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[新手求助] G09 在linux上运行了19天,最终还是报错了

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g09 在linux上运行了19天,最后还是报错了!.rwf 文件最大到了3740G。这个计算前后已经尝试了两个月,还是没有搞定,请高手指点!运行脚本:
#!/bin/csh -fx

#PBS -S /bin/csh -V
#PBS -r n
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -l walltime=2300:59:00
#PBS -N WRF_700
#PBS -j oe
#PBS -q hpca

#export g09root=/home/lyl/WORK4/zhaodc/yjj/
#source ${g09root}/g09/bsd/g09.profile
#export GAUSS_SCRDIR=${g09root}/BA/

#limit coredumpsize 1000000
#limit stacksize unlimited

cd /home/lyl/WORK4/zhaodc/yjj/BA/
g09 Ba700.gjf |& tee g09_700.log


报错信息为:
Error: segmentation violation, address not mapped to object
   rax 00002afd22862a30, rbx 00000000c21d49c1, rcx fffffffe10ea4e00
   rdx 00002b0362822a30, rsp 00007ffed95ff840, rbp 00007ffed95ffb10
   rsi 00002afd22862a30, rdi fffffffe10ea4e08, r8  00002b0362822a30
   r9  0000000000000000, r10 0000000000000000, r11 0000000000000000
   r12 00002b0362822a30, r13 fffffffe10ea4e08, r14 00000000c21d49c1
   r15 00000000c21d49c1
  --- traceback not available




下面是Ba700.gjf文件内容:
%mem=50GB
# mp2/cc-pvdz geom=connectivity polar

Title Card Required

0 1
C                -39.82620000    3.06240000    4.38790000
C                -39.22020000    1.64680000    4.38870000
C                -37.69120000    1.46370000    4.38970000
C                -36.76810000    2.69640000    4.38570000
C                -37.37400000    4.11210000    4.37960000
C                -38.90320000    4.29500000    4.38320000
C                -36.45090000    5.34470000    4.36990000
C                -34.92190000    5.16160000    4.36780000
C                -34.31590000    3.74590000    4.37670000
C                -35.23900000    2.51330000    4.38540000
C                -32.78690000    3.56290000    4.37610000
C                -31.86390000    4.79540000    4.36550000
C                -32.46980000    6.21120000    4.35540000
C                -33.99890000    6.39420000    4.35650000
C                -37.08530000    0.04800000    4.39210000
C                -38.00830000   -1.18470000    4.38930000
C                -39.53740000   -1.00160000    4.38530000
C                -40.14340000    0.41420000    4.38660000
C                -35.55630000   -0.13520000    4.39460000
C                -34.63310000    1.09750000    4.39230000
C                -33.10400000    0.91450000    4.39260000
C                -32.18090000    2.14720000    4.38470000
C                -30.33470000    4.61220000    4.36450000
C                -29.72880000    3.19650000    4.37290000
C                -30.65180000    1.96400000    4.38310000
C                -40.46040000   -2.23430000    4.37900000
C                -39.85430000   -3.65000000    4.37530000
C                -38.32520000   -3.83310000    4.37760000
C                -37.40230000   -2.60050000    4.38630000
C                -35.87330000   -2.78350000    4.38850000
C                -34.95020000   -1.55090000    4.39510000
C                -33.42120000   -1.73400000    4.39610000
C                -32.49800000   -0.50120000    4.39620000
C                -30.96900000   -0.68430000    4.39480000
C                -30.04590000    0.54840000    4.38930000
C                -28.51680000    0.36530000    4.38610000
C                -27.59360000    1.59790000    4.37730000
C                -28.19970000    3.01350000    4.37050000
C                -37.71950000   -5.24880000    4.36840000
C                -36.19030000   -5.43180000    4.36690000
C                -35.26720000   -4.19930000    4.37970000
C                -33.73820000   -4.38220000    4.38020000
C                -32.81510000   -3.14960000    4.39050000
C                -31.28600000   -3.33270000    4.39040000
C                -30.36300000   -2.10000000    4.39420000
C                -28.83400000   -2.28310000    4.39250000
C                -27.91090000   -1.05040000    4.38980000
C                -35.58430000   -6.84750000    4.35020000
C                -34.05530000   -7.03060000    4.34980000
C                -33.13220000   -5.79800000    4.36700000
C                -31.60310000   -5.98100000    4.36980000
C                -30.67990000   -4.74850000    4.38250000
C                -29.15080000   -4.93170000    4.38460000
C                -28.22800000   -3.69890000    4.39030000
H                -40.95810000    3.19790000    4.38960000
H                -39.35190000    5.34310000    4.38110000
H                -36.89940000    6.39270000    4.36370000
H                -31.78640000    7.12360000    4.34800000
H                -34.44750000    7.44220000    4.34980000
H                -41.27540000    0.54980000    4.38600000
H                -29.65130000    5.52460000    4.35660000
H                -41.59230000   -2.09880000    4.37600000
H                -40.53760000   -4.56250000    4.36990000
H                -26.46170000    1.46240000    4.37490000
H                -27.51650000    3.92610000    4.36290000
H                -38.40280000   -6.16110000    4.36110000
H                -26.77900000   -1.18590000    4.38910000
H                -36.26770000   -7.75980000    4.33900000
H                -33.60660000   -8.07840000    4.33810000
H                -31.15450000   -7.02890000    4.36120000
H                -28.70220000   -5.97970000    4.38120000
H                -27.09610000   -3.83430000    4.39150000

1 2 1.0 6 2.0 55 1.0
2 3 1.0 18 2.0
3 4 1.0 15 2.0
4 5 1.0 10 2.0
5 6 1.0 7 2.0
6 56 1.0
7 8 1.0 57 1.0
8 9 1.0 14 2.0
9 10 1.0 11 2.0
10 20 1.0
11 12 1.0 22 1.0
12 13 2.0 23 1.0
13 14 1.0 58 1.0
14 59 1.0
15 16 1.0 19 1.0
16 17 1.0 29 2.0
17 18 1.0 26 2.0
18 60 1.0
19 20 1.0 31 2.0
20 21 2.0
21 22 1.0 33 1.0
22 25 2.0
23 24 2.0 61 1.0
24 25 1.0 38 1.0
25 35 1.0
26 27 1.0 62 1.0
27 28 2.0 63 1.0
28 29 1.0 39 1.0
29 30 1.0
30 31 1.0 41 2.0
31 32 1.0
32 33 1.0 43 2.0
33 34 2.0
34 35 1.0 45 1.0
35 36 2.0
36 37 1.0 47 1.0
37 38 2.0 64 1.0
38 65 1.0
39 40 2.0 66 1.0
40 41 1.0 48 1.0
41 42 1.0
42 43 1.0 50 2.0
43 44 1.0
44 45 2.0 52 1.0
45 46 1.0
46 47 2.0 54 1.0
47 67 1.0
48 49 2.0 68 1.0
49 50 1.0 69 1.0
50 51 1.0
51 52 2.0 70 1.0
52 53 1.0
53 54 2.0 71 1.0
54 72 1.0
55
56
57
58
59



下面是输出内容:
Entering Gaussian System, Link 0=g09
Input=Ba700.gjf
Output=Ba700.log
Initial command:
/home/lyl/WORK4/zhaodc/yjj//g09/l1.exe /home/lyl/WORK4/zhaodc/yjj//BA/Gau-16321.inp -scrdir=/home/lyl/WORK4/zhaodc/yjj//BA/
Entering Link 1 = /home/lyl/WORK4/zhaodc/yjj//g09/l1.exe PID=     16323.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003,2009,2010,
            Gaussian, Inc.  All Rights Reserved.

This is part of the Gaussian(R) 09 program.  It is based on
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the Gaussian(R) 94 system (copyright 1995, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 92(TM) system (copyright 1992, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 90(TM) system (copyright 1990, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 88(TM) system (copyright 1988, Gaussian, Inc.),
the Gaussian 86(TM) system (copyright 1986, Carnegie Mellon
University), and the Gaussian 82(TM) system (copyright 1983,
Carnegie Mellon University). Gaussian is a federally registered
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competes with the business of Gaussian, Inc. or will provide
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computational chemistry and represents and warrants to the
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it will not use this program in any manner prohibited above.
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Cite this work as:
Gaussian 09, Revision B.01,
M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria,
M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci,
G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian,
A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada,
M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima,
Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr.,
J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers,
K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand,
K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi,
M. Cossi, N. Rega, J. M. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross,
V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann,
O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski,
R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth,
P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels,
O. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski,
and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2010.

******************************************
Gaussian 09:  EM64L-G09RevB.01 12-Aug-2010
                25-Feb-2020
******************************************
%mem=50GB
-------------------------------------
# mp2/cc-pvdz geom=connectivity polar
-------------------------------------
1/38=1,57=2/1;
2/12=2,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=16,11=9,16=1,25=1,30=1,71=2/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5,98=1/2;
8/6=4,8=1,10=1,19=10,30=-1/1;
9/15=5,16=-3/6;
10/6=2,13=10,21=1/2;
8/6=4,8=1,10=1,19=10,30=-1/11,4;
10/5=1,20=4/2;
11/12=2,14=10,16=1,17=2,28=-2,32=3,42=3/12;
6/7=2,8=2,9=2,10=2/1;
99/5=1,9=1/99;
-------------------
Title Card Required
-------------------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
C                    -39.8262   3.0624    4.3879
C                    -39.2202   1.6468    4.3887
C                    -37.6912   1.4637    4.3897
C                    -36.7681   2.6964    4.3857
C                    -37.374    4.1121    4.3796
C                    -38.9032   4.295     4.3832
C                    -36.4509   5.3447    4.3699
C                    -34.9219   5.1616    4.3678
C                    -34.3159   3.7459    4.3767
C                    -35.239    2.5133    4.3854
C                    -32.7869   3.5629    4.3761
C                    -31.8639   4.7954    4.3655
C                    -32.4698   6.2112    4.3554
C                    -33.9989   6.3942    4.3565
C                    -37.0853   0.048     4.3921
C                    -38.0083  -1.1847    4.3893
C                    -39.5374  -1.0016    4.3853
C                    -40.1434   0.4142    4.3866
C                    -35.5563  -0.1352    4.3946
C                    -34.6331   1.0975    4.3923
C                    -33.104    0.9145    4.3926
C                    -32.1809   2.1472    4.3847
C                    -30.3347   4.6122    4.3645
C                    -29.7288   3.1965    4.3729
C                    -30.6518   1.964     4.3831
C                    -40.4604  -2.2343    4.379
C                    -39.8543  -3.65      4.3753
C                    -38.3252  -3.8331    4.3776
C                    -37.4023  -2.6005    4.3863
C                    -35.8733  -2.7835    4.3885
C                    -34.9502  -1.5509    4.3951
C                    -33.4212  -1.734     4.3961
C                    -32.498   -0.5012    4.3962
C                    -30.969   -0.6843    4.3948
C                    -30.0459   0.5484    4.3893
C                    -28.5168   0.3653    4.3861
C                    -27.5936   1.5979    4.3773
C                    -28.1997   3.0135    4.3705
C                    -37.7195  -5.2488    4.3684
C                    -36.1903  -5.4318    4.3669
C                    -35.2672  -4.1993    4.3797
C                    -33.7382  -4.3822    4.3802
C                    -32.8151  -3.1496    4.3905
C                    -31.286   -3.3327    4.3904
C                    -30.363   -2.1       4.3942
C                    -28.834   -2.2831    4.3925
C                    -27.9109  -1.0504    4.3898
C                    -35.5843  -6.8475    4.3502
C                    -34.0553  -7.0306    4.3498
C                    -33.1322  -5.798     4.367
C                    -31.6031  -5.981     4.3698
C                    -30.6799  -4.7485    4.3825
C                    -29.1508  -4.9317    4.3846
C                    -28.228   -3.6989    4.3903
H                    -40.9581   3.1979    4.3896
H                    -39.3519   5.3431    4.3811
H                    -36.8994   6.3927    4.3637
H                    -31.7864   7.1236    4.348
H                    -34.4475   7.4422    4.3498
H                    -41.2754   0.5498    4.386
H                    -29.6513   5.5246    4.3566
H                    -41.5923  -2.0988    4.376
H                    -40.5376  -4.5625    4.3699
H                    -26.4617   1.4624    4.3749
H                    -27.5165   3.9261    4.3629
H                    -38.4028  -6.1611    4.3611
H                    -26.779   -1.1859    4.3891
H                    -36.2677  -7.7598    4.339
H                    -33.6066  -8.0784    4.3381
H                    -31.1545  -7.0289    4.3612
H                    -28.7022  -5.9797    4.3812
H                    -27.0961  -3.8343    4.3915

Stoichiometry    C54H18
Framework group  C1[X(C54H18)]
Deg. of freedom   210
Full point group                 C1      NOp   1
Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -6.042462   -2.923523   -0.007755
      2          6           0       -5.329147   -1.558847   -0.008555
      3          6           0       -3.790582   -1.494152   -0.009555
      4          6           0       -2.965248   -2.794339   -0.005555
      5          6           0       -3.678472   -4.159123    0.000545
      6          6           0       -5.217220   -4.223603   -0.003055
      7          6           0       -2.853130   -5.459210    0.010245
      8          6           0       -1.314566   -5.394515    0.012345
      9          6           0       -0.601243   -4.029739    0.003445
     10          6           0       -1.426584   -2.729651   -0.005255
     11          6           0        0.937314   -3.965143    0.004045
     12          6           0        1.762563   -5.265123    0.014645
     13          6           0        1.049332   -6.630006    0.024745
     14          6           0       -0.489324   -6.694595    0.023645
     15          6           0       -3.077359   -0.129368   -0.011955
     16          6           0       -3.902592    1.170811   -0.009155
     17          6           0       -5.441257    1.106123   -0.005155
     18          6           0       -6.154587   -0.258752   -0.006455
     19          6           0       -1.538786   -0.064573   -0.014455
     20          6           0       -0.713353   -1.364768   -0.012155
     21          6           0        0.825304   -1.300180   -0.012455
     22          6           0        1.650637   -2.600367   -0.004555
     23          6           0        3.301335   -5.200343    0.015645
     24          6           0        4.014559   -3.835560    0.007245
     25          6           0        3.189309   -2.535580   -0.002955
     26          6           0       -6.266491    2.406303    0.001145
     27          6           0       -5.553068    3.771071    0.004845
     28          6           0       -4.014404    3.835759    0.002545
     29          6           0       -3.189262    2.535687   -0.006155
     30          6           0       -1.650705    2.600283   -0.008355
     31          6           0       -0.825363    1.300195   -0.014955
     32          6           0        0.713201    1.364891   -0.015955
     33          6           0        1.538627    0.064596   -0.016055
     34          6           0        3.077191    0.129291   -0.014655
     35          6           0        3.902525   -1.170896   -0.009155
     36          6           0        5.441189   -1.106208   -0.005955
     37          6           0        6.266630   -2.406303    0.002845
     38          6           0        5.553215   -3.770972    0.009645
     39          6           0       -3.301380    5.200558    0.011745
     40          6           0       -1.762623    5.265139    0.013245
     41          6           0       -0.937274    3.965150    0.000445
     42          6           0        0.601275    4.029647   -0.000055
     43          6           0        1.426616    2.729559   -0.010355
     44          6           0        2.965281    2.794247   -0.010255
     45          6           0        3.790514    1.494067   -0.014055
     46          6           0        5.329079    1.558763   -0.012355
     47          6           0        6.154413    0.258575   -0.009655
     48          6           0       -1.049300    6.629914    0.029945
     49          6           0        0.489264    6.694610    0.030345
     50          6           0        1.314606    5.394522    0.013145
     51          6           0        2.853262    5.459110    0.010345
     52          6           0        3.678711    4.159115   -0.002355
     53          6           0        5.217383    4.223902   -0.004455
     54          6           0        6.042410    2.923638   -0.010155
     55          1           0       -7.181439   -2.971370   -0.009455
     56          1           0       -5.745376   -5.233998   -0.000955
     57          1           0       -3.381079   -6.469521    0.016445
     58          1           0        1.660369   -7.592370    0.032145
     59          1           0       -1.017372   -7.704897    0.030345
     60          1           0       -7.293672   -0.306691   -0.005855
     61          1           0        3.912372   -6.162707    0.023545
     62          1           0       -7.405468    2.358456    0.004145
     63          1           0       -6.163997    4.733527    0.010245
     64          1           0        7.405607   -2.358457    0.005245
     65          1           0        6.164037   -4.733519    0.017245
     66          1           0       -3.912324    6.162814    0.019045
     67          1           0        7.293390    0.306422   -0.008955
     68          1           0       -1.660344    7.592178    0.041145
     69          1           0        1.017397    7.704705    0.042045
     70          1           0        3.381303    6.469313    0.018945
     71          1           0        5.745431    5.234205   -0.001055
     72          1           0        7.181379    2.971385   -0.011355
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):      0.0562889      0.0562865      0.0281442
Standard basis: CC-pVDZ (5D, 7F)
There are   846 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 1 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
   846 basis functions,  1908 primitive gaussians,   900 cartesian basis functions
   171 alpha electrons      171 beta electrons
       nuclear repulsion energy      5937.3820508339 Hartrees.
NAtoms=   72 NActive=   72 NUniq=   72 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   50 NAOKFM=T Big=T
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   846 RedAO= T  NBF=   846
NBsUse=   846 1.00D-06 NBFU=   846
Harris functional with IExCor=  205 diagonalized for initial guess.
ExpMin= 1.22D-01 ExpMax= 6.67D+03 ExpMxC= 2.28D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         1 IDoV= 1
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=        2001
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         Omega=  0.000000  0.000000  1.000000  0.000000  0.000000 ICntrl=     500 IOpCl=  0
         NMat0=    1 NMatS0=    1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
         I1Cent=           4 NGrid=           0.
Petite list used in FoFCou.
Initial guess orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
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                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A)
The electronic state of the initial guess is 1-A.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
Integral accuracy reduced to 1.0D-05 until final iterations.
Problem detected with inexpensive integrals.
Switching to full accuracy and repeating last cycle.
SCF Done:  E(RHF) =  -2054.85079135     A.U. after   14 cycles
             Convg  =    0.9317D-08             -V/T =  2.0105
ExpMin= 1.22D-01 ExpMax= 6.67D+03 ExpMxC= 2.28D+02 IAcc=1 IRadAn=         1 AccDes= 0.00D+00
HarFok:  IExCor=  205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         1 IDoV=-2
ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
Range of M.O.s used for correlation:    55   846
NBasis=   846 NAE=   171 NBE=   171 NFC=    54 NFV=     0
NROrb=    792 NOA=   117 NOB=   117 NVA=   675 NVB=   675

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.28878323D+02

Disk-based method using ON**2 memory for117 occupieds at a time.
Permanent disk used for amplitudes= 16629279750 words.
Estimated scratch disk usage=106452718816 words.
Actual    scratch disk usage=100102018272 words.
JobTyp=1 Pass  1:  I=  55 to 171 NPSUse=  1 ParTrn=F ParDer=F DoDerP=T.
Spin components of T(2) and E(2):
     alpha-alpha T2 =       0.4886193404D+00 E2=     -0.1033109006D+01
     alpha-beta  T2 =       0.2258350295D+01 E2=     -0.5173713832D+01
     beta-beta   T2 =       0.4886193404D+00 E2=     -0.1033109006D+01
ANorm=    0.2058054658D+01
E2 =    -0.7239931845D+01 EUMP2 =    -0.20620907231978D+04
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Electric field/nuclear overlap derivatives assumed to be zero.
          There are     3 degrees of freedom in the 1st order CPHF.  IDoFFX=0.
      3 vectors produced by pass  0 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.11D+03 1.49D+01.
AX will form     3 AO Fock derivatives at one time.
      3 vectors produced by pass  1 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 7.09D+01 1.08D+00.
      3 vectors produced by pass  2 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.12D+01 8.43D-01.
      3 vectors produced by pass  3 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.22D+00 2.28D-01.
      3 vectors produced by pass  4 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 5.57D-01 1.50D-01.
      3 vectors produced by pass  5 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.43D-01 6.89D-02.
      3 vectors produced by pass  6 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.39D-02 1.77D-02.
      3 vectors produced by pass  7 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 3.94D-03 1.08D-02.
      3 vectors produced by pass  8 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 5.57D-04 2.95D-03.
      3 vectors produced by pass  9 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 4.61D-05 9.72D-04.
      3 vectors produced by pass 10 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.31D-05 5.56D-04.
      3 vectors produced by pass 11 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.10D-06 2.96D-04.
      3 vectors produced by pass 12 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.02D-07 4.46D-05.
      3 vectors produced by pass 13 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 3.69D-08 2.68D-05.
      3 vectors produced by pass 14 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.35D-09 3.53D-06.
      3 vectors produced by pass 15 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 1.32D-10 1.52D-06.
      3 vectors produced by pass 16 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.17D-11 5.49D-07.
      3 vectors produced by pass 17 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.41D-12 3.79D-07.
      2 vectors produced by pass 18 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 5.11D-13 2.10D-07.
      2 vectors produced by pass 19 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.00D-13 1.52D-07.
      1 vectors produced by pass 20 Test12= 3.85D-12 3.33D-08 XBig12= 2.76D-14 3.74D-08.
Inverted reduced A of dimension    59 with in-core refinement.
End of Minotr Frequency-dependent properties file   721 does not exist.
End of Minotr Frequency-dependent properties file   722 does not exist.
MDV=  6710886400.
Form MO integral derivatives with frozen-active canonical formalism.
Discarding MO integrals.
Reordered first order wavefunction length =  26645861250
In DefCFB: NBatch=  1 ICI=171 ICA=675 LFMax=113
            Large arrays: LIAPS= 87884595000 LIARS=  1558237500 words.
Semi-Direct transformation.
ModeAB=           4 MOrb=           171 LenV=    6694659865
LASXX=  44668924380 LTotXX= 44668924380 LenRXX= 89594949141
LTotAB= 44926024761 MaxLAS= 30701018520 LenRXY=           0
NonZer=134263873521 LenScr=268544573440 LnRSAI= 30701018520
LnScr1= 61406707712 LExtra=           0 Total= 450247248813
MaxDsk=          -1 SrtSym=           T ITran=            4
JobTyp=0 Pass  1:  I=   1 to 171.
SymMOI:  orbitals are not symmetric.
Spin components of T(2) and E(2):
     alpha-alpha T2 =       0.4886193402D+00 E2=     -0.1033109006D+01
     alpha-beta  T2 =       0.2258350291D+01 E2=     -0.5173713829D+01
     beta-beta   T2 =       0.4886193402D+00 E2=     -0.1033109006D+01
ANorm=    0.2910528809D+01
E2 =    -0.7239931841D+01 EUMP2 =    -0.20620907231942D+04
          IDoAtm=11111111111111111111111111111111111111111111111111
          IDoAtm=1111111111111111111111
          Differentiating once with respect to electric field.
                with respect to dipole field.
          Differentiating once with respect to nuclear coordinates.

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发表于 Post on 2020-3-22 15:29:06 | 只看该作者 Only view this author
cibaouc 发表于 2020-3-20 12:14
大神您好,我拜读过您的帖子,我知道需要加弥散函数计算极化率才有意义,但是不加弥散都一直算不过,所以 ...

因为这个,你就不加弥散,就算最后算出来了又有何意义?结果完全没法用
不要用“算不出来”这种描述,应当去从原理上去思考。
大体系MP2做polar任务根本没戏

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发表于 Post on 2020-3-20 13:36:19 | 只看该作者 Only view this author
那叫输入文件,不叫脚本。“B3LYP前面加上CAM-就可以吗”是这样没错,但其实你交个任务30s就可自行获取答案。。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-20 12:14:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-16 11:14
这属于完全没有计算常识,纯粹瞎算浪费计算资源,即便算完了,这数据也没有丝毫意义
计算(超)极化率必须带 ...

大神您好,我拜读过您的帖子,我知道需要加弥散函数计算极化率才有意义,但是不加弥散都一直算不过,所以担心加了弥散更是算不出来了。
如果换DFT方法,CAM-B3LYP是直接在脚本上的B3LYP前面加上CAM-就可以吗?文章以实验为主,这个性质是后来建议加的,之前没算过,非常抱歉问您这么简单的问题。恳请您帮我解答一下,非常感谢!

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发表于 Post on 2020-3-20 12:13:29 | 只看该作者 Only view this author
cibaouc 发表于 2020-3-20 12:04
谢谢您的建议!这个计算是对一系列不同大小的构型进行计算,之前小一点的体系都很快计算完成了,就剩最后 ...

那为何不转变一下思路:既然大体系算不出来,小体系算得快,那就调整大体系的计算方法,然后再回过头去把所有小体系以同样方法再算一遍。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-20 12:04:59 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2020-3-15 20:09
“尝试了两个月” 不是这么尝试的。。。这么搞叫“尝试了三四次,每次半小时,然后干等了两个月。

真“ ...

谢谢您的建议!这个计算是对一系列不同大小的构型进行计算,之前小一点的体系都很快计算完成了,就剩最后这一个最大的体系却一直算不出来,但是同一个系列的计算又得用相同的条件计算才能进行比较,所以才和这个大体系死磕

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发表于 Post on 2020-3-17 16:47:36 | 只看该作者 Only view this author
abin 发表于 2020-3-17 14:33
十分赞同你的观点。
就如同开一个生产线,测试也不做,上来就直接批量生产,这是哪路神仙教的啊?

我曾经不理解为什么还会有人默认就是类似这样的思路,直到身边出现了类似脑回路的人。气的不知道该说什么,干脆再也不理了。

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发表于 Post on 2020-3-17 14:33:55 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2020-3-15 20:09
“尝试了两个月” 不是这么尝试的。。。这么搞叫“尝试了三四次,每次半小时,然后干等了两个月。

真“ ...

十分赞同你的观点。
就如同开一个生产线,测试也不做,上来就直接批量生产,这是哪路神仙教的啊?

之前一个新同学算一个有机分子,大概40个左右原子。
问我有什么建议?

我说,先优化结构,看看FMO,以及基于S0结构的激发态能级。
大体用B3LYP/6-31G(d)看看,再考虑后续的。

我写了输入文件,标注了每一步的输入文件,
告诉清楚,只需要回去替换为自己分子坐标就可以。

结果,过了一个多月,我问弄的咋样了?
回复我依旧在算。

我十分惊讶,我说我看看。
结果,输入文件中的B3LYP/6-31G(d)被修改为B3LYP/aug-cc-pV6Z。

问,为何修改基组?
回复,这样不就能多算些时间了吗?我就可以多玩会儿啊。

我无言以对。

以上都是真事。因为是根据记忆复述,对方的回复之语不确定是100%原话,但是意思肯定没有偏差。

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发表于 Post on 2020-3-16 11:14:30 | 只看该作者 Only view this author
这属于完全没有计算常识,纯粹瞎算浪费计算资源,即便算完了,这数据也没有丝毫意义
计算(超)极化率必须带充分的弥散函数,下文已经说得明确了
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
仔细看上文之前不要做任何计算,否则全都是白算

本来体系就挺大,polar任务耗时就高,居然还用MP2,更是瞎糟蹋时间。用个CAM-B3LYP之类泛函就完了。

继续瞎算下去只能坐等延期毕业。没有基本常识情况下做的计算不要期望有一丝可能能拿来发表文章、有实际意义。

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发表于 Post on 2020-3-16 09:37:27 | 只看该作者 Only view this author
MP2算这么多原子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-16 09:28:39 | 只看该作者 Only view this author
alonewolfyang 发表于 2020-3-15 19:18
先不管计算级别是否合适,我就不明白你为啥要ppn=1,你内存都可以调用50G,难到机子CPU只有一个核(线程)?

之前设置的ppn=12,一直报内存不够!服务器的最大内存是64G,即使用到最大还是不够

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发表于 Post on 2020-3-16 09:01:53 | 只看该作者 Only view this author
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发表于 Post on 2020-3-15 20:09:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-3-15 23:34 编辑

“尝试了两个月” 不是这么尝试的。。。这么搞叫“尝试了三四次,每次半小时,然后干等了两个月。

真“尝试了两个月”应该先用几个小一些的体系感受一下计算时间、计算空间的实际复杂度是怎么增长的,不同方法的复杂度和精度有多大差异,然后根据这些信息推算一下你的大体系选什么方法比较合理、实际,最后才执行计算。

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发表于 Post on 2020-3-15 19:18:53 | 只看该作者 Only view this author
先不管计算级别是否合适,我就不明白你为啥要ppn=1,你内存都可以调用50G,难到机子CPU只有一个核(线程)?

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发表于 Post on 2020-3-15 17:35:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-3-15 19:24 编辑

这个计算级别不合适,就算算出来结果也没意义。
没有弥散函数的基组算极化率完全不能接受。
这么大体系就算有对称性,也不适合用Gaussian算。这个体系对MP2还是偏大。这么大的体系用wB97等泛函就行了。基组一定要带弥散。jul-cc-pVDZ,基本不能再低了。这计算量也不小。
还发现了一个问题,你的体系明显是D6h点群的,你稍微微调一下坐标改成D6h多好,居然用C1点群计算,白白浪费了Gaussian能利用对称性的优势和大量的计算量。


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