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[PSI4] psi4运行核心数是单核,如何修改?

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楼主
按照卢老师的帖子安装的psi4,用帖子中的H2O-NH3的输入文件计算了一下,看输出文件好像是单核运行的,想请老师看看是否有问题。我在运行时,设置了6GB内存,64核心运行,不知道实际运行是否按照此设定进行的。如果不是的话,应该如何去设置呢?

sapt.inp.dat

53.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 12

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-12 14:50:12 | 只看该作者 Only view this author

已解决。修改计算平台的作业脚本就正常了。

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发表于 Post on 2020-10-12 13:35:24 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2020-4-3 16:33
老师,我看您博文里计算时用的-n 36,输出文件也显示Threads :36,可以对的上。我在计算时,用的-n 64, ...

同问,解决了吗

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发表于 Post on 2020-4-4 04:46:34 | 只看该作者 Only view this author
风起时想你 发表于 2020-4-3 16:33
老师,我看您博文里计算时用的-n 36,输出文件也显示Threads :36,可以对的上。我在计算时,用的-n 64, ...

这个最好去PSI4论坛看开发者怎么说,可能需要一些特殊设置
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 16:33:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-4-3 11:18
就是用-n,和我博文里写的完全一致
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/ ...

老师,我看您博文里计算时用的-n 36,输出文件也显示Threads :36,可以对的上。我在计算时,用的-n 64,输出文件显示 Threads :1. 不知道问题存在哪里。

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发表于 Post on 2020-4-3 11:18:02 | 只看该作者 Only view this author
就是用-n,和我博文里写的完全一致
使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算
http://sobereva.com/526http://bbs.keinsci.com/thread-15902-1-1.html

我的输出文件里的信息
  1.     Process ID: 4528
  2.     Host:       localhost.localdomain
  3.     PSIDATADIR: /sob/psi4_132/share/psi4
  4.     Memory:     500.0 MiB
  5.     Threads:    36
  6.    
  7.   ==> Input File <==
复制代码


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-3 10:37:39 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2020-4-2 22:11
psi4 -i  inputfile  -o  outfile -n x
x表示核数。

计算时就是用的这样的命令,但是看输出文件好像是单核运行的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-2 23:07:53 | 只看该作者 Only view this author
计算时,psi4 sapt.inp sapt.out -n 64   但是看输出文件 Threads:    1

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发表于 Post on 2020-4-2 22:13:23 | 只看该作者 Only view this author
  1. psi --help | grep -i 'thread'
复制代码

结果
  1. usage: psi4 [-h] [-i INPUT] [-o OUTPUT] [-a] [-V] [-n NTHREAD] [-s SCRATCH]
  2.   -n NTHREAD, --nthread NTHREAD
  3.                         Number of threads to use. Psi4 disregards OMP_NUM_THREADS/MKL_NUM_THREADS.
复制代码

帮助里面写了用-n指定线程数
善用--help参数。

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发表于 Post on 2020-4-2 22:11:40 | 只看该作者 Only view this author
psi4 -i  inputfile  -o  outfile -n x
x表示核数。

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