目前都有哪些适合大体系的增强采样方法？

ChaosChiao

看了很多方法，但是绝大部分都是基于方法学本身的讨论。我觉得一个方法好不好，关键是看实际解决的科学问题如何，否则理论再怎么天花乱坠，落不到地上也只是一篇文章而已。

我目前关注的蛋白质体系，涉及到蛋白质三级结构乃至四级结构的变化，氨基酸在200-2000不等，在如此尺度下，有哪些方法可能比较快的模拟出蛋白质的变构情况？

就目前看到的，能用到大于200个氨基酸的蛋白上的，
拉伸分子动力学SMD，我个人不喜欢，人工痕迹太严重，结论可信性成疑。
加速分子动力学AMD，之前常用，比MD波动大一点，但不够大。
高斯加速分子动力学GaMD，目前比较常用，但仍有不足。
退火，这个就是不停的低温-高温-低温-高温，效果一般。

一些看着挺牛B，但没见过大体系应用的
REMD，老方法了，但很少见用于大体系，请实际用过的同学说说。
meta-MD，比较新，近期看到的该方法应用仍集中于多肽。
还有没有其他方法？

请各位大神点评一下

wuzhiyi

如果真有这么好的方法就没有人搞这种研究了 到时候就会有个服务器 你上传pdb 他给你别的构想以及他们的自由能
俗话说 如果解决一个问题有很多方法 那么一定哪个方法都不好

fhh2626

你说的所有方法都可以用于（并且已经成功用于）大体系，你只有实际理解了这些方法的原理，才能知道这些方法可以用于解决什么样的科学问题