求助:vasp找过渡态只有一个虚频，但虚频太小可以吗

reedfy

各位大佬，第一次算过渡态，用的CLNEB，EDIFF = 1E-5 , EDIFFG = -0.03 ,IOPT = 1 。因为反应物和生成物结构变化较大，dist.pl值为8点多，插了6个点，经计算已经收敛。
把能量最高，同时切向力(-0.001305)也最小的 image(04) 拿出来计算频率。表面有H2O 和SO2，这6个原子放开，其它固定，结果如下：
   1 f  =  112.533585 THz   707.069365 2PiTHz 3753.716215 cm-1   465.401663 meV
   2 f  =  104.601776 THz   657.232341 2PiTHz 3489.139564 cm-1   432.598327 meV
   3 f  =   48.006030 THz   301.630780 2PiTHz 1601.308734 cm-1   198.537051 meV
   4 f  =   37.455764 THz   235.341506 2PiTHz 1249.389762 cm-1   154.904644 meV
   5 f  =   30.981523 THz   194.662648 2PiTHz 1033.432327 cm-1   128.129325 meV
   6 f  =   19.789752 THz   124.342678 2PiTHz  660.115049 cm-1    81.843865 meV
   7 f  =   14.752089 THz    92.690109 2PiTHz  492.076705 cm-1    61.009758 meV
   8 f  =   13.766939 THz    86.500228 2PiTHz  459.215637 cm-1    56.935503 meV
   9 f  =   10.327111 THz    64.887155 2PiTHz  344.475349 cm-1    42.709515 meV
  10 f  =    6.026637 THz    37.866478 2PiTHz  201.026970 cm-1    24.924177 meV
  11 f  =    5.061159 THz    31.800202 2PiTHz  168.822097 cm-1    20.931280 meV
  12 f  =    3.329710 THz    20.921186 2PiTHz  111.067173 cm-1    13.770579 meV
  13 f  =    3.061645 THz    19.236880 2PiTHz  102.125466 cm-1    12.661949 meV
  14 f  =    2.578511 THz    16.201265 2PiTHz   86.009880 cm-1    10.663870 meV
  15 f  =    1.663230 THz    10.450380 2PiTHz   55.479369 cm-1     6.878568 meV
  16 f  =    1.544972 THz     9.707343 2PiTHz   51.534704 cm-1     6.389491 meV
  17 f  =    0.884655 THz     5.558450 2PiTHz   29.508907 cm-1     3.658639 meV
  18 f/i=    1.211955 THz     7.614936 2PiTHz   40.426456 cm-1     5.012243 meV


mep.eps图如下：


中间几个点是比较平缓的，是因为这个虚频才比较小吗，这样找出的过渡态是正确的吗？
先谢谢各位大神了

Lilunjisuan

reductioncat. 发表于 2020-5-22 11:31
虚频40.426456 cm-1 太小了 不知道你是什么过程 不太可能是TS对应的f/i。   关于频率的visualization 楼上 ...

你好，我想问一下，怎么知道其他两种原子间成断键的虚频数值大概是是多少呢？（你列举了C-C  O-H）

reedfy

reductioncat. 发表于 2020-5-22 11:31
虚频40.426456 cm-1 太小了 不知道你是什么过程 不太可能是TS对应的f/i。   关于频率的visualization 楼上 ...

好的，多谢

reductioncat.

虚频40.426456 cm-1 太小了 不知道你是什么过程 不太可能是TS对应的f/i。   关于频率的visualization 楼上已经说得很清楚了。 我补充一点就是 TS 算出来的虚频 可以直接看出来里面有没有涉及成键 比如 C-C 单键 成键断键的虚频应该在 1000 cm-1 左右。 O-H 是在500。 但是这个数字不是固定 要随着你的体系而波动变化。各人根据自己体系 算多了会有一个感觉。 但是总体idea 就是 f/i 的数字 能反映 TS 中成断键的过程。  建议你看看6-9的结构 哪一个最接近 TS 然后做 DIMER 再找一下过渡态。

朱陈

可以用Jmol查看振动的方向，如果对应于生成物和反应物的方向，那应该就是你找的过渡态，否则就不是。