使用cpptraj时遇到的问题

rookiey

大家好，我在对金属卡宾进行分子动力学研究时，使用MCPB进行进行参数的构建，由于cutoff时检测不到C原子，我根据手册加入了add_bonded_pairs 一项将金属与碳原子bond在一起，之后顺利结束。随后体系最小化正常结束，但是在使用 cpptraj -p 1.prmtop -y wat_min1.rst -x wat_min1.rst7 时出现以下报错。

如果在参数拟合时不加入add_bonded_pairs限制则不会出现上述问题，但是卡宾会跑的离金属很远的位置。
如果忽略这个问题继续进行体系最小化，加热等步骤，会在进行密度计算时报错，说明确实是参数有些问题。
关于卡宾参数的获得：用antechamber获得mol2文件，随后用parmchk获得的frcmod文件会出现c3-c1-ha    0.000       0.000   ATTN, need revision提示，所以我拟合了一个烯烃的体系，如下图所示（右边是我额外加的原子，标注的是卡宾碳原子）用得到的参数替换了之前报错的部分。

针对我的问题，请问大家有什么好的建议吗？关于卡宾体系参数的获得？谢谢大家！

light_123

rookiey 发表于 2020-7-9 09:44
非常感谢你！发现我犯了一个小错误导致没有尝试成功。但是我发现重新排序之后活性区域发生了变化，本来是 ...

您好，我想问下您是如何解决这个问题的？我也是输入了fixatord.in但仍然报和你您贴出的一样的错误，想问下是别的方面的原因吗？

chenjinfeng850

rookiey 发表于 2020-7-9 09:44
非常感谢你！发现我犯了一个小错误导致没有尝试成功。但是我发现重新排序之后活性区域发生了变化，本来是 ...

结构有问题应该是，QM优化的时候结构有问题，你检查一下QM优化的结构

rookiey

chenjinfeng850 发表于 2020-7-7 07:17
我试过成功了，文件重复上传没意义，所以没传

非常感谢你！发现我犯了一个小错误导致没有尝试成功。但是我发现重新排序之后活性区域发生了变化，本来是结合在一起的分子现在相隔很远，请问有什么办法解决这个问题吗？

chenjinfeng850

rookiey 发表于 2020-7-6 14:38
我之前在amber网站有看见过这个问题，但是我的体系改完之后还是报错。你有试过是成功的嘛？

我试过成功了，文件重复上传没意义，所以没传

rookiey

chenjinfeng850 发表于 2020-7-6 13:56
你把fixatord.in 中的
trajout restart fixed.1.inpcrd
改成

我之前在amber网站有看见过这个问题，但是我的体系改完之后还是报错。你有试过是成功的嘛？

chenjinfeng850

rookiey 发表于 2020-7-6 11:01
请帮忙看一下，感谢！

你把fixatord.in 中的
trajout restart fixed.1.inpcrd
改成
trajout fixed.1.inpcrd restart
就可以了
amber网页原本的有点问题

rookiey

chenjinfeng850 发表于 2020-7-6 09:37
用fixatomorder之后会生成新的prmtop和inpcrd文件，用新的文件仍然有问题？
你可以把prmtop和inpcrd发上 ...

1.zip (2.68 MB, 下载次数 Times of downloads: 27)

2020-7-6 11:00 上传 Uploaded

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fixatord.in (88 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 17)

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请帮忙看一下，感谢！

chenjinfeng850

rookiey 发表于 2020-7-6 09:14
非常感谢你的建议。我的体系中M-C键长在1.9埃左右，增加cutoff为3.5埃时也没有包含C原子。手册上说MCPB.p ...

用fixatomorder之后会生成新的prmtop和inpcrd文件，用新的文件仍然有问题？
你可以把prmtop和inpcrd发上来看看，

rookiey

chenjinfeng850 发表于 2020-7-6 07:32
建模的时候可以吧cutoff放大一点，看看能不能把碳原子包含进来。

在MCPB.py的教程中（http://ambermd.or ...

非常感谢你的建议。我的体系中M-C键长在1.9埃左右，增加cutoff为3.5埃时也没有包含C原子。手册上说MCPB.py是无法识别金属-碳键的，如下所示。
add_bonded_pairs ：Specify the bonded atom pair(s) you want to add in the model building by MCPB.py. In
default MCPB.py only detect the Metal-N/O/S/F/Cl/Br/I bond, if you have a other kind of metal ligating
bond in the metal site (e.g. Metal-C bond), you need to specify the atom numbers of metal and the ligating
atom in the input file. There should be even numbers after the variable with space seperate.

此外用cpptraj的fixatomorder我也有尝试，仍是出现之前贴出来的报错。

根据报错的提示，推测不是顺序的问题，很可能是成键信息不正确或缺失。

chenjinfeng850

建模的时候可以吧cutoff放大一点，看看能不能把碳原子包含进来。

在MCPB.py的教程中（http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial20/files/mcpbpy/fixatord.in），第五条的（2）给出了这个问题的解决方法，用cpptraj中的fixatomorder功能可以修正拓扑文件出现的问题。