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[新手求助] LINUX系统下如何将chk文件转换成fchk文件呀?

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请问大家,LINUX系统下如何将chk文件转换成fchk文件呀?谢谢!

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发表于 Post on 2021-5-29 17:41:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-29 00:35
无法判断,和软件环境可能有关。重算就完了

老师, 问题解决了,我把nprocshared的8改成了16问题就解决了

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发表于 Post on 2021-5-29 09:41:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-29 00:35
无法判断,和软件环境可能有关。重算就完了

老师,我改变关键词与服务器重算了 好多次,都还是一样的问题,我自己再试试吧,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-5-29 00:35:32 | 只看该作者 Only view this author
gg302694005 发表于 2021-5-28 09:41
谢谢老师提醒,下次发帖一定注意。之前是我粗心,找到无法转换的原因了。是因为生成的*.chk文件只有几k没 ...

无法判断,和软件环境可能有关。重算就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-5-28 09:41:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-27 22:41
图片没显示出来绝对不要再发新帖,一定要重新编辑原帖

formchk转换需要注意的此文都说了

谢谢老师提醒,下次发帖一定注意。之前是我粗心,找到无法转换的原因了。是因为生成的*.chk文件只有几k没有数据,但是计算完后的log文件中末尾是正常收敛结束的,并且我仔细检查SCF都收敛了,为什么chk文件里面会没有数据呢?输入(.gjf)输出(.log)文件以及生成的.chk文件如附件所示。谢谢sob老师

spe.chk

19 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

input.gjf

1.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 8

input.log

125.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

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发表于 Post on 2021-5-27 22:41:45 | 只看该作者 Only view this author

图片没显示出来绝对不要再发新帖,一定要重新编辑原帖

formchk转换需要注意的此文都说了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html

死活找不到原因就重算个单点再试
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发表于 Post on 2021-5-27 19:13:21 | 只看该作者 Only view this author
gg302694005 发表于 2021-5-27 18:13
老师,.log文件里没有SCF报错,结果都是正常的,此外,整个计算都是在linux系统下进行的,是否还有其他可 ...

不好意思,不太清楚别的可能原因
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-5-27 18:13:19 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-5-27 17:28
可能是计算出错(例如SCF收敛失败,进程被杀了)导致chk文件内容不正常,可能是你用Windows上的chk放到Li ...

老师,.log文件里没有SCF报错,结果都是正常的,此外,整个计算都是在linux系统下进行的,是否还有其他可能造成这个问题的原因呢

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发表于 Post on 2021-5-27 17:28:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 北大-陶豫 于 2021-5-27 17:30 编辑

可能是计算出错(例如SCF收敛失败,进程被杀了)导致chk文件内容不正常,可能是你用Windows上的chk放到Linux上转换(Windows和Linux的文本文件可以互相兼容,但是二进制文件不可以)
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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发表于 Post on 2021-5-27 17:24:36 | 只看该作者 Only view this author
gg302694005 发表于 2021-5-27 17:22
sob老师,我在使用formchk命令将*.chk转换为*.fchk时,系统显示这个错误“Error: segmentation violation ...

补充截图说明

fchk error.png (27.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 112)

fchk error.png

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发表于 Post on 2021-5-27 17:22:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-17 15:23
运行formchk xxx.chk就会将xxx.chk转化为xxx.fchk,formchk是Gaussian自带的自工具,就在Gaussian目录下。
...

sob老师,我在使用formchk命令将*.chk转换为*.fchk时,系统显示这个错误“Error: segmentation violation”应该怎么解决呢,谢谢老师!file:///F:/asd/fchk%20error.png

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发表于 Post on 2021-5-2 17:48:43 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2021-5-2 11:12
请问老师GAUSS_MEMDEF设置内存使用上限,那么调用的核数要不要设置?如何设置?不设置Gaussian16-linux会 ...

不用。不会
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sobereva 发表于 2021-5-1 22:38
设置GAUSS_MEMDEF环境变量,此文提及了
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva. ...

请问老师GAUSS_MEMDEF设置内存使用上限,那么调用的核数要不要设置?如何设置?不设置Gaussian16-linux会自动调用可用的最大核数吗?谢谢!

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发表于 Post on 2021-5-1 22:38:35 | 只看该作者 Only view this author
PESPES 发表于 2021-5-1 16:52
请教一下sob老师,如果转化的时候提示内存不足有什么处理方法么

设置GAUSS_MEMDEF环境变量,此文提及了
巨大体系的范德华表面静电势图的快速绘制方法
http://sobereva.com/481http://bbs.keinsci.com/thread-13140-1-1.html
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发表于 Post on 2021-5-1 16:52:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-10-17 15:23
运行formchk xxx.chk就会将xxx.chk转化为xxx.fchk,formchk是Gaussian自带的自工具,就在Gaussian目录下。
...

请教一下sob老师,如果转化的时候提示内存不足有什么处理方法么

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