计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 13717|回复 Reply: 18
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 重现文献中As+O2=AsO+O反应机理计算求助

[复制链接 Copy URL]

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

各位老师好,我是一个Gaussian新人,我最近在看一篇关于砷计算的文献,其中有一个反应是As+O2=AsO+O,根据这篇文献阐述的:过渡态As-O-O是直线型构型,并且给出了相应的键长。我按照文献中所说的构建了模型,然后按照文中的基组和计算方法进行计算。得到的结果和文献中的不一样,我做了IRC之后发现我优化出来的过渡态是As+O2=As-O-O。我注意到他做了很多的基元反应研究,并用KiSThelP拟合阿伦尼乌斯公式,但是唯独这个反应没有,而是采用绘图计算的。而且我按照文献上的数据画出来的构型,采用#p freq b3lyp/6-311g(3pf,3pd)计算(文献中的基组和计算方法),但是得到的能量和文献中的能量也不一样,相差较大。我发了一封邮件问了一下作者,他只模糊的说了这个才用了别的方法计算,但是并没有说明是采用什么方法,再问就没有回复我了,应该是比较忙。所以想请问一下各位老师,你们经历过这样的处理方法嘛,能不能告诉我一下呀,万分感谢。

1万

帖子

0

威望

9893

eV
积分
22141

Level 6 (一方通行)

19#
发表于 Post on 2020-11-8 20:25:31 | 只看该作者 Only view this author
IreneAlder 发表于 2020-11-8 19:59
极小点确认没有虚频,但是波函数是不稳定的

那就做stable=opt得到稳定波函数,再以这个波函数为初始猜测重新优化结构
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

18#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 19:59:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:18
极小点算频率确认没有虚频了吗?另外波函数稳定性检查过吗?

极小点确认没有虚频,但是波函数是不稳定的

1万

帖子

0

威望

9893

eV
积分
22141

Level 6 (一方通行)

17#
发表于 Post on 2020-11-6 23:18:19 | 只看该作者 Only view this author
IreneAlder 发表于 2020-11-6 22:11
老师们晚上好,第一张图是我优化后得到的过渡态,第二张图是优化后得到的极小点。

极小点算频率确认没有虚频了吗?另外波函数稳定性检查过吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

16#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-6 22:13:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-5 11:32
你优化出来的过渡态是什么样的?另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的?

老师您好,优化后的构型我已经上传了,您看下。
另外我看到作者在做这部分的时候没有直接采用KiSThelP进行计算,还考虑了隧道效应校正常数。

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

15#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-6 22:11:52 | 只看该作者 Only view this author
老师们晚上好,第一张图是我优化后得到的过渡态,第二张图是优化后得到的极小点。

C2@R$P]GX]$0RI0KIA$V7]P.png (20.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

C2@R$P]GX]$0RI0KIA$V7]P.png

M6@][`3%1`Q~U4{DI2U~_QI.png (79.95 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

M6@][`3%1`Q~U4{DI2U~_QI.png

1万

帖子

0

威望

9893

eV
积分
22141

Level 6 (一方通行)

14#
发表于 Post on 2020-11-5 11:32:38 | 只看该作者 Only view this author
IreneAlder 发表于 2020-11-5 10:08
老师您好,相应构型和命令语句我上传到这里了,其中第三张图是文献中有关这段的描述,第二张是我直接用他的 ...

你优化出来的过渡态是什么样的?另外你得到的稳定As-O-O产物又是什么样的?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

13#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-5 10:09:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-3 22:05
按理说文献应该会写用什么软件算的,即使正文没有,supporting information也会有,不然期刊不会允许这篇 ...

老师您好,最近事情有点多忘记回论坛看下了,我的过程都上传了,能麻烦您帮忙看下嘛

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

12#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-5 10:08:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-4 04:24
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反 ...

谢谢sob老师,以后会小心的

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-5 10:08:19 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,相应构型和命令语句我上传到这里了,其中第三张图是文献中有关这段的描述,第二张是我直接用他的结构计算频率。第一张和第四张是我按照文献中所说的绘制出的构型

DSWVGJ868P$){YEXPN82AZ5.png (22.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

DSWVGJ868P$){YEXPN82AZ5.png

TJM9~HSQ6]@R(%RM$7M[Q11.png (14.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

TJM9~HSQ6]@R(%RM$7M[Q11.png

UH}02Z3ZW75YQ]H4J03`4)A.png (93.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 66)

UH}02Z3ZW75YQ]H4J03`4)A.png

}JVFT9((YDLVTEP{V~19W}9.png (43.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 72)

}JVFT9((YDLVTEP{V~19W}9.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125190

管理员

公社社长

10#
发表于 Post on 2020-11-4 04:24:32 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当、很不具体的标题“简单反应机理计算”改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1万

帖子

0

威望

9893

eV
积分
22141

Level 6 (一方通行)

9#
发表于 Post on 2020-11-3 22:05:39 | 只看该作者 Only view this author
IreneAlder 发表于 2020-11-3 21:38
老师您好,文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算,那除了 ...

按理说文献应该会写用什么软件算的,即使正文没有,supporting information也会有,不然期刊不会允许这篇文章发出来的。除了高斯以外能算这个的软件多的是,ORCA、Turbomole、NWChem、GAMESS、Q-Chem等等一大堆。
另外最好按照qiqi7说的,把完整的输入输出文件贴上来,这样比较方便我们排查问题所在。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-3 21:39:24 | 只看该作者 Only view this author
qiqi7 发表于 2020-11-3 19:01
你好,你是过渡态的结构和单点能量都不对吗,最好贴一下输入输出

老师您好,我用高斯找到的过渡态和文献中的不一样,所以就都不对  我也没搞明白是哪里出了问题

28

帖子

0

威望

312

eV
积分
340

Level 3 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-3 21:38:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-3 14:38
你的波函数稳定吗?
另外你之前只提到说能量出入大,有没有看梯度?过渡态的梯度应该是0(不会精确是0, ...

老师您好,文献作者只回复我了一句这个不是用题目中所给的方法计算的。我猜应该不是用的高斯计算,那除了高斯还有别人软件可以计算单点能量嘛。我因为只会一点高斯所以只能采用高斯计算

19

帖子

0

威望

1127

eV
积分
1146

Level 4 (黑子)

6#
发表于 Post on 2020-11-3 19:01:50 | 只看该作者 Only view this author
IreneAlder 发表于 2020-11-3 14:32
老师您好,我按照您的意见重新做了一下,发现结果还是有出入。我的步骤是这样的:直接按照文献的构型在GV ...

你好,你是过渡态的结构和单点能量都不对吗,最好贴一下输入输出

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 15:50 , Processed in 0.199420 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list