求助：mdrun过程中pinoffset设置起始核问题

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-7-11 15:41:58

在运行mdrun过程中，服务器一共72个核，当分别跑两个36核任务时，设置pinoffset分别为0和37可以正常运行。但是当跑两个16核时，分别设置pinoffset为0和17便会产生核的交叉，每个任务都不会达到16核，请问pinoffset应该怎样设置？
查到一些关于pinoffset的资料

当在相同的物理节点上运行多个 mdrun (或其它)模拟时, 一些模拟需要从非零核心开始关联, 以避免核心过载; 使用 ﹑inoffset 你可以设置逻辑核心关联的偏移值.

-pinoffset <int> (0) The lowest logical core number to which mdrun should pin the first thread

snljty2 · 发表于 Post on 2022-9-28 17:38:36

取决于你开没开HT（超线程），没开的话就是一块一块CPU数，数完了一块CPU的所有物理核心再数下一块CPU。开了HT的话，是先按第几块CPU数，每块CPU里按第几个物理核心数，每个物理核心再依次数两个逻辑核心。具体就是（后面都从1开始数，有些地方从0开始数）：CPU1-物理核心1-逻辑核心1，CPU1-物理核心1-逻辑核心2，CPU1-物理核心2-逻辑核心1，CPU1-物理核心2-逻辑核心2，CPU1-物理核心3-逻辑核心1，...CPU2-物理核心1-逻辑核心1，CPU2-物理核心1-逻辑核心2，CPU2-物理核心2-逻辑核心1，...，按这个顺序数-pinoffset，注意-pinoffset是0开始计数的。@gaolk

gaolk · 发表于 Post on 2022-9-28 15:57:04

请问楼主如何解决的，谢谢

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-2-22 17:56:08

bobosiji 发表于 2021-2-18 09:15
如何解决的呢？多谢提点~
另外，是72个核还是72线程？
“当分别跑两个36核任务时，设置pinoffset分别为0 ...

是72线程，我跑的过程中的确是设置0和37可以正常运行

bobosiji · 发表于 Post on 2021-2-18 09:15:07

如何解决的呢？多谢提点~
另外，是72个核还是72线程？
“当分别跑两个36核任务时，设置pinoffset分别为0和37可以正常运行”：
我以为应该设置为0和36；0和37会有交叉，，，，

xiaotianzhou · 发表于 Post on 2021-2-16 22:28:06

SpongeBob 发表于 2020-7-11 17:27
已解决

你好朋友。我的权限不可以回复私信。

xiaotianzhou · 发表于 Post on 2021-2-16 22:27:34

SpongeBob 发表于 2020-7-11 17:27
已解决

你好朋友。我看到你私信我了。但我权限不能回。可以加我 QQ：45947570 或微信：mefred002 吗？
谢谢

xiaotianzhou · 发表于 Post on 2021-2-7 18:08:40

SpongeBob 发表于 2020-7-11 17:27
已解决

你好。我也遇到类似的问题。请问是如何解决的？谢谢。

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-7-11 17:27:40

已解决

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