过渡态虚频100多，振动方向不对，该怎么调整结构

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-11-6 10:44:13

想要问下，在进行脱氢反应反应TS搜索时，用CI-NEB以及DIMER精算找到了过渡态，但是进行频率计算的时候虚频最大只有100多，而且明显的震动方向不是H转移的方向，而是其他CH3*等转动方向，这种情况该怎么调整结构？已经尝试了重新优化反应物和产物构型，搜索好几次过渡态，频率计算都是这样，到500步停止了。实在是头大，想问问各位该怎么办？
附上频率计算的INCAR。KPOINT是Gamma3*3*1.

张家铭 · 发表于 Post on 2021-6-26 20:22:47

嘤嘤嘤发表于 2021-6-25 23:39
请问直接对TS进行IRC看看反应两端是不是有一端是反应物不就可以知道你这个是不是对的TS了不就行了嘛？为什 ...

对，做IRC证明一下。而不是只看看虚频。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-26 16:25:42

科研菜菜发表于 2021-6-26 08:00
我所看到的TS确认方法是振动只存在一个虚频，可能有的情况是搜到了TS附近的构型，但并不是最终的，所以要 ...

有且仅有一个虚频只能证明这是一个过渡态，不能证明这是连接你所研究的那个反应物和产物的过渡态。
证明这个过渡态确实是连接着你所要的反应物和产物的方法：
方法一：看虚频振动方向（较不严格）
方法二：一开始找过渡态就用NEB等基于反应路径的方法找（相对严格一些，但要求image数足够多）
方法三：把过渡态结构稍微扰动一下，做结构优化，看能否到达反应物和产物（更严格一些）
方法四：跑IRC（最严格，但也最慢）

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2021-6-26 16:08:08

wzkchem5 发表于 2021-6-26 01:25
因为跑IRC比较慢。如果IRC跑出来发现是对的，那么皆大欢喜，但是如果IRC跑出来发现是错的，那就多费了一 ...

嗯嗯，知道了，谢谢老师

科研菜菜 · 发表于 Post on 2021-6-26 15:00:18

嘤嘤嘤发表于 2021-6-25 23:39
请问直接对TS进行IRC看看反应两端是不是有一端是反应物不就可以知道你这个是不是对的TS了不就行了嘛？为什 ...

我所看到的TS确认方法是振动只存在一个虚频，可能有的情况是搜到了TS附近的构型，但并不是最终的，所以要进行虚频振动分析

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-26 01:25:09

嘤嘤嘤发表于 2021-6-25 16:39
请问直接对TS进行IRC看看反应两端是不是有一端是反应物不就可以知道你这个是不是对的TS了不就行了嘛？为什 ...

因为跑IRC比较慢。如果IRC跑出来发现是对的，那么皆大欢喜，但是如果IRC跑出来发现是错的，那就多费了一次跑IRC的时间，所以预计过渡态找错了的概率很大的时候，有可能不经IRC确认，直接重新找过渡态更好。如果重新找到的过渡态和这次找出来的完全一样，再考虑过渡态其实找对了的可能性，并且跑IRC确认。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-6-26 01:20:22

嘤嘤嘤发表于 2021-6-25 16:38
请问什么是插入的image？

用NEB方法找过渡态的时候，需要准备若干个结构，这些结构从反应物逐渐过渡到产物，而不能只准备一个过渡态的初猜。所谓插入的image就是指的这若干个结构。
只有NEB以及一些类似NEB的方法有image的概念，其他的一些找过渡态的方法，比如单点法(opt=TS)、dimer法、QST2、QST3都没有image的概念。

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2021-6-25 23:39:48

请问直接对TS进行IRC看看反应两端是不是有一端是反应物不就可以知道你这个是不是对的TS了不就行了嘛？为什么还要考虑振动频率的大小呢？

嘤嘤嘤 · 发表于 Post on 2021-6-25 23:38:05

wzkchem5 发表于 2020-11-6 20:54
那说明你插的image太少了，应该多插一些

请问什么是插入的image？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-5-14 22:06:29

星斗如盘发表于 2021-5-13 07:41
您好，请问虚频的大小和反应的势垒有关系吗？

没有必然联系。但是统计上讲，虚频绝对值大的过渡态，势垒高的可能性大一些。

星斗如盘 · 发表于 Post on 2021-5-13 14:41:55

wzkchem5 发表于 2020-11-6 11:06
反应物和产物有虚频吗？
另外你预期你的反应是势垒很低（比如

您好，请问虚频的大小和反应的势垒有关系吗？

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-11-7 09:32:00

wzkchem5 发表于 2020-11-6 20:54
那说明你插的image太少了，应该多插一些

好的非常感谢，我多插几个试试，
还有一个问题想要请教下，就是我们在频率计算的时候，NSW设置为1，但我看有的时候基本算到499步停止了，这个步数应该没有什么问题吧，只是代表这正好算到这个步骤停止了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-6 20:54:24

科研菜菜发表于 2020-11-6 20:01
我在怀疑是不是这个过渡态还是不对的，因为一共插了6个image，前四个构型跟反应物差别不大，但是到了第五 ...

那说明你插的image太少了，应该多插一些

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-11-6 20:01:02

wzkchem5 发表于 2020-11-6 15:09
那TS的高度和你的预期相符吗？

我在怀疑是不是这个过渡态还是不对的，因为一共插了6个image，前四个构型跟反应物差别不大，但是到了第五个突然就变得跟预设的产物很像，总感觉过渡态应该在第四和第五之间...

科研菜菜 · 发表于 Post on 2020-11-6 19:59:17

九月九发表于 2020-11-6 14:28
怎么前面说找到了过渡态，后面又说500步就停止了？没看明白。

500步是频率计算停止的步数

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[VASP] 过渡态虚频100多，振动方向不对，该怎么调整结构