在小基组下找过渡态成功，并且IRC趋势也符合，换成大基组不收敛或者跑向别的方向

嘻嘻哈哈哈 · 发表于 Post on 2020-7-4 17:34:15

找一个配合物聚合的过渡态，配合物中含有一个过渡金属。用#p opt=(calcfc,ts,noeigen,cartesian,gdiis) freq ub3lyp/3-21g 的方法找到过渡态，只有一个虚频为-710.72，虚频振动方向连接反应物和产物。用相同基组走IRC，指向反应物和产物。但是换成稍大点基组#p opt=(readfc,calcfc,ts,noeigen,gdiis,maxstep=5) freq ub3lyp/genecp em=gd3 guess=read，其中过渡元素用SDD基组，其它元素用6-31g*,结果把即将断键或成键得几个键长变得越来越远。中间曾尝试过：把用小基组优化得gjf文件直接用大基组优化，结果不收敛。
                  因为含有一个过渡金属，也尝试过添加关键词：SCF=vshift=400,SCF=NoVarAcc,SCF=noincfock,结果没有怎么改变。
                  重新调整参与反应的几个键长，仍然用小基组计算得，结果还是给找到了之前小基组优化到的过渡态。
                  重新调整过结构时，也曾改变初猜方法guess=huckel,结果也不理想。
问题：既然我小基组计算时显示的虚频以及振动方向，包括后来用IRC走出的趋势都是指向反应物和产物的，是否说明真实过渡态就在找出来的过渡态附近？
      如果这个过渡态结果可以使用，我应该再添加些什么关键词？
      如果需要调整结构，应该从一开始的gjf文件还是小基组优化后的out 文件调节？

嘻嘻哈哈哈 · 发表于 Post on 2020-7-5 07:30:24

sobereva 发表于 2020-7-5 01:46
readfc和calcfc完全是冲突的，莫名其妙。应当去掉readfc
没有理由不用BJ阻尼而用零阻尼DFT-D3。你这两个任 ...

谢谢老师耐心解答。接下来我会修改关键词重新计算。

嘻嘻哈哈哈 · 发表于 Post on 2020-7-5 07:26:14

hebrewsnabla 发表于 2020-7-4 22:04
是SCF不收敛还是结构优化不收敛哪能根据数字判断，报错信息是完全不同的，你先搞搞清楚再说（看http://bb ...

谢谢解答。之前一直根据那个判断，感谢您给指出错误。我会好好看看分享的链接的。感谢😊

sobereva · 发表于 Post on 2020-7-5 01:46:13

readfc和calcfc完全是冲突的，莫名其妙。应当去掉readfc
没有理由不用BJ阻尼而用零阻尼DFT-D3。你这两个任务不仅相差基组，连色散校正也没统一，没有理由预优化的时候不带D3。
用guess=huckel根本毫无意义，直接guess=read就已经提供了比guess=huckel强得多的初猜了。

3-21G连定性正确都不能保证，即便找到了过渡态也没什么意义。你给不关键的区域用3-21G还勉强可以接受。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-4 22:04:42

嘻嘻哈哈哈发表于 2020-7-4 21:37
谢谢您耐心指点。我尝试了很多次计算，其中有些是到128cycle后收敛失败，运行终止，对于这种过了128步后 ...

是SCF不收敛还是结构优化不收敛哪能根据数字判断，报错信息是完全不同的，你先搞搞清楚再说（看http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html）。先确定主要的问题是什么，对症下药。

嘻嘻哈哈哈 · 发表于 Post on 2020-7-4 21:37:59

hebrewsnabla 发表于 2020-7-4 19:58
要对症下药。你加的一堆SCF=...是解决SCF不收敛的，看你的描述应该是几何优化不收敛，应该去阅读帮助几何优 ...

谢谢您耐心指点。我尝试了很多次计算，其中有些是到128cycle后收敛失败，运行终止，对于这种过了128步后出现错误的，我用了SCF类的关键词。对于解决优化步收敛方面，因为一开始加了opt=GDIIS、calcfc、cartesian类关键词后来就没考虑别的了。对于提取out文件中的结构，一开始只读取了chk文件中的波函数，不成功之后，查了一下，看到之前有人问过，说读取力常数，后来添加了readfc这个关键词。接下来我再调整一下结构，直接用大基组计算试试。

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2020-7-4 19:58:17

本帖最后由 hebrewsnabla 于 2020-7-4 20:06 编辑

要对症下药。你加的一堆SCF=...是解决SCF不收敛的，看你的描述应该是几何优化不收敛，应该去阅读帮助几何优化收敛的文章。包括改guess也和几何优化没太大关系。

“把小基组优化的gjf直接用大基组优化”根本不会起什么作用，gjf里面存的是初猜结构。要读小基组优化的结果，要么读chk，要么从log里面提取最后一步的结构。

读小基组优化的结构再用大基组优化这个思路是正确的（当然对于这个体系不一定合适，也许不如直接上大基组），可以试试去掉readfc。不过首先要确保读的chk是对的。

嘻嘻哈哈哈 · 发表于 Post on 2020-7-4 18:43:03

snljty 发表于 2020-7-4 17:47
3-21G毫无意义，无法保证定性正确，3-21G搜到过渡态不代表有过渡态。尤其还是配合物。(什么配合物？过渡金 ...

好的，谢谢。催化剂为TiCl3Et，找共轭二烯烃反式聚合的过渡态。那就是我初始结构有问题。

snljty · 发表于 Post on 2020-7-4 17:47:03

3-21G毫无意义，无法保证定性正确，3-21G搜到过渡态不代表有过渡态。尤其还是配合物。(什么配合物？过渡金属？)

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