求助高斯过渡态结果文件里的的振动配分函数为什么跟Kisthelp算出来的不同？

萌萌坏坏 · 发表于 Post on 2020-8-12 21:29:10

本帖最后由萌萌坏坏于 2020-8-12 21:31 编辑

老师您好，我想算 CH3·从萘上夺氢的反应速率。

（一）、在用《基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格》里面的双分子气相计算的时候，过渡态CH3--H--C10H7的振动配分函数Qvib从Gaussian里面看到应该是 0.221225E+04（Q v=0的数据)，可是KISthelp确是 2.79E+03。这样在算Qtst=Qtran×Qrot×Qelec×Qvib的时候就会误差，后面我还算了蒽和苯的夺氢反应速率，跟表格里基于自由能算的反应速率差了1个数量级，请问是我Qvib取错了吗？是这个值吗？
(二）、高斯结果文件Vib（v=0)后面的1，2，3。。。14是什么意思？我去看了高斯help文件，好像只介绍了v=0和Bot的区别，是每个原子的贡献？（不好意思，新手上路希望老师海涵）

KISthelp结果：
tran vib rot elec tolt

Q(reactant1)	2.32E06	1.10E00	2.53E02	2.000	1.30E09
Q(reactant2)	5.76E07	9.66E00	4.69E05	1.000	2.61E14
Q(TS 1st order Saddle Point)	6.81E07	2.79E03	8.83E05	2.000	3.36E17

高斯结果：

Q          Log10(Q)          Ln(Q)
Total Bot    0.111534D-62       -62.952594    -144.953705
Total V=0    0.263155D+18       17.420212       40.111520
Total V=0    0.263155D+18       17.420212       40.111520
Vib (Bot)    0.937622D-77       -77.027972    -177.363461
Vib (Bot) 1  0.140174D+02       1.146668       2.640301
Vib (Bot) 2  0.338258D+01       0.529249       1.218640
Vib (Bot) 3  0.274649D+01       0.438778       1.010324
Vib (Bot) 4  0.112883D+01       0.052628       0.121180
Vib (Bot) 5  0.100386D+01       0.001674       0.003854
Vib (Bot) 6  0.561200D+00       -0.250882       -0.577678
Vib (Bot) 7  0.492492D+00       -0.307601       -0.708276
Vib (Bot) 8  0.462712D+00       -0.334689       -0.770651
Vib (Bot) 9  0.377957D+00       -0.422558       -0.972975
Vib (Bot) 10  0.347250D+00       -0.459357       -1.057710
Vib (Bot) 11  0.313782D+00       -0.503372       -1.159057
Vib (Bot) 12  0.308622D+00       -0.510574       -1.175639
Vib (Bot) 13  0.296794D+00       -0.527544       -1.214716
Vib (Bot) 14  0.268786D+00       -0.570593       -1.313838

Vib (V=0)    0.221225D+04       3.344834       7.701764
Vib (V=0) 1  0.145263D+02       1.162156       2.675964
Vib (V=0) 2  0.391934D+01       0.593213       1.365923
Vib (V=0) 3  0.329163D+01       0.517411       1.191383
Vib (V=0) 4  0.173461D+01       0.239201       0.550781
Vib (V=0) 5  0.162149D+01       0.209914       0.483345
Vib (V=0) 6  0.125163D+01       0.097475       0.224445
Vib (V=0) 7  0.120182D+01       0.079839       0.183836
Vib (V=0) 8  0.118125D+01       0.072342       0.166574
Vib (V=0) 9  0.112678D+01       0.051839       0.119363
Vib (V=0) 10  0.110876D+01       0.044836       0.103238
Vib (V=0) 11  0.109030D+01       0.037548       0.086457
Vib (V=0) 12  0.108758D+01       0.036460       0.083953
Vib (V=0) 13  0.108145D+01       0.034007       0.078305
Vib (V=0) 14  0.106767D+01       0.028436       0.065476
Electronic    0.200000D+01       0.301030       0.693147
Translational 0.672746D+08       7.827851       18.024294
Rotational    0.884091D+06       5.946497       13.692315

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-17 09:00:53

萌萌坏坏发表于 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实 ...

自己不会写搞计算化学的人理应都会的shell脚本的编写还赖程序？
Shermo已经没法更友好了
明明Shermo都提供了命令行模式直接用 -E [能量] 参数指定能量值来便于自己写脚本调用，干嘛自己一个一个手动往settings.ini里复制？
用shell脚本把提取的数据整理成csv格式，直接excel就能打开，Shermo的设计简直令大批体系热力学数据的计算简化到没法更容易。

shell编程，用我上面的链接，能力正常的人半天怎么也都学得差不多了。而且一劳永逸，让以后处理类似问题的时间节约一个数量级以上。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-17 08:59:17

萌萌坏坏发表于 2020-8-14 16:58
您好，请问您会写批处理的脚本吗？我需要把scf能量改好放到setting里面，然后把shermo里面的ΔG和配分函 ...

http://linux.vbird.org/linux_basic/0340bashshell-scripts.php

萌萌坏坏 · 发表于 Post on 2020-8-14 16:58:50

thanhtam 发表于 2020-8-14 16:48
这脚本估计不超过十行……

您好，请问您会写批处理的脚本吗？我需要把scf能量改好放到setting里面，然后把shermo里面的ΔG和配分函数的数据导出来到excel里面。可以大概教教我吗？麻烦您了！

thanhtam · 发表于 Post on 2020-8-14 16:48:32

萌萌坏坏发表于 2020-8-14 16:39
我看到老师说“可以通过双击图标执行，也可以通过纯命令行方式运行，因此可以非常容易地嵌入到批处理脚本 ...

这脚本估计不超过十行……

萌萌坏坏 · 发表于 Post on 2020-8-14 16:39:48

thanhtam 发表于 2020-8-14 16:35
linux版本支持简单一点的调用方式。

算几百个当然得写批处理程序了

我看到老师说“可以通过双击图标执行，也可以通过纯命令行方式运行，因此可以非常容易地嵌入到批处理脚本中，从而一次性计算一大批体系”。
对没学过编程的人来说

，我太难了，等我学完脚本编程批处理程序，我估计也就差不多算完了

thanhtam · 发表于 Post on 2020-8-14 16:35:34

萌萌坏坏发表于 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实 ...

linux版本支持简单一点的调用方式。

算几百个当然得写批处理程序了

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-8-14 16:22:51

萌萌坏坏发表于 2020-8-14 14:38
好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实 ...

算好几百个反应就厉害了。。。。。我算一个反应算了好几百个结构。。。。好几百个反应不敢想

萌萌坏坏 · 发表于 Post on 2020-8-14 14:38:14

好的谢谢老师！！
小小吐槽一下，我用过shermo,这个程序使用起来对于我这样要算好几百个反应的人来说，实在太容易出错了，因为要把每个反应物和产物的SCF还有温度粘到settings里面-----保存好---关闭----再打开shermo。只能改一个物质的温度，直接改整个反应过程的温度还要一个一个保存实在是。。。。。。。不如我直接取Gauss的结果。。这个程序真的很友好，但是。。。。我还是用Excel吧。

sobereva · 发表于 Post on 2020-8-13 07:51:51

看看是否频率校正因子有区别，以及kisthelp解析出来的振动频率是否和输出文件里的一致

最好的做法是通过Shermo来算配分函数或者自由能。把Shermo算出来的自由能直接代入到我的excel表格里直接就出来反应速率常数了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

有了灵活强大的Shermo，Gaussian直接输出的热力学信息可以完全弃了。输出的所有信息，以及计算原理，在Shermo手册里都有特别详细的解释。

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