data文件获取的问题求助

chittyda · 发表于 Post on 2015-8-29 23:04:23

通过MS建模并优化得到各分子的.pdb文件，然后通过packmol软件创建了初始构型，最后使用VMD的topo命令将之写成了适合lammps的data文件，结果显示其中atoms数量、类型都正确，但bonds类型、angles类型、dihedrals类型及其数量都不对（本来bonds type应该是5种，但此种方法得出结果是1种；此外其他的类型结果都是0，数量也是0），请教下各位是我的方法问题还是这个方法的局限性。如果是方法不对，那是初始分子.pdb文件创建的问题吗？如何解决这个问题？谢谢！

pppyd · 发表于 Post on 2024-5-22 16:04:33

chittyda 发表于 2015-9-12 21:25
虽然我不是按照大侠在回复中的方法解决的，但是我很乐意分享我自己的方法：
（1）首先在ms中产生自己的 ...

你好，请问OPLS力场有无好产生data的方法（全原子大概一万个原子左右）

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2022-12-6 14:03:16

lty子于发表于 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模 ...

子于老师，我建了一个聚合度为12的链用packmol获得了填充盒子后的pdb文件，想通过moltemplate写入力场生成data文件，想问一下力场lt文件如何获得。

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-8-1 10:36:06

Mikasa 发表于 2019-4-25 04:47
ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“c ...

老师，您好，我想输出reaxff下的data文件，但我最后用VMD输出的data文件中有一列分子编号不需要，您知道怎样能不输出分子编号吗

zhi2679889405 · 发表于 Post on 2021-8-1 10:34:02

老师，您好，我想输出reaxff下的data文件，但我最后用VMD输出的data文件中有一列分子编号不需要，您知道怎样能不输出分子编号吗

hongxy · 发表于 Post on 2020-11-2 21:49:53

请教怎么make msi2lmp?之前没有编译经验

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-9-4 19:28:49

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

我也有这个困惑，data文件里是否需要bond等信息，对照着in是否需要bond_style

WB1040720479 · 发表于 Post on 2020-9-4 19:27:15

Mikasa 发表于 2019-4-25 04:47
ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“c ...

请问一下如果atom_style用的是full的话这个方法是不是就不行了。还是说所有reax下的atom_style都是charge,不需要bond\angle等参数

lty子于 · 发表于 Post on 2019-8-14 14:11:27

naoki 发表于 2019-8-5 09:54
我想请教以下packmol建一个分子的pdb盒子设置多大合适呢，还有我看了半天moltemplate手册，还是没搞明白 ...

不知道你建一个分子之后要做什么，如果是算单个分子的气相性质，盒子建15*15*15埃就差不多了。看具体算什么性质。

naoki · 发表于 Post on 2019-8-5 09:54:20

lty子于发表于 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模 ...

我想请教以下packmol建一个分子的pdb盒子设置多大合适呢，还有我看了半天moltemplate手册，还是没搞明白怎么给pdb写入力场文件，来向您咨询一下，谢谢谢谢～

Mikasa · 发表于 Post on 2019-7-26 22:43:15

szhang_cumtb 发表于 2019-7-26 21:16
您好，我预计用ReaxFF计算煤分子的结构演化。首先用Material Studio构建了煤分子结构模型，采用Compass力 ...

ReaxFF输入文件不不需要这些信息，你可以看一下力场原文。

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-26 21:16:12

Mikasa 发表于 2019-4-25 04:47
ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“c ...

您好，我预计用ReaxFF计算煤分子的结构演化。首先用Material Studio构建了煤分子结构模型，采用Compass力场进行了结构优化，然后生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata charge 生成了data文件，发现bonds类型只有1种，且其他键角、二面角等类型都是0，数量也是0，原子的电荷也是0，不知我的方法是否正确，请求您的指导。

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-26 17:30:59

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

你好，我也在做ReaxFF的MD，采用VMD将Material Studio构建的模型转换为Lammps可读的data文件后，发现文件中angle type, dihedral type,以及原子电荷都是0。Lammps自带的ReaxFF中的data文件中只有atoms的数量和类型数量，该力场是否不需要这些。

szhang_cumtb · 发表于 Post on 2019-7-26 17:08:16

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

你好，我也在做lammps的reaxff模拟，请问你的问题解决了吗

Mikasa · 发表于 Post on 2019-4-25 04:47:15

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“charge”这个atomstyle，这个与Lammps的ReaxFF任务的输入文件atom_style charge是一致的。

topo writelammpsdata <filename> charge

复制代码

writelammpsdata <filename> [<atomstyle>]
write atom properties, bond, angle, dihedral and other related data to a LAMMPS data file. 'atomstyle' is the value given to the 'atom_style' parameter.

复制代码

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[Lammps] data文件获取的问题求助

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