计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9967|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助 葡萄糖结构优化时程序自动停止

[复制链接 Copy URL]

3

帖子

0

威望

11

eV
积分
14

Level 1 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
因为毕设的原因自学了Gaussian可惜还是没入门。最近在做葡萄糖结构优化的时候,程序经常算到L502时,界面显示无响应就自动终止了程序。删除LOG文件时显示被L502占用。看了一些帖子试了增大圈数,改变精度增加关键词的方法还是没用,真的不行了,求各位大佬帮助
用的方法和基组是看文献的找到的,下面贴出的是最初的部分的文件。

输入文件
%nprocshared=4
%mem=2000MW
%chk=kaishi2.chk
# opt b3lyp/aug-cc-pvdz geom=connectivity

kaishi

0 1
C                 -1.56287600    0.55781300   -0.03492200
C                 -1.13079800   -1.79763700    0.40088200
C                  0.74078100   -1.24912200   -0.05062300
C                  2.97071400   -0.59557900   -0.58857900
C                  1.50440000    1.75803300   -0.85607000
O                 -0.66804600    2.35788900   -0.55329100
H                 -1.36317500    0.95902000    0.93670200
H                 -1.15305300   -2.37534100    1.30125100
H                  0.33419100   -1.19143900   -1.03868000
H                  3.15061600   -1.13024100   -1.49779400
H                  2.40957600    2.04923800   -1.34673900
C                 -2.97712200   -0.05102400   -0.06362300
H                 -3.04153100   -0.83762900    0.65887500
H                 -3.17616500   -0.44488000   -1.03838500
O                 -3.93826300    0.96125500    0.24686200
H                 -4.81987200    0.58172000    0.22897000
O                 -1.43630400   -2.65402100   -0.70282700
H                 -0.78194700   -3.35451500   -0.75503000
O                  0.77644100   -0.44113300    1.12869100
H                  1.63879600   -0.51818400    1.54342800
O                  4.06130400   -0.82952300    0.30628600
H                  4.87611100   -0.51687200   -0.09363800
O                  1.57585000    2.10433900    0.52952200
H                  1.68800900    3.05377000    0.61669900

输出文件
nput orientation:                          
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -3.821860    0.363954   -0.572317
      2          6           0       -4.849645   -1.820439   -0.883519
      3          6           0       -3.003554   -2.443238   -0.423515
      4          6           0       -0.803988   -3.185283    0.124568
      5          6           0       -0.612188   -0.407609    0.218687
      6          8           0       -2.054144    1.327543   -0.065977
      7          1           0       -3.961839    0.478854    0.482247
      8          1           0       -5.584874   -2.353314   -0.317496
      9          1           0       -2.786256   -2.066454   -1.401121
     10          1           0       -0.482421   -3.636925   -0.790590
     11          1           0        0.426865   -0.663053    0.214560
     12          6           0       -5.128186    0.712587   -1.309587
     13          1           0       -5.906728    0.053319   -0.986883
     14          1           0       -4.982667    0.603483   -2.364016
     15          8           0       -5.495201    2.063206   -1.016283
     16          1           0       -6.309534    2.280536   -1.475880
     17          8           0       -4.939719   -2.225933   -2.251861
     18          1           0       -4.773484   -3.169134   -2.317715
     19          8           0       -3.170115   -1.924292    0.898549
     20          1           0       -2.783426   -2.532926    1.532297
     21          8           0       -0.562296   -4.098468    1.198149
     22          1           0        0.376697   -4.291716    1.248618
     23          8           0       -1.075159   -0.299053    1.567307
     24          1           0       -0.581725    0.388393    2.020673
---------------------------------------------------------------------
                    Distance matrix (angstroms):
                    1          2          3          4          5
     1  C    0.000000
     2  C    2.434083   0.000000
     3  C    2.927814   2.001882   0.000000
     4  C    4.710656   4.387069   2.385187   0.000000
     5  C    3.394553   4.600759   3.205439   2.785878   0.000000
     6  O    2.075982   4.288704   3.904869   4.686661   2.273989
     7  H    1.070000   2.817847   3.205828   4.850346   3.474973
     8  H    3.249107   1.070000   2.585060   4.872828   5.366643
     9  H    2.768804   2.141497   1.070000   2.740235   3.178382
    10  H    5.215988   4.730845   2.813493   1.070000   3.385847
    11  H    4.441349   5.512429   3.917138   2.807978   1.070000
    12  C    1.540000   2.583667   3.906202   5.995738   4.897417
    13  H    2.148263   2.153851   3.870219   6.145064   5.449587
    14  H    2.148263   2.843407   4.118852   6.165156   5.176268
    15  O    2.425826   3.939171   5.183408   7.131315   5.610160
    16  H    3.267757   4.393195   5.860974   7.921341   6.523606
    17  O    3.282986   1.430000   2.671855   4.865392   5.304473
    18  H    4.053976   1.970203   2.692131   4.660676   5.601405
    19  O    2.797193   2.450994   1.430000   2.790645   3.050497
    20  H    3.728225   3.257770   1.970203   2.515044   3.310108
    21  O    5.802803   5.282435   3.365906   1.430000   3.818936
    22  H    6.528318   6.161807   4.199880   1.970203   4.138228
    23  O    3.544282   4.750569   3.504227   3.238109   1.430000
    24  H    4.150020   5.615016   4.456169   4.051639   1.970203
                    6          7          8          9         10
     6  O    0.000000
     7  H    2.158731   0.000000
     8  H    5.106665   3.360805   0.000000
     9  H    3.719921   3.377523   3.014763   0.000000
    10  H    5.257501   5.537698   5.282660   2.854257   0.000000
    11  H    3.193208   4.542722   6.267461   3.860584   3.268186
    12  C    3.372606   2.150736   3.254621   3.635393   6.385197
    13  H    4.161023   2.474271   2.518641   3.795046   6.563500
    14  H    3.792294   3.026357   3.646032   3.588865   6.380356
    15  O    3.644880   2.665889   4.472360   4.953844   7.594102
    16  H    4.583052   3.548520   4.831103   5.596016   8.333139
    17  O    5.072655   3.968308   2.043090   2.320904   4.898338
    18  H    5.717101   4.669729   2.307551   2.450535   4.578663
    19  O    3.570733   2.564224   2.737496   2.335817   3.606938
    20  H    4.241409   3.400306   3.361860   2.970278   3.450977
    21  O    5.767601   5.746415   5.528926   3.978855   2.043156
    22  H    6.262045   6.493732   6.461457   4.687982   2.307641
    23  O    2.504364   3.180474   5.301887   3.855272   4.129456
    24  H    2.721052   3.714849   6.165670   4.753410   4.910830
                   11         12         13         14         15
    11  H    0.000000
    12  C    5.922331   0.000000
    13  H    6.486220   1.070000   0.000000
    14  H    6.125047   1.070000   1.747303   0.000000
    15  O    6.634631   1.430000   2.051796   2.051796   0.000000
    16  H    7.543300   1.970203   2.315570   2.315570   0.960000
    17  O    6.109505   3.091650   2.780335   2.831964   4.497992
    18  H    6.303688   4.026151   3.666001   3.778696   5.439852
    19  O    3.872574   3.957656   3.867150   4.507696   4.997274
    20  H    3.941932   4.909945   4.773881   5.463971   5.913833
    21  O    3.707825   7.091004   7.111585   7.371366   8.197773
    22  H    3.773458   7.867095   7.959787   8.107828   8.943936
    23  O    2.053897   5.072175   5.476505   5.615914   5.638437
    24  H    2.320525   5.645001   6.124812   6.216112   6.014179
                   16         17         18         19         20
    16  H    0.000000
    17  O    4.773552   0.000000
    18  H    5.724250   0.960000   0.000000
    19  O    5.759726   3.625958   3.803259   0.000000
    20  H    6.682214   4.366199   4.380375   0.960000   0.000000
    21  O    8.992934   5.879693   5.564087   3.408448   2.737881
    22  H    9.763353   6.692166   6.364219   4.278682   3.627698
    23  O    6.581333   5.764871   6.083450   2.734499   2.812400
    24  H    6.972365   6.639380   7.003460   3.647937   3.690543
                   21         22         23         24
    21  O    0.000000
    22  H    0.960000   0.000000
    23  O    3.851605   4.260376   0.000000
    24  H    4.561672   4.839221   0.960000   0.000000
Stoichiometry    C6H12O6
Framework group  C1[X(C6H12O6)]
Deg. of freedom    66
Full point group                 C1      NOp   1
Largest Abelian subgroup         C1      NOp   1
Largest concise Abelian subgroup C1      NOp   1
                         Standard orientation:                        
---------------------------------------------------------------------
Center     Atomic      Atomic             Coordinates (Angstroms)
Number     Number       Type             X           Y           Z
---------------------------------------------------------------------
      1          6           0       -1.562876    0.557813   -0.034922
      2          6           0       -1.130798   -1.797637    0.400882
      3          6           0        0.740781   -1.249122   -0.050623
      4          6           0        2.970714   -0.595579   -0.588579
      5          6           0        1.504400    1.758033   -0.856070
      6          8           0       -0.668046    2.357889   -0.553291
      7          1           0       -1.363175    0.959020    0.936702
      8          1           0       -1.153053   -2.375341    1.301251
      9          1           0        0.334191   -1.191439   -1.038680
     10          1           0        3.150616   -1.130241   -1.497794
     11          1           0        2.409576    2.049238   -1.346739
     12          6           0       -2.977122   -0.051024   -0.063623
     13          1           0       -3.041531   -0.837629    0.658875
     14          1           0       -3.176165   -0.444880   -1.038385
     15          8           0       -3.938263    0.961255    0.246862
     16          1           0       -4.819872    0.581720    0.228970
     17          8           0       -1.436304   -2.654021   -0.702827
     18          1           0       -0.781947   -3.354515   -0.755030
     19          8           0        0.776441   -0.441133    1.128691
     20          1           0        1.638796   -0.518184    1.543428
     21          8           0        4.061304   -0.829523    0.306286
     22          1           0        4.876111   -0.516872   -0.093638
     23          8           0        1.575850    2.104339    0.529522
     24          1           0        1.688009    3.053770    0.616699
---------------------------------------------------------------------
Rotational constants (GHZ):           0.9956381           0.4802942           0.3548238
Standard basis: Aug-CC-pVDZ (5D, 7F)
There are   408 symmetry adapted cartesian basis functions of A   symmetry.
There are   384 symmetry adapted basis functions of A   symmetry.
   384 basis functions,   648 primitive gaussians,   408 cartesian basis functions
    48 alpha electrons       48 beta electrons
       nuclear repulsion energy       704.2988882417 Hartrees.
NAtoms=   24 NActive=   24 NUniq=   24 SFac= 1.00D+00 NAtFMM=   60 NAOKFM=F Big=F
Integral buffers will be    131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned on.
One-electron integrals computed using PRISM.
NBasis=   384 RedAO= T EigKep=  2.10D-05  NBF=   384
NBsUse=   384 1.00D-06 EigRej= -1.00D+00 NBFU=   384
ExpMin= 2.97D-02 ExpMax= 1.17D+04 ExpMxC= 4.01D+02 IAcc=3 IRadAn=         5 AccDes= 0.00D+00
Harris functional with IExCor=  402 and IRadAn=       5 diagonalized for initial guess.
HarFok:  IExCor=  402 AccDes= 0.00D+00 IRadAn=         5 IDoV= 1 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT=  3500011 ScaDFX=  1.000000  1.000000  1.000000  1.000000
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=T BraDBF=F KetDBF=T FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=   200000004 NGrid=           0
         NMat0=    1 NMatS0=      1 NMatT0=    0 NMatD0=    1 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on             energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
EnCoef did     2 forward-backward iterations
EnCoef did     1 forward-backward iterations
EnCoef did     3 forward-backward iterations
EnCoef did     7 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
EnCoef did   100 forward-backward iterations
Rare condition: small coef for last iteration:  0.591D-15
EnCoef did   100 forward-backward iterations


3

帖子

0

威望

11

eV
积分
14

Level 1 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-2 11:29:13 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-4-2 10:16
这个论坛不会有人让你加大SCF循环圈数的,正常有机体系20轮内不应该SCF不收敛。我不认为你的报错是自洽场不 ...

谢谢了 我试试

1187

帖子

5

威望

2876

eV
积分
4163

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2020-4-2 10:16:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2020-4-2 10:25 编辑

这个论坛不会有人让你加大SCF循环圈数的,正常有机体系20轮内不应该SCF不收敛。我不认为你的报错是自洽场不收敛(相关内容看《解决SCF不收敛问题的方法http://sobereva.com/61),虽然弥散函数会增加收敛难度。你这个也不是几何优化不收敛(相关内容看《量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法http://sobereva.com/164)。
如果你是windows系统,Win+R运行输入
  1. taskkill /f /im l502.exe
复制代码
强行杀掉l502进程。如果是Windows的那个GausianxxW的窗口内容半天没变,可能是正在计算,不代表死机了,不要乱动(前提是你的方法合理,这个用这么大弥散函数明显不合理,葡萄糖18个重原子,要是笔记本级别还是自洽场要算一会儿的),如果Route行#改成#P可以输出自洽场每轮迭代等信息,可能让你等的不那么着急。


不要只提供lxxx这样的信息,大多数情况下这和没说没什么区别。
提问要提供的关键信息参考
Gaussian 常见报错及解决方法;新手求助报错时的注意事项
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

你的基组用的没有道理,这种优化根本不需要弥散函数,你加了超大的弥散函数,却还用2-zeta,完全不合理,而且Dunning的相关一致性基组(CC)也不适合普通DFT。

看看卢老师的这几篇博文。如果没有靠谱的师兄师姐(师弟师妹)和导师带,自己乱摸很容易误入歧途。
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html
基组的选择看这两个
谈谈量子化学中基组的选择
http://bbs.keinsci.com/thread-3545-1-1.html
浅谈为什么优化和振动分析不需要用大基组
http://sobereva.com/387
葡萄糖有分子内氢键作用,加色散校正对结果有益。看这几个。
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正?”
http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html

泛函先用B3LYP-D3(BJ)吧,也没什么问题。其他泛函想了解的话看卢老师的
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://bbs.keinsci.com/thread-536-1-1.html


葡萄糖,比如吡喃葡萄糖结构,可能的构象很多,最好做简单的构象搜索。如果没那么多精力,还是找可靠的数据库一个别人优化好的结构自己再象征性的接着优化一下比较好。各个氢键的朝向都应该考虑一下。不过你先解决上面基组的问题再说。

评分 Rate

参与人数
Participants 1
eV +3 收起 理由
Reason
sobereva + 3

查看全部评分 View all ratings

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-25 23:49 , Processed in 0.211968 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list