MS2019年版的DMol3模块中，用COSMO-SAC方法计算Sigma-Profile，溶剂效应是啥意思？

skyang

MS2019年版的DMol3模块中，用COSMO-SAC方法计算Sigma-Profile，溶剂效应是啥意思？
俺是个新手，看文献，说可以用MS求出纯组分的Sigma-Profile，那也就是说，不需要溶剂。根据两组分的Sigma-Profile和组分的摩尔分数，可以通过平均化求出混合物的Sigma-Profile。
按俺的理解，得到的应该是真空中该组分分子或混合物分子的Sigma-Profile
但是，在MS2019设置中（如图），有个COSMO复选框，只有勾选了这个复选框，并选择了溶剂，该软件才能计算并给出出Sigma-Profile。这时候得到的Sigma-Profile，是纯组分的还是混合物的呢？
是纯组分跟所选溶剂的混合物的Sigma-Profile吗？

问题又来了，如果是纯组分与所选溶剂的混合物的Sigma-Profile，那么，我想求真空条件下纯组分分子的Sigma-Profile，那在MS软件中，如何能够实现呢？非常感谢。

1159042428

1159042428 发表于 2023-8-10 00:22
求助：为什么一点击这个就出现这样的错误。
The requested URL /Liu-2013/Liu-DB/Sigma-average_v2.txt wa ...

这样的

1159042428

求助：为什么一点击这个就出现这样的错误。
The requested URL /Liu-2013/Liu-DB/Sigma-average_v2.txt was not found on this server.

amd_li

楼主您好，我想求一个COSMO计算的sigma-average开源软件（网上链接失效了），不甚感激

浩渺寻音

克卜勒 发表于 2022-11-28 20:57
好嘞好嘞

你好，克卜勒老师，我看你再帖子中问过Dmol3自带的cosmo计算出来的sigma-profile 图和sigma-average开源软件计算出来的谱图的区别问题，请问你最后是怎么抉择的？是用Dmol3计算出的数据，还是自己修改sigma-average开源软件然后计算呢？

SONGJIANHUA

skyang 发表于 2020-7-22 10:33
非常感谢回复。获益良多，我再试试，不懂再次请教，再次感谢。

你好，你这个问题解决了吗，我也遇到了一样的问题，想算纯组分的sigma profile，但是模块里面的好像必选一个溶剂

SONGJIANHUA

wdoen 发表于 2021-3-14 01:01
之所以会有溶剂选择的原因是他直接给你提供了对应溶剂的Dielectric constant值，这样你只要选择需要的溶剂 ...

如果要算纯组分的sigma profile， dielectric constant的值应该设为多少呢

SONGJIANHUA

克卜勒 发表于 2022-11-28 20:25
卡卡老师，这个里面的sigma-average开源软件计算出来的谱图和数据库里的不一样呢，纵坐标那里高了十倍左 ...

你好，MS怎么自己生成sigma-profile,是在dmol3里面是要勾选use solvation model吗，勾选的话dielectric constant是不是要自己设置值，想算纯物质的sigma profile。纯新手，看了好多相关的问题的回答，还是不太懂，看维吉尼亚理工的ppt因为版本不同各种东西都要改，而且找不到他们用的MS3.2的而资源毫无头绪。新版的MS又必须选溶剂，也没弄明白。如果可以指点一下的话不甚感激！

克卜勒

卡开发发 发表于 2022-11-28 20:46
要改动源码，新的DMol3的cosmo和老的文件单位上有差别。另外，因为计算参数或者算法新老版本的差异也会让 ...

好嘞好嘞

卡开发发

克卜勒 发表于 2022-11-28 20:25
卡卡老师，这个里面的sigma-average开源软件计算出来的谱图和数据库里的不一样呢，纵坐标那里高了十倍左 ...

要改动源码，新的DMol3的cosmo和老的文件单位上有差别。另外，因为计算参数或者算法新老版本的差异也会让结果稍有不同。

克卜勒

卡开发发 发表于 2022-10-25 10:35
你看看这个？
现在没啥时间，以后有空可能会考虑额外写一个。

卡卡老师，这个里面的sigma-average开源软件计算出来的谱图和数据库里的不一样呢，纵坐标那里高了十倍左右，反而MS里自己生成的sigma-profile 图和数据库里的差别不大，这个开源软件需要自己修改代码吗，感觉哪里出了问题

克卜勒

卡开发发 发表于 2022-10-25 10:35
你看看这个？
现在没啥时间，以后有空可能会考虑额外写一个。

好嘞，谢谢卡卡老师

卡开发发

克卜勒 发表于 2022-10-25 09:35
卡卡老师，这个链接应该是失效了，有新的吗，或者类似的计算过程链接，麻烦啦麻烦啦

你看看这个？
现在没啥时间，以后有空可能会考虑额外写一个。

克卜勒

卡开发发 发表于 2020-7-21 19:09
1、计算过程
具体你可以参考https://www.design.che.vt.edu/VT-Databases.html
计算的过程可以参考里面 ...

卡卡老师，这个链接应该是失效了，有新的吗，或者类似的计算过程链接，麻烦啦麻烦啦

wdoen

之所以会有溶剂选择的原因是他直接给你提供了对应溶剂的Dielectric constant值，这样你只要选择需要的溶剂就可以了，自动就会生成Dielectric constant值。但是如果你想选择其他自己的溶剂，只要直接修改Dielectric constant参数就可以变成Customized溶剂了，用Dielectric constant值就可以模拟环境。