本帖最后由 欢乐多 于 2023-12-9 02:01 编辑
自己动手丰衣足食——计算初学者进行服务器centos 7.6系统及orca、xtb、gaussian 16软件的安装乱谈 经过一夜苦战通宵，终将计算电脑系统重装完好，在整个装机过程中，其主要步骤及乱谈如下。 1，要把装linux的系统U盘制作好，在window系统上用Ultroiso软件将Centos 7.6写入到空的U盘上，注意写之前会对U盘格式化，如果U盘里有资料备份好原来的数据。 2，将2T的大的硬盘格式化，去除硬盘上的所有数据，但不要分区，不要弄什么FAT32, NTFS, MRB等等什么格式啦，就弄成空闲。此操作仍在Win 10系统上操作，用的是Partition Gitu软件。 3，对于超微主板，开机后立即按以下键有相对应的作用 F11键：进入不同的硬盘系统，在平常可以更换linux和Win系统，相当于Mac上的Fn键； F12键：在插入上面制作系统U盘后，进入显示Centos 7.6的安装界面，字体较大，若其他条件符合，就能安装成功。 Del键：显示主板设置，开机优先启动的硬盘，Order 1——Enter——会显示所有的硬盘，看的更全，选择U盘为优先启动。 TAB键：也显示安装Centos 7.6的安装界面，只是字体小，尝试安装，不成功。 对于这一步倘若你把2T硬盘在win系统上进行了分区，不管是用啥格式（FAT32, MBR, NTFS），系统就不会识别，2T的空间，仅约1.0M Free可用，这怎么能装下几个G的linux系统，即分区之后不会被识别，因此，2T硬盘不用分区，弄成空闲状态。 4，按照Soberver的Centos 7.6视频安装教程，约30 min解压文件，安装等，文件解压安装时，注意将Kudmp开机启动项关了（一个linux崩溃记录的server，开发者可以解析崩溃原因），开始逐步安装，整个安装过程40 min，请耐心等待。 以上linux系统就装好了，接下来笔者用的win电脑通过ssh登录到了刚装的linux上，方便进行操作。 5，解决将Centos-home (1.8T)分给Centos-root (50G)一些空间，即Centos 7 调整home分区扩大root分区。df -h查看硬盘状态。 笔者后来发现，在安装系统时，可以进行适当分区：
这样就减少下面的繁琐操作，以下安装系统后，扩容的操作仍旧保留： 5.1卸载home ①备份home分区文件 tar cvf /tmp/home.tar /home ②安装psmisc yum install -y psmisc ③卸载/home文件系统 umount /home 注意：fuser -km /home/ 为停止占用的home进程，如果umount进行顺利，此命令可以忽略，若运行此命令，我用的ssh方式登录的linux系统，就自动离线了，不可。 ④删除/home所在的lv lvextend /dev/mapper/centos-home 5.2扩大/root分区 ①扩展/root所在的lv lvextend -L +1300G /dev/mapper/centos-root ②扩展/root文件系统 xfs -growfs /dev/mapper/centos-root 5.3恢复home分区 ①重新创建home lv lvcreat -L 1G -n /dev/mapper/centos-home lvextend -L +100%FREE /dev/mapper/centos-home ②创建home文件系统 mkfs.xfs /dev/mapper/centos-home ③挂载home文件系统 mount /dev/mapper/centos-home ④恢复home文件系统 tar xvf /tmp/home.tar -C /home/ cd /home/home mv * ../ 至此root盘扩容完成。 6，ORCA安装，因为/root/目录下，有downloads, viedio, pictures, Desktop等看着比较乱，可将你的软件装在/jty/中，即跟/root/文件夹平级，jty文件夹便于管理你自己的软件和数据。虽然你用的是root用户，但也可以这样操作。 解压Openmpi313后，先不要make（解析文件中的命令，以便进行编译），需要修改3个文件，再进行make，make install, 再设置环境变量，然后解压orca,再设置orca的环境变量即可。本节需要注意，openmpi解压后，先修改源代码，再进行安装。 ORCA 5.04版本已经不需要修改源代码，直接安装即可
7，xtb的安装，将网上编译好的xtb2005.tgz解压，设置环境变量，crest安装将与xtb 6.3.0相对应的crest.tgz从网上下载，下载的时候要点一些小图标，【version】才能找到真正的下载地址。GitHub网站上一些文件的下载链接非常隐蔽，不像window系统软件都有大大的一目了然的downloads图标，crest不需要编译，但要带上应用的路径./crest。xtb网上编译版里的力场文件可能不全，需要解压原版的6.3.0的xtb拷贝其中的力场文件至网上编译版的xtb目录中即可，注意都是同一版本，比如6.3.0 。
8，Gaussian安装还是颇费神事的，装了好几次，都未安装成功，即按照普通应用的安装思维，解压、设置Default.Route、scratch、chmod、设置环境变量。但是即使重启连接，还是找不到g16命令。为处理此问题，首先怀疑G16压缩包的问题，但是试了好几个压缩版本，还是找不到g16命令；后来发现，原来是G16解压、安装、配置是需要在bash环境下的，对于我这个linux系统小白来说，完全不理解“bash环境”这个高深、隐晦、艰难晦涩，到底是啥，去百度、google搜索也没有啥是bash的解释，大部分都是啥.bashrc环境变量的解释。之后才知道什么是bash环境呢，我用ssh登录服务器，通过root账户登录终端的root用户下并不是bash环境，而是要从某个用户登录，比如jty用户登录终端，但此时还是jty用户,虽是bash，但是并不能对gaussian.tgz进行解压，因为gaussian.tgz是在root权限下复制进终端的，普通用户级操作root的文件当然permission denined, 因此，还需要su root 进入root用户，当然我们要知道此时的终端还是jty的终端。此时进行各种gaussian的解压操作及设置相关文件变量就顺利进行了，我将g16安装在/jty/里面，环境变量也进行相关设置。 后来再次安装，并未出现这种情况。
至此，做计算实验必备的软件已全部安装完成，一路高歌吧！这毕竟是通宵奋战的成果了。 接下来就是安装sob大神那几个极其易装易用的软件了，比如molclus.......等，安装都没有啥问题，此处省略100个字。 ps1:作为一个老win和mac用户来说，初接触linux系统，明显发现了其对于普罗大众的不易学习特征，净是一些代码命令，太抽象了，感觉让人难易理解，这个linux要干啥，再者早已习惯win, mac图形交互操作界面的友好、形象，有图形的出现很容易理解看到的操作命令到底在干什么，因此，大家就更不愿意接触linux。而作为一名计算工作者，又怎能离开linux，只有一点一点去学习，去熟悉，计算没有2~3年的实际操作经验，想要出结果，并出你理想的结果根本不可能。 ps2：笔者所以重装系统，有以下的历程：原来用的好好的系统及那些必备的计算软件，特别是那个神奇的./crest应用，我更是离不开，一刻都离不开。在大胆尝试安装ifort时，intel studio里面有个openmpi库，它与Openmpi313冲突，系统优先用调用intel studio的库，你看虽然intel studio成功完成安装，ifort能用，但是令我完全没有想到的是，g16出现问题（后来知道可能其他原因引起的，并非安装ifort），orca出现问题，乖乖，这还得了，前天刚向别人夸完orca算高精度单点能是多么的厉害，在我亟需orca时有怎能离开她呢？并且xtb接着出现问题，crest不能用，一直有提示Intel mpi…….啥东西。对于我这个linux新手来说，我不得一个一个处理以上问题，本着win系统软件崩溃重装的思维，花了一下午的时间，重装orca，可以了，可是crest怎么重装都不能用，重装好几次还是那样，简直崩溃。后来知道，crest不能用，因为它不是重装的事儿，而是你的intel/mpi……默认的库，它在哪里？我怎么办？这出问题，心头一着急失去了理智，直接which intel，删掉 rm -rf intel，可是删掉之后并未解决问题，还是出现一大推提示，not find intel/mpi......，求助论坛，sob老师让我注释掉#优先开启的Intel openmpi, 但是.bashrc里没有，我上哪去找它的提示的那个，linux啥都不懂，真气人，真气人。后来想到可以卸载remove intel，但是intel安装包让我怒删了。 为了我的./crest，我的orca，我要重新装系统，重头来，解决一切的不开心，化解一切的难题。我后来知道，对于两个openmpi库可以用Docker，就相当于一个虚拟机，将intel openmpi放到Docker里。此外，安装ifort不能参考其他网站的安装教程，而要找sob在安装VASP中提到的ifort安装的注意事项，上百篇博文中仅此一篇提到ifort的安装，对于这个计算人员对系统数据库要求比较特别，linux安装ifort有一些特别的设置的，这与其他百度、google搜到的普通Intel studio 安装大不一样，这也是我后来才知道的。看来经验还是少啊。你看我为了安装基本不用的Amber Tools，尝试安装ifort，ifort安装好了，可Amber Tools最终由于其他原因没有装好，结果还给其他软件搞瘫痪了，为了炫技，你也是没谁了，偷鸡不成蚀头牛，这苦楚一言难尽。 还好，最后我还是英明的进行了系统的及软件安装，对于我这个linux初学者来说，一夜给搞好了，真是一个天大的突破。开玩笑的说，以后可以月月装，周周装，想装就装，我就是会装系统会装软件了，能够轻松自如的独立完成我计算所需要的系统及软件的安装。 所有神奇的软件都装好，该去完成我的毕业所需要的计算了，接下来，进行构象搜索，过渡态寻找，反应机理详细探讨。计算对于我来说就是外行，隔行如隔山，此言不虚，在初学计算的过程中，我就像跨越高山，横穿沙漠一样，我在艰难的向山顶攀登，我在沙漠中艰苦的跋涉，但我相信我离山顶不远了，我要穿越沙漠了。每一个苦苦奋战的夜晚，每一个无助要放弃的念头，我不退缩，我只会变得越来越坚强！ 补充：一个月的试用发现，软件运行操作正常，就是隔三五天系统死机一次，也连不上网，也不能远程控制，我还得大老远跑去手动重启一下，这也太麻烦了，谷歌也搜索了，远程控制服务的客观也咨询，终未能解决问题。作为一名新手，也找不出哪地方毛病，感觉就像win系统蓝屏一样，实在不能接受这隔三差五的死机，7月初又对服务器进行了一次重装，期望解决死机断网问题。尝试网友说的EFI装机，也未成功，具体也不太懂啥是EFI装机，我理解是Centos7.6.iso文件写入镜像到2T的硬盘上，开机启动2T硬盘，系统自己会装，但是尝试并未成功。还是通过Ultraiso软件制作了一个linux装机U盘，就是将Centos7.6.iso文件写入镜像到U盘上。开机Del键进入主板设置，选择boot order 1 为 "USB Hard Disk: KingstongData Traveler 3.0 PMAP" 就正常开始装机了，注意boot order 1 不能选择 "UEFI USB Hard Disk: UEFI KingstongData Traveler 3.0 PMAP Partition 1" (刚开始以为就是UEFI类型的进行装机，可是搞了几把还是没有成功)。随后，这次我自己对硬盘进行了分区，没有之前的挂载操作，将2T硬盘中800 GB给根目录 /, 800 GB给/home，开装了，一路下来基本顺利。 感觉着对我这个初学者来说，装linux系统就像黑箱操作，不怎么理解那些代码的意思，就一抹黑装一统，装成为止，装不成多换几个选项，试的多了总要成功嘞，罗马也不是一天建成的，通往罗马的道路有千万条，每次也都会面临不同样的问题，第三次装机装软件也就没有那么心急了，从晚上6点左右开始，到晚上12点全部装好gaussian 16、xtb、gmx、orca、Multiwfn、molclus、vmd。至少比第一次装了几天，第二次通宵奋战装机要进步多了。 可悲的是，重装之后死机断网的症状并没有根治，试运行时发现，还是出现了，还是没有找到死机断网的症结所在，不过心里也就坦然了，至少曾经努力过了。 如果只有重启才能治死机断网症，就搞了一个远程控制开关机重启的插座，这样就把自己服务器远程的功能发挥得淋漓尽致，也不需要死机断网的时候，再从不同地方跑去手动重启了。 20200817：电脑装好1月有余，每天都开机计算，最长连续开机一周，硬盘出现问题，无奈，厂家更换新硬盘，还得重新装机，装软件。装centos7.6，插优盘，delete,进入主板设置，order1为U盘启动项，开装，分区为自定义分区第2个，装好后重启，开装软件，g16,orca，gromacs安装无碍，在装xtb时，是先解压官网下载的xtb6.3.0，再解压网上编译好的xtb-2005，将官网文件中部分内容覆盖，xtb就可以用了，直接crest.zip解压就可以用crest功能了。这一路挺顺的，想着应该都装好了，开始我的荒乱的不着边际的计算，晚上关机，第二天开机确怎么开不开，这次新硬盘能够识别，就是不能进入系统，提示Warning: /dev/root does not exist, could not boot，无奈，系统找不到开机项，更换主板各种功能选项，开机启动顺序，无果。只有再次装机，这次，在用U盘装完1469个文件后，提示reboot，重启要进入主板设置，将order1有U盘的启动项改为装的硬盘的启动项，对于我的硬盘来说是带有……D008……字样的，更改后，开机，电脑就可以找到开机启动项了，正常开机。系统装好，更改设置后，为了保险起见又尝试了三次重启，三次开机，均正常启动，然后按装经常用的g16,orca,xtb,gromacs,molclus,multiwfn等程序。
作为linux系统及量子化学计算初学者，也算是面临重重困难，历经4次重装，每一次都是美好的开始，有时候就想到美剧《西部世界》中女主那个场景，美好的一天开始了。 202305：时隔几年，当我踏入计算化学5年之后，再次重装系统，发现以上软件均是最好装的，因为我们遇到了更多难装的软件。走过了很多路，发现后面还有很多路。
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发表于 Post on 2020-6-4 00:59:58
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