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[新手求助] 绝热电子亲合能算法求助

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Sob老师好,绝热电子亲合能的定义中是对中性和自由基阴离子几何结构分别优化,优化后的中性分子和阴离子的能量差。小的搞不清DFT计算中所指的能量差是指输出文件中的单点能吗? 但看有些文献中还考虑了零点振动能,但定义中也没提及到零点振动能呀,那还需要考虑零点振动能吗?或者在什么情况下要考虑零点能呢?恳请老师赐教,感谢老师。

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发表于 Post on 2020-9-24 12:00:16 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-9-23 10:28
感谢老师 仔细看过后 在使用shermo计算的时候 总是在输入完文件后 出不来计算结果 而是跳转出输出文件的 ...

怀疑你的软件环境有问题,换个机子再试
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-23 10:28:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-19 09:06
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552(http://bbs.kein ...

感谢老师 仔细看过后 在使用shermo计算的时候 总是在输入完文件后 出不来计算结果 而是跳转出输出文件的信息 关于代码的知识 小的实在不太懂 这种情况该怎样处理呢 恳请老师赐教

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发表于 Post on 2020-9-19 09:06:28 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-9-17 16:22
感谢老师 结构优化 +频率分析是在您说的级别下计算的 我现在还没有用过Shermo程序按您上述的步骤进行计算 ...

使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html

这里都有现成的例子,起码先一个字一个字仔细阅读一遍
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-9-17 18:35:34 | 只看该作者 Only view this author
看Sob在此贴中的贴图及相关的讨论:http://bbs.keinsci.com/thread-1423-1-1.html
其中前面已经提过,一般不用AEA这个叫法,而直接称EA; VEA是只存在于理论中的,实验上不存在这个东西。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-17 16:22:58 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-9-17 16:08
后续的双杂化/后HF计算是为了算准电子能量,只需要算个单点,没有什么ZEP啥的,振动分析和结构优化在低级 ...

感谢老师 结构优化 +频率分析是在您说的级别下计算的 我现在还没有用过Shermo程序按您上述的步骤进行计算 但现在想搞清楚 优化+频率分析后的ZPE 就是我后续高级别水平下计算电子能量后计算总的内能(电子能量+ZPE)所用到的那个ZPE吗 就是所说的这两个ZPE的值 都是同一个(就是优化+频率分析得到的)吗 恳请老师赐教

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发表于 Post on 2020-9-17 16:08:14 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-9-17 16:04
感谢老师 也就是说结构优化+振动分析计算出来的ZPE 就是后续双杂化泛函/后HF计算所需要的ZPE 我理解的对 ...

后续的双杂化/后HF计算是为了算准电子能量,只需要算个单点,没有什么ZEP啥的,振动分析和结构优化在低级别下,比如B3LYP/6-31G*下计算,考虑频率校正因子之后已经足够了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-17 16:04:10 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-9-17 15:28
做结构优化+振动分析,然后把输出文件扔到Shermo里面那读取热力学校正量,再用高精度的方法双杂化/post-H ...

感谢老师 也就是说结构优化+振动分析计算出来的ZPE 就是后续双杂化泛函/后HF计算所需要的ZPE 我理解的对吗老师?感谢老师的耐心指导

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发表于 Post on 2020-9-17 15:28:40 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-9-17 15:22
感谢Sob老师 如果在热力学组合方法中(CBS-QB3)中 我直接读取CBS-QB3(0K)的数据 就是电子能量加上ZPE 那 ...

做结构优化+振动分析,然后把输出文件扔到Shermo里面那读取热力学校正量,再用高精度的方法双杂化/post-HF计算电子能量,加进去。前后的结构都这么做完了求差

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-17 15:22:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-17 12:40
对中性和阴离子状态分别计算U(0)然后求差

0K下的内能U(0),即电子能量加上ZPE,怎么计算看

感谢Sob老师 如果在热力学组合方法中(CBS-QB3)中 我直接读取CBS-QB3(0K)的数据 就是电子能量加上ZPE 那如果我用普通的DFT方法(b3lyp) 同样想要得到电子能量和ZPE的能量之和 但是看Sob老师的文章中写道 给出的都是电子能量 并不包含ZPE 我该怎么做呢?感谢Sob老师耐心指导 恳请Sob老师赐教

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-17 15:00:15 | 只看该作者 Only view this author
chemhou 发表于 2020-9-16 22:41
电子亲和能与自由能没有关系;直接用电子能量计算,0-0跃迁当然要考虑零点能校正。
看定义:https://en. ...

感谢老师 那我在热力学组合方法中读取的电子能量应该是CBS-QB3(0K)后面的数值吗


那我用普通的DFT(b3lyp)进行计算的话 也应该读取零点校正后的电子能量吗 还是直接读取电子能量(HF后面的数值呢)恳请老师赐教 感谢老师

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发表于 Post on 2020-9-17 12:40:15 | 只看该作者 Only view this author
对中性和阴离子状态分别计算U(0)然后求差

0K下的内能U(0),即电子能量加上ZPE,怎么计算看
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发表于 Post on 2020-9-16 22:42:17 | 只看该作者 Only view this author
chanyeolhgh 发表于 2020-9-16 21:19
感谢老师 自由能差指的不是输出文件中的单点能吗 加上热力学校正指的是输出文件中的哪部分呢 恳请老师赐 ...

单点能的差就是单点能的差,自由能的差就是加上热力学校正以后再求差
建议自己搞清楚热力学校正是什么意思
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-9-16 22:41:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 chemhou 于 2020-9-16 22:42 编辑
chanyeolhgh 发表于 2020-9-16 21:19
感谢老师 自由能差指的不是输出文件中的单点能吗 加上热力学校正指的是输出文件中的哪部分呢 恳请老师赐 ...

电子亲和能与自由能没有关系;直接用电子能量计算,0-0跃迁当然要考虑零点能校正。
看定义:https://en.wikipedia.org/wiki/Electron_affinity
并且一般也没有“绝热电子亲和能”这个叫法,直接就叫“电子亲和能”。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-16 21:19:33 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2020-9-16 21:06
自由能差啊,当然要加上热力学校正量

感谢老师 自由能差指的不是输出文件中的单点能吗 加上热力学校正指的是输出文件中的哪部分呢 恳请老师赐教

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