CO2的EPM2模型参数如何加到itp文件中？

五支折断的箭 · 发表于 Post on 2020-7-29 22:32:10

各位前辈好，我打算使用GROMOS54A7力场进行两相体系（CO2/水，蛋白在水相中）的模拟，我看到的参考文献中使用的CO2的模型为EPM2,所以想向前辈请教一下如何将EPM2模型的参数加到itp文件中？itp文件我是从ATB中下载的。
感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2023-6-10 17:43:47

angervlf 发表于 2023-6-10 16:58
老师，你好，我想请问一下，我想在oplsaa力场下使用这个CO2的itp文件，只需要将它include到我的top文件下 ...

CO2根本不牵扯1-4作用，没fudgeLJ、fudgeQQ、gen-pairs的事。至于comb-rule的兼容性，如果你能搜到有像样的文章将EPM2的CO2和OPLS-AA结合使用，那就可以

angervlf · 发表于 Post on 2023-6-10 16:58:44

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师，你好，我想请问一下，我想在oplsaa力场下使用这个CO2的itp文件，只需要将它include到我的top文件下，而不需要管comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ这些参数的设置嘛？

ccccc123 · 发表于 Post on 2023-2-22 20:53:27

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

请问老师，您写的这个CO2力场，可以在amber力场下用吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-30 11:43:37

牧生发表于 2021-8-30 11:34
请教一下，2楼这个基于EPM2参数的CO2的itp有对应的使用力场吗？
如果模拟二氧化碳和水溶液的混合体系，希 ...

对AMBER是如此
[atomtypes]里的内容记得放到合适的位置以满足GROMACS对字段顺序的要求

牧生 · 发表于 Post on 2021-8-30 11:34:57

本帖最后由牧生于 2021-8-30 11:42 编辑

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

请教一下，2楼这个基于EPM2参数的CO2的itp有对应的使用力场吗？
如果模拟二氧化碳和水溶液的混合体系，希望使用amber力场或者opls力场，或者gromos力场，都是直接include这个itp就可以了吗？

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-7-15 21:12:11

sobereva 发表于 2021-7-13 14:12
all-bonds
但这会把体系里所有键都约束，而不限于CO2

谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-13 14:12:45

xjp1127721434 发表于 2021-7-12 22:25
请问sob老师，跑动力学的时候，在mdp里面要怎样设置constraints来约束CO2的键长和键角呀

all-bonds
但这会把体系里所有键都约束，而不限于CO2

只约束CO2需要改CO2的[moleculetype]

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-7-12 22:25:39

sobereva 发表于 2020-12-1 16:29
把我的itp文件恰当include到主top文件

请问sob老师，跑动力学的时候，在mdp里面要怎样设置constraints来约束CO2的键长和键角呀

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-23 16:59:34

narroto 发表于 2021-6-23 16:21
老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了

google搜O3的动力学模拟文章，肯定能找到参数

narroto · 发表于 Post on 2021-6-23 16:21:22

sobereva 发表于 2020-7-29 23:30
以前我写的基于EPM2参数的CO2的itp

老师有没有基于oplss-aa的臭氧O3的itp，学生刚入门，困扰好长时间了

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-4-14 14:56:09

sobereva 发表于 2021-4-14 07:15
是

好嘞，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 07:15:13

xjp1127721434 发表于 2021-4-13 16:13
好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NV ...

是

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-4-13 16:13:37

sobereva 发表于 2021-4-12 09:12
跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

好的，谢谢sob老师。那如果想考察不同压力下，超临界CO2对沥青质分子作用的话，也是根据实验下的密度做NVT就好了嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-12 09:12:12

跑MD的时候出现这么多LINCS warning显然不行

M$根本不可能打开ORCA的输出文件

事先做CO2分子的优化都没必要。如果开了约束，MD跑起来后键长自动保持为平衡键长了

跑超临界CO2应当用NVT，而不是NPT。想模拟什么密度的情况，在特定大小的盒子里就用packmol塞多少分子

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