf的设计给产生特殊的输入文件的情况来了极大的灵活性。下面是个用template.gjf的例子,方法用B3LYP-D3(BJ),给Ag用SDD赝势基组,给C H O用6-311G*,任务是优化和振动分析,并产生wfn和chk文件,其文件名和你创建的gjf的文件名相同。

%chk=D:\[name].chk
#p b3lyp/genecp em=GD3BJ opt freq out=wfn

niconiconi

0 1
[geometry]

Ag
SDD
****
C H O
6-311G*
****

Ag
SDD

D:\[name].wfn
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发表于 Post on 2025-7-29 08:59:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-7-29 01:11
Multiwfn不会读取输出文件里的冻结设定。但可以自己写个Gaussian输入文件的模板文件template.gjf让Multiw ...

好的谢谢社长,我试一试,这样子可以的话就方便多了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-29 01:11:21 | 只看该作者 Only view this author
zep 发表于 2025-7-26 21:23
您好,我在使用一键把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本,虽然很方便的实现了转化,但是我原本的计算 ...

Multiwfn不会读取输出文件里的冻结设定。但可以自己写个Gaussian输入文件的模板文件template.gjf让Multiwfn产生输入文件时套用,此模板文件里包含opt=readopt并在[geometry]后面空一行写notatoms=CA
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发表于 Post on 2025-7-26 21:23:13 | 只看该作者 Only view this author
您好,我在使用一键把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本,虽然很方便的实现了转化,但是我原本的计算体系是是存在CA原子冻结的,转化的输入坐标文件不包含冻结原子信息,是脚本没法实现,还是我没研究透彻,请指教

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发表于 Post on 2024-10-12 19:05:52 | 只看该作者 Only view this author
太感谢了

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Smes 发表于 2022-12-13 23:28
看不懂C
想问下老师读取out文件中的坐标的逻辑,读哪一部分的坐标呢
还有我注意到out文件的收敛的坐 ...

看你的需求。我写代码一般是默认读Input orientation,找不到再读Standard orientation,再找不到就读Z-matrix orientation,再找不到就报错。不建议折腾Shell,不够直观,不如花一上午学学Python。关于标准取向和输入取向的差别,看卢老师博文《谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用》。

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发表于 Post on 2022-12-13 23:28:16 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-2-1 08:28
谢谢老师!这个功能会加入Multiwfn么?好像有个小问题,优化正常结束后目前的Gaussian(旧版本没测试)会在 ...

看不懂C
想问下老师读取out文件中的坐标的逻辑,读哪一部分的坐标呢
还有我注意到out文件的收敛的坐标跟用GaussView产生gjf文件的坐标不一样,是standard orientation
怎样产生standard orientation呢
想研究下自己写个脚本批量产生gjf,不知道shell script可不可写呢
请老师指导指导

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-18 19:44:51 | 只看该作者 Only view this author
qinjiu 发表于 2022-10-18 11:31
请教一下社长,out2gjf.sh脚本如果不添加 template.gjf 的时候,gjf文件里有out文件转换出来的多重度与电荷 ...

我刚刚更新了Multiwfn官网上的最新版本,现在净电荷和自旋多重度将不会用template.gjf里的了,将会和当前体系或者从gjf直接读来的相一致

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发表于 Post on 2022-10-18 11:31:40 | 只看该作者 Only view this author
请教一下社长,out2gjf.sh脚本如果不添加 template.gjf 的时候,gjf文件里有out文件转换出来的多重度与电荷信息;但是如果使用 template.gjf 之后,多重度这一行就会被替换成  template.gjf  这一行;如果多个out文件的多重度不同,想用 template.gjf 改变其他设置的同时又保持out文件中的多重度信息,该如何设置呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-30 10:47:13 | 只看该作者 Only view this author
libo371324 发表于 2022-8-29 18:32
请问,在windows上,log文件输出内坐标或者笛卡尔坐标的时候,导出的文件并没有分子信息,settings.ini文件 ...

后缀必须是.out
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发表于 Post on 2022-8-29 18:32:32 | 只看该作者 Only view this author
请问,在windows上,log文件输出内坐标或者笛卡尔坐标的时候,导出的文件并没有分子信息,settings.ini文件我也改啦,就是不出现分子信息,这是什么原因

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发表于 Post on 2022-4-23 11:39:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-22 02:22
之前的版本仅对于输出笛卡尔坐标的情况才支持套用template.gjf

我今天官网上新更新的Multiwfn对于输出 ...

好的,谢谢社长

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-22 02:22:14 | 只看该作者 Only view this author
forpaper 发表于 2022-4-21 17:54
社长,请问使用out2gjf_zmat.sh脚本时template.gjf是否需要改格式,我用out2gjf.sh转化格式时能读取templat ...

之前的版本仅对于输出笛卡尔坐标的情况才支持套用template.gjf

我今天官网上新更新的Multiwfn对于输出内坐标的情况也支持套用template.gjf了。脚本本身不用改
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发表于 Post on 2022-4-21 17:54:42 | 只看该作者 Only view this author
社长,请问使用out2gjf_zmat.sh脚本时template.gjf是否需要改格式,我用out2gjf.sh转化格式时能读取template.gjf中的关键词,但是用out2gjf_zmat.sh时读取不了template.gjf中的关键词

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-19 09:35:56 | 只看该作者 Only view this author
luzujia 发表于 2022-2-19 05:40
社长,我在使用multiwfn的格式转换功能的时候发现,在Linux上比在win下慢得多,可能是什么原因呢?

如果是纯文本方式远程连接,启动时可能会卡一下,也许是这个原因。可以用noGUI版
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