求助可以做real time-TDDFT的程序

NicoleJiao · 发表于 Post on 2020-8-1 10:50:51

老师们好：
想做这张图，横坐标时间，纵坐标电子定位。受光照射，电子从donor流向acceptor的时间，以及在某段时间内，电子在两片段之间的定位。
了解到要做real time-TDDFT，请问下，什么程序可以做real time-TDDFT，靠谱简单些的程序。谢谢

万里云 · 发表于 Post on 2020-8-1 15:45:20

目前计算量还能接受的两类算法：Ehrenfest mean-field dynamics, Fewest Switches Surface Hopping。

前者有octopus, gpaw, elk等程序，后者有PYXAID, SHARC等。

NicoleJiao · 发表于 Post on 2020-8-1 18:39:34

万里云发表于 2020-8-1 15:45
目前计算量还能接受的两类算法：Ehrenfest mean-field dynamics, Fewest Switches Surface Hopping。

前 ...

谢谢老师，目前想在hefei-namd和PYXAID程序中选一个结合VASP计算，您推荐哪一个呢？

chemhou · 发表于 Post on 2020-8-2 00:06:33

NWChem

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-2 04:00:20

除以上提到的外，Molpro、Q-Chem也有RT-TDDFT
分子体系用NWChem做是很不错选择，完全免费

万里云 · 发表于 Post on 2020-8-2 15:44:05

NicoleJiao 发表于 2020-8-1 18:39
谢谢老师，目前想在hefei-namd和PYXAID程序中选一个结合VASP计算，您推荐哪一个呢？

PYXAID功能更强一点，跑出的曲线更平滑，缺点是安装比较麻烦，也比较难用。开发者Akimov从Oleg那里出站后又写了PYXAID2，安装貌似更麻烦了。另外PYXAID公开的版本貌似只有到QE的接口，到VASP的接口得自己写。

hefei-namd安装非常简单，有了问题可以发邮件问郑博士。目前只有到VASP的接口，而VASP使用PAW方法，波函数正交归一性很差，对结果准确度有一定影响。郑博士的github上有到QE的接口程序，需要自己写一点代码，加到hefei-namd中。

biogon · 发表于 Post on 2020-8-2 21:30:51

RT-TDDFT和激发态AIMD有什么区别

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-9 05:30:17

biogon 发表于 2020-8-2 21:30
RT-TDDFT和激发态AIMD有什么区别

RT-TDDFT求解含时薛定谔方程获得电子波函数的演化信息，而一般说的AIMD是求解BOMD、CPMD方程，核位置变化是主要关注对象

biogon · 发表于 Post on 2020-8-9 08:42:48

sobereva 发表于 2020-8-9 05:30
RT-TDDFT求解含时薛定谔方程获得电子波函数的演化信息，而一般说的AIMD是求解BOMD、CPMD方程，核位置变化 ...

谢社长解答

那对激发态AIMD每一帧的波函数进行分析是不是也能得到类似RTTDDFT的电子态变化的信息？

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-10 06:05:01

biogon 发表于 2020-8-9 08:42
谢社长解答

那对激发态AIMD每一帧的波函数进行分析是不是也能得到类似RTTDDFT的电子态变化的信息？

是可以，但这没有直接体现电子波函数的动力学，所以很多场合没法代替RT-TDDFT，比如描述电磁场下电子结构的含时变化

biogon · 发表于 Post on 2020-8-10 11:56:55

sobereva 发表于 2020-8-10 06:05
是可以，但这没有直接体现电子波函数的动力学，所以很多场合没法代替RT-TDDFT，比如描述电磁场下电子结构 ...

这样

archer · 发表于 Post on 2020-9-20 14:47:22

采用团簇体系，用Gaussian计算DFT，NEWTON-X 做 surface hopping是否可行

NicoleJiao · 发表于 Post on 2020-9-23 09:48:12

archer 发表于 2020-9-20 14:47
采用团簇体系，用Gaussian计算DFT，NEWTON-X 做 surface hopping是否可行

我尝试过这个方法，但是在surface hopping的时候有一个文件没有生成就夭折了，据说是N-X的一个bug

wuyou · 发表于 Post on 2020-11-16 09:37:31

万里云发表于 2020-8-2 15:44
PYXAID功能更强一点，跑出的曲线更平滑，缺点是安装比较麻烦，也比较难用。开发者Akimov从Oleg那里出站后 ...

你好，我想问下Hefei-NAMD怎么安装啊

xexlalalan · 发表于 Post on 2021-2-25 01:31:21

NicoleJiao 发表于 2020-9-23 09:48
我尝试过这个方法，但是在surface hopping的时候有一个文件没有生成就夭折了，据说是N-X的一个bug

请问你遇到了什么样的bug？我在结合Gaussian用NX的时候遇到了一个cannot open gaussian.log的bug，但是已经解决了。我看看有没有能帮到你的

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