计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 25041|回复 Reply: 14
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助gromacs添加位置限制时报错

[复制链接 Copy URL]

51

帖子

0

威望

240

eV
积分
291

Level 3 能力者

本帖最后由 zhangzh 于 2020-7-7 22:57 编辑

在使用gromacs中的位置限制功能时,报了如下错误:

ERROR 1 [file posre_se.itp, line 5]:
  Atom index (109) in position_restraints out of bounds (1-22).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right molecule.

posre_se.itp (1.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 230) posre_cb6.itp (4.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 118) cb6_sese.top (1.38 KB, 下载次数 Times of downloads: 240) sese.itp (11.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 133) cb6.itp (85.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 82)

请问应该如何解决?

nvt.mdp

1.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 113

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-7-8 02:11:28 | 只看该作者 Only view this author
位置限制设置不合理。[position_restraint]字段是对于它前面紧挨着的[moleculetype]而言的,原子序号必须是这类分子里面的原子序号。总共SES才22个原子,显然位置限制你不能设100多号去
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

3#
发表于 Post on 2020-9-18 21:12:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-8 02:11
位置限制设置不合理。字段是对于它前面紧挨着的[moleculetype]而言的,原子序号必须是这类分子里面的原子序 ...



sob老师,我现在也遇到了同样的问题,修改了几次还是出现ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp, line 9]:
  Atom index (5) in position_restraints out of bounds (1-4).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"

你说的修改原子序号,是将posre里面5之后的序列都删除么?请问具体该怎么处理呢?

topol.top

2.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 266

posre_Protein_chain_A.itp

39.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 125

posre_Ion_chain_A2.itp

397 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 83

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2020-9-19 08:56:44 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-18 21:12
sob老师,我现在也遇到了同样的问题,修改了几次还是出现ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp,  ...

34行
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"
#endif
这部分完全莫名其妙
前面紧挨着的是target_Ion_chain_A2.itp,你在这里定义A链的位置限制干嘛

位置限制字段是对前面紧挨着的[ moleculetype ]生效的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

55

帖子

0

威望

169

eV
积分
224

Level 3 能力者

5#
发表于 Post on 2020-9-19 09:57:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-19 08:56
34行
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"

嗯嗯,当时建立这部分时,重复了,没有检查清楚。以后会多加注意,谢谢sob老师

353

帖子

0

威望

905

eV
积分
1258

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2021-6-18 20:59:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2021-6-18 21:05 编辑
sobereva 发表于 2020-9-19 08:56
34行
#ifdef POSRES
#include "posre_Protein_chain_A.itp"

老师,我进行能量最小化时出现了图片中的错误,A.itp和B.itp都是通过obmgx工具获取的,但是经过多次尝试一直再报错,所以想求助老师帮看一下是哪里出现的问题,辛苦老师!

A.itp

71.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 11

B.itp

49.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 17

complex.top

977 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 28

mix.pdb

329.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

A.pdb

7.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

B.pdb

6.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2021-6-19 00:33:47 | 只看该作者 Only view this author
B.itp里的内容明显有问题
1      2       1        inf     0.0000 ; Zn3f2  N_R    type 3
1      3       1        inf     0.0000 ; Zn3f2  N_R    type 3
1      40      1        inf     0.0000 ; Zn3f2  N_R    type 3
1      41      1        inf     0.0000 ; Zn3f2  N_R    type 3
2      4       1        inf     0.0000 ; N_R    C_R    type 3

数据明显不能是inf。先把拓扑文件仔细检查一遍
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

9

帖子

0

威望

364

eV
积分
373

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2021-8-31 09:13:41 | 只看该作者 Only view this author
楼主您好,请问您的ses的UFF力场数据是通过程序得到的吗?能分享一下程序吗?不胜感激!

24

帖子

0

威望

2005

eV
积分
2029

Level 5 (御坂)

9#
发表于 Post on 2021-8-31 09:31:25 | 只看该作者 Only view this author
新月之痕 发表于 2021-8-31 09:13
楼主您好,请问您的ses的UFF力场数据是通过程序得到的吗?能分享一下程序吗?不胜感激!

可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-21015-1-1.html 这个

9

帖子

0

威望

364

eV
积分
373

Level 3 能力者

10#
发表于 Post on 2021-8-31 09:56:48 | 只看该作者 Only view this author
chuanghao 发表于 2021-8-31 09:31
可以参考 http://bbs.keinsci.com/thread-21015-1-1.html 这个

我通过这个帖子的方法得到的力场数据电荷数都是0,请问这个问题应该怎么解决呢?

24

帖子

0

威望

2005

eV
积分
2029

Level 5 (御坂)

11#
发表于 Post on 2021-8-31 15:02:45 | 只看该作者 Only view this author
新月之痕 发表于 2021-8-31 09:56
我通过这个帖子的方法得到的力场数据电荷数都是0,请问这个问题应该怎么解决呢?

这个电荷须自己提供,可以用resp电荷,参考 http://sobereva.com/441

9

帖子

0

威望

364

eV
积分
373

Level 3 能力者

12#
发表于 Post on 2021-9-1 11:07:16 | 只看该作者 Only view this author
chuanghao 发表于 2021-8-31 15:02
这个电荷须自己提供,可以用resp电荷,参考 http://sobereva.com/441。

好的,非常感谢!

2

帖子

0

威望

33

eV
积分
35

Level 2 能力者

13#
发表于 Post on 2022-5-8 11:06:44 | 只看该作者 Only view this author
琦锅锅 发表于 2020-9-18 21:12
sob老师,我现在也遇到了同样的问题,修改了几次还是出现ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp,  ...

请问是将posre里面5之后的序列都删除么?

61

帖子

0

威望

918

eV
积分
979

Level 4 (黑子)

14#
发表于 Post on 2023-4-13 16:41:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-19 00:33
B.itp里的内容明显有问题
1      2       1        inf     0.0000 ; Zn3f2  N_R    type 3
1      3     ...

老师你好,我也出现类似错误,请问我的是什么原因?

202304131640356553..png (8.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)

202304131640356553..png

topol.top

256 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 18

TNT.itp

9.96 KB, 下载次数 Times of downloads: 12

cl20.itp

17.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 41

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120205

管理员

公社社长

15#
发表于 Post on 2023-4-13 22:11:41 | 只看该作者 Only view this author
joke122 发表于 2023-4-13 16:41
老师你好,我也出现类似错误,请问我的是什么原因?

cl20.itp里都没有[atoms]
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-18 07:29 , Processed in 0.199267 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list