为什么LigParGen无法构建阴离子拓扑文件？

Aristotler · 发表于 Post on 2020-10-28 20:01:03

各位老师同学大家好，我遇到了用LigParGen和TPPmktop构建SO3CF3-（OTf-）大阴离子和SO42-的OPLS-AA力场时都会报错的问题（如图）（看到有人说这是软件的bug,构建不了阴离子）。我尝试了一下几种方法但都无效：
（1）试图用SMILES，改用pdb、mol都不行；
（2）尝试用gmxtop网站构建，但是不太看的懂，感觉构建出来的也不对。（拓扑文件见OTf-.itp）；
（3）试图https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ct900009a 这篇文献的自己手写搭建，但是由于个人能力有限，不能实现；（4）用http://bio2byte.be/里附带的OPLS力场，就像卢老师在博文《http://sobereva.com/266》提到的一样，感觉只是尝试，不可用。
所以想请教大家有什么其他办法可以解决这个问题吗？

牧生 · 发表于 Post on 2022-8-26 19:03:54

zquan 发表于 2022-8-26 18:44
请问楼主，CF3SO3-的top文件解决了吗，我也碰到了这个问题

http://sobereva.com/soft/Sobtop/

Sobtop aims at eliminating all limitations in existing topology file generators, providing an extremely easy-to-use, universal and robust code to generate forcefield parameters and GROMACS topology file for any system!!!

zquan · 发表于 Post on 2022-8-26 18:44:13

请问楼主，CF3SO3-的top文件解决了吗，我也碰到了这个问题

Aristotler · 发表于 Post on 2020-10-28 20:36:04

sobereva 发表于 2020-10-28 20:34
程序bug，直接问开发者

用GAFF的话，acpype可以直接构建SO2-的拓扑文件，简单至极

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-28 20:34:22

程序bug，直接问开发者

用GAFF的话，acpype可以直接构建SO2-的拓扑文件，简单至极

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[GROMACS] 为什么LigParGen无法构建阴离子拓扑文件？