求助在linux上面安装的Materials Studio2017怎么提交任务

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-6-30 20:39:40

大家好，请问一下刚在linux centos7系统上安装了MS2017，第一次应该怎样提交castep计算任务呢？
可以说得详细一点吗？小白一个。
万分感谢！！！

牧生 · 发表于 Post on 2023-8-19 14:36:46

本帖最后由牧生于 2023-8-19 14:38 编辑

ldx022 发表于 2023-8-19 14:27
请问这个远程可以指定LSF集群的计算机吗？只能用一个核吗？

我已经多年不用M$了。也没使用过集群，帮不上。

原则上，只要能ping通集群，就可以这样操作。

ldx022 · 发表于 Post on 2023-8-19 14:27:40

牧生发表于 2020-6-30 21:23
能在linux下安装MS，已经证明不是小白了。

首先要保证你能ping通服务器，然后就简单了。

请问这个远程可以指定LSF集群的计算机吗？只能用一个核吗？

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-7-15 16:51:32

zhangzyd 发表于 2020-7-8 18:05
高斯软件比较特殊，另起其他的行，和高斯的分开写

你用的哪个版本的高斯，g16 A.03的有bug建议升级， ...

谢谢你的建议，问题已经解决了。
感谢大家的帮助！非常感谢！

zhangzyd · 发表于 Post on 2020-7-8 18:05:51

如遇古剑发表于 2020-7-4 16:56
谢谢你的回复！请问一下账户下面已经有了~/.bashrc文件，是关于高斯软件的，这种情况应该怎样解决呢？直 ...

高斯软件比较特殊，另起其他的行，和高斯的分开写

你用的哪个版本的高斯，g16 A.03的有bug建议升级，最新的高斯软件计算精度也提高了很多

funok · 发表于 Post on 2020-7-4 17:45:35

如遇古剑发表于 2020-7-1 14:03
你好！我的电脑和服务器不再同一局域网，浏览器输入服务器IP+“:18888”并不能ping通，显示网页走丢了， ...

往局域网里插根网线

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-7-4 16:56:07

zhangzyd 发表于 2020-7-2 08:50
请把配置文件写在自己账号下的~/.bashrc文件里，注意第一行的. /opt/....lp_profile 前的.后边有个空格 ...

谢谢你的回复！请问一下账户下面已经有了~/.bashrc文件，是关于高斯软件的，这种情况应该怎样解决呢？直接添加到里面吗？

zhangzyd · 发表于 Post on 2020-7-2 08:50:06

如遇古剑发表于 2020-7-1 22:20
你好，我是MS2017的，安装在Linux Centos7系统上，我在使用了你发的命令之后为什么没有执行呢？也没有报 ...

请把配置文件写在自己账号下的~/.bashrc文件里，注意第一行的. /opt/....lp_profile 前的.后边有个空格。
RunCASTEP.sh 的-q 参数是指定队列名，请替换成自己的，没有队列的话可以不写这个参数

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-7-1 22:25:45

牧生发表于 2020-7-1 15:56
电信的是外网，我使用xshell登陆电信给出的IP，按理说应该也是一样。

真羡慕！
看来我是只能用命令了吧。

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-7-1 22:22:26

天然呆发表于 2020-7-1 17:12
有可能是防火墙的锅，使用systemctl stop firewalld，systemctl mask firewalld，并且查看selinux是否disab ...

我只是普通用户，防火墙不归我管啊，扎心了~

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-7-1 22:20:54

zhangzyd 发表于 2020-7-1 17:48
MS软件的安装与使用还是非常简单的，安装步骤基本就是一路next默认选项。环境变量设置以及LSF作业调度系统 ...

你好，我是MS2017的，安装在Linux Centos7系统上，我在使用了你发的命令之后为什么没有执行呢？也没有报错。这是怎么回事呢？请指点一下，谢谢啦！

zhangzyd · 发表于 Post on 2020-7-1 17:48:37

MS软件的安装与使用还是非常简单的，安装步骤基本就是一路next默认选项。环境变量设置以及LSF作业调度系统举例如下：

在/opt/MaterialsStudio/2018.1目录下统一安装了Materials Studio 2018.1软件，用户在使用前需要在自己的~/.bashrc文件中设置环境变量：
. /opt/MaterialsStudio/2018.1/BIOVIA/BIOVIA_LicensePack/etc/lp_profile
export MS_INSTALL_ROOT=/opt/MaterialsStudio/2018.1/BIOVIA/MaterialsStudio18.1
export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin:$MS_INSTALL_ROOT/share/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MS_INSTALL_ROOT/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib/32
export CASTEP_TMP=/tmp
export DMol3_TMP=/tmp

3. 提交作业举例：
例：
提交一个申请使用72进程数的castep作业到mediumib队列上：
   RunCASTEP.sh -q mediumib -np 72 seedfile
或者
bsub -q mediumib -n 72 -o %J.log -e %J.err runMSserver.sh Castep -np 72 seedfile

注意：
   -n 和-np参数的数值要保持一致。
   seedfile需替换为自己的输入文件,在提交时不需要文件扩展名。 seedfile输入文件可以同时写多个，以空格相间隔
   Dmol3等模块的使用方法与上边类似。

天然呆 · 发表于 Post on 2020-7-1 17:12:50

有可能是防火墙的锅，使用systemctl stop firewalld，systemctl mask firewalld，并且查看selinux是否disabled。

牧生 · 发表于 Post on 2020-7-1 15:56:32

如遇古剑发表于 2020-7-1 14:03
你好！我的电脑和服务器不再同一局域网，浏览器输入服务器IP+“:18888”并不能ping通，显示网页走丢了， ...

电信的是外网，我使用xshell登陆电信给出的IP，按理说应该也是一样。

但是使用浏览器输入服务器IP+“:18888”，这个步骤我确实没操作过。。

后来就自己有了一台机子，在局域网里连接，自由支配。

如遇古剑 · 发表于 Post on 2020-7-1 14:03:03

牧生发表于 2020-7-1 10:57
即使是外网，比如我用过电信的机房给出的IP，也是相同的操作啊

你好！我的电脑和服务器不再同一局域网，浏览器输入服务器IP+“:18888”并不能ping通，显示网页走丢了，你是怎么做到的呢？

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