BURAI建模中原子固定的问题求助

风飞

老师，您好

          1. 使用BURAI搭建模型时，选择SCF计算后，会自动选择固定原子，请问怎样查看哪些原子发生了固定呢？我在BRUAI的图形界面中也看不到对应的原子序号
          2. 之前有老师建议使用vaspkit来进行原子的固定，如果是这样就得把pw.x文件转换成poscar文件，由于在pw.x中已经有部分原子被固定了，是不是在转换前得取消这些原子的固定，然后再进行转换？
          3.请问pw.x转成poscar，请问有什么推荐的程序吗？

安然

一束光 发表于 2021-4-15 15:44
您好，我也是个计算化学的初学者，最近在学着使用burai，我看我的体系跟您很像，请问MgAl2O4的超胞您计算 ...

这个和你的计算机配置和计算参数有关

一束光

风飞 发表于 2020-7-22 22:12
嗯，好的 谢谢老师，还有一个疑问
1. 在使用BURAI建立超胞模型的时候，当width cell 为1的时候，感觉晶 ...

您好，我也是个计算化学的初学者，最近在学着使用burai，我看我的体系跟您很像，请问MgAl2O4的超胞您计算大概需要多久啊？

卡开发发

风飞 发表于 2020-7-29 08:29
老师，请问截断能测试和K点测试是在relax下进行还是vc-relax下进行呢？

scf

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-29 07:27
1、可以。
2、MS的k-path好像并不太好。

老师，请问截断能测试和K点测试是在relax下进行还是vc-relax下进行呢？

卡开发发

风飞 发表于 2020-7-29 03:00
老师，您好，请问截断能测试和k点测试可以用primitive cell吗？                   此外,MS可以自动生成K ...

1、可以。
2、MS的k-path好像并不太好。

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这 ...

老师，您好，               

                 请问截断能测试和k点测试可以用primitive cell吗？   

                  此外,MS可以自动生成K点，对于相同物质和结构，使用QE计算时，是否可以借用MS产生的K点呢？

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这 ...

那请问老师您推荐的建模软件是？

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-23 00:38
1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这 ...

嗯，好的，谢谢老师

卡开发发

风飞 发表于 2020-7-22 22:55
1. 我的体系是MgAl2O4，属于面心晶胞  FD-3M系， 晶格常数是8.0831， 请问使用gamma 可以吗？
2. 您的意 ...

1、这个不能用经验去说，建议还是做一下收敛性测试，收敛性测试的目的是为了能量和力能够可靠地获得，这样在构型优化的时候才能比较稳定地进行。
2、保证计量比，足够的层高，以及调整到你需要研究的终端，在这个基础上，最终原子数、原子坐标、晶格参数一样，你通过何种方式操作都无所谓。
3、BURAI建模很一般，只是提供一个选择的参考，你可以通过其他程序建模，存成cif，然后用BURAI打开设置参数，岂不美哉？或者一部分也可以文本编辑，这方面完全可以灵活一些。

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-22 22:31
原则上应该进行修改，不过也得看你的体系，比如晶格特别大，而且也不是金属，可能去gamma就行。
模型上 ...

1. 我的体系是MgAl2O4，属于面心晶胞  FD-3M系， 晶格常数是8.0831， 请问使用gamma 可以吗？
2. 您的意思是，不管采用什么方式建模，着重关注计量比和终端，条条大路通罗马，只要计量比和终端一样，怎样建模都可以是吗？当然还得考虑计算机是否算的动
3，使用BURAI搭建了一个晶胞的表面，然后在其表面增加一个分子，例如苯， 我试了一下，不可以用复制粘贴的方法，只能一个一个的添加原子，在连成一个苯，可以这样搭出的苯构型很不好，请问老师是否有其他简单的方式呢?

卡开发发

风飞 发表于 2020-7-22 22:25
使用BURAI建模得出的输入文件，使用K点，默认用的是   K_POINTS {gamma}    ，请问我们在进行优化的时候 ...

原则上应该进行修改，不过也得看你的体系，比如晶格特别大，而且也不是金属，可能去gamma就行。
模型上我觉得要看计量比以及暴露的终端。

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-22 20:29
严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化，比如拟合EOS的情况需要恒定体积，但晶胞 ...

使用BURAI建模得出的输入文件，使用K点，默认用的是   K_POINTS {gamma}    ，请问我们在进行优化的时候是否需要对其进行指定呢？

风飞

卡开发发 发表于 2020-7-22 20:29
严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化，比如拟合EOS的情况需要恒定体积，但晶胞 ...

嗯，好的 谢谢老师，还有一个疑问
1. 在使用BURAI建立超胞模型的时候，当width cell 为1的时候，感觉晶胞的层数有些多，于是我把这个改成了0.75 ，现在有4层原子，请问可以吗？
2. 此外，在此处有个Area scaling的选项，我选择2*2*1 如下图，未超胞，感觉这个表面很大了，是不是就可以不用进行超胞了呢？

3.另外，我先在Area scaling 为1*1*1 的基础上，进行2*2*1超胞，结果如下：

4请问我们在计算了表面吸附的时候，是选择序号2呢？还是序号3呢？

卡开发发

风飞 发表于 2020-7-22 19:55
谢谢老师，您说的cell_dofree 关键字，我正在查，网有些慢，我大概总结了您的意思：
1. 对 ...

严格来说是体积不变形状也不变。固定体积的情况形状也允许变化，比如拟合EOS的情况需要恒定体积，但晶胞的形状原则上还是应该优化的。