求助：lammps计算扩散系数

cdcdcd · 发表于 Post on 2020-10-27 09:34:17

计算氢气在金钢炔晶体材料中的扩散
氢气在金钢炔中的吸附过程是在MS中完成的，并用msi2lmp程序转出了data文件，现在需要在lammps中进行扩散的计算，有几个问题想请教一下。
1.in文件中是否需要设置group？
2.是否需要设置命令让金钢炔固定？
3.计算是compute msd 设置的all 是只计算了氢气分子，还是将氢气和金钢炔都进行了计算？
4.data文件里已经含有键角参数，in文件里还需要书写吗？
跪求大佬指点

cdcdcd · 发表于 Post on 2020-10-27 15:55:13

Lacrimosa 发表于 2020-10-27 14:14
1.把两种成分分别设为两个group比较好
2.可以分别测试一下看哪种结果更合理
3.设为all就是对所有原子进行 ...

谢谢老师指点

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-27 14:14:32

1.把两种成分分别设为两个group比较好
2.可以分别测试一下看哪种结果更合理
3.设为all就是对所有原子进行统计
4.不需要

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