征询建议——用于Gaussian和Gromacs的计算机配置

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-10 22:25:24

本帖最后由 jimulation 于 2020-11-11 13:13 编辑

向淘宝的嘉*卖家要了三个配置报价，如下图，目前区别在于CPU不同，分别是8272CL、6278C、8173M。考虑到主要用于Gaussian和Gromacs，那么CPU不能差，而且得有GPU，所以各加了2块RTX 2080super。问了卖家，显卡品牌是铭瑄的，不知有无必要换成其他的，比如索泰？想听下大家的意见，这些配置价格怎么样，有没有不合适的地方需要优化的？非常感谢！

TaylorWu · 发表于 Post on 2021-1-4 20:38:59

没有记错的话，高斯好像只能用少数几款专业N卡？貌似RTX2080不太能支持高斯吧？

tanyazhi · 发表于 Post on 2020-12-25 09:46:15

今年5月份在他家买的，8173M那个配置，没有显卡，用的猫扇，电源NX650，价格基本没有水分。长城1250W的电源，如果是新的，还可以，不建议用二手挖矿淘汰下来的电源（长城1250W挖矿二手电源不少），稳定性堪忧。换成振华或者海韵的更好，价格跟新的长城1250W差不了太多。显卡如果能用其它几个品牌（显卡也就那么几个品牌，2080S每家也大差不差），也可以考虑换一下，铭瑄也可以，大可不必纠结。

wolfli369 · 发表于 Post on 2020-12-25 08:44:09

wyf4725801 发表于 2020-11-11 16:28
我个人优先推荐8272CL，如果店家有8275CL，我更倾向于8275CL

请问双路8275CL和8280性能差距多少？在哪里能找到类似双路在化学计算上的对比？

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-19 13:16:59

hanshan 发表于 2020-11-19 11:43
报价里面长城电源是矿机淘汰下来的，200块人民币一台，报价水分太大了

已换振华

hanshan · 发表于 Post on 2020-11-19 11:43:33

报价里面长城电源是矿机淘汰下来的，200块人民币一台，报价水分太大了

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-11 21:39:25

本帖最后由 lao7 于 2020-11-11 21:45 编辑

jimulation 发表于 2020-11-11 21:25
也考虑过把2块2080s换成1块2080ti，想想好像也差不多，跑gmx的时候可以把两个任务分别提交到1个gpu上。电 ...

GPU 一块2080s即可。你在建模上的反复试错和构思是浪费时间的主要原因，思路对了，计算多花那么一点时间也是能承受。
两块GPU 500 W，两个CPU 300W，在一起至少1000W电源，如果虚标，尤其在满负荷运转下电压不稳，就不好说了。还有，你考虑过你那个机箱散热，在天气稍热时能不能满足要求？就你这机箱，随便给你一个塔式机箱（600元）和电源（不到1000）元吧，但是如果换成超微，至少要2600(只能900W电源配置)，你想想至少差别了1000元了？这里面门道很多。

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-11 21:38:17

jimulation 发表于 2020-11-11 21:25
也考虑过把2块2080s换成1块2080ti，想想好像也差不多，跑gmx的时候可以把两个任务分别提交到1个gpu上。电 ...

机箱不要省了。我的机箱当初就是为了省钱，前几天屡次机器重启，就是查不出原因。这种情况新机没有问题，用了几年之后就容易积热。这几天只有打开机箱散热才行，我观察了一下：机箱里面的固定主板的铁皮设计明显不合理，贴合主板的铁皮和机箱外壳之间是个死胡同，如果盖上机箱，空气夹层无法形成空气流动，主板过热，连报警都没有，直接重启。

这几天又花了三千多换了超微机箱和电源。

计算机配置一定要讲究均衡。这也是所谓的品牌计算机稳定的原因之一。

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-11 21:25:55

lao7 发表于 2020-11-11 21:19
显卡一个就可以了，两个GPU加速性能有限。还有一个地方需要注意，把省下的钱换成超微机箱和电源。机箱是散 ...

也考虑过把2块2080s换成1块2080ti，想想好像也差不多，跑gmx的时候可以把两个任务分别提交到1个gpu上。电源让他换成振华1600W了。机箱的话，超微的好么？目前配的是追风者614PC。

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-11 21:19:29

本帖最后由 lao7 于 2020-11-11 21:22 编辑

显卡一个就可以了，两个GPU加速性能有限。还有一个地方需要注意，把省下的钱换成超微机箱和电源。机箱是散热的基础，电源是稳定的基础，本来价格就不高，不应该省那么点钱。硬盘可以换成东芝或者日立，虽然出问题的概率较低，但小日本的东西还是靠谱。

主板建议还是超微的。主要是一线品牌，大家都在用，出毛病了容易咨询。

abin · 发表于 Post on 2020-11-11 17:50:09

jimulation 发表于 2020-11-11 17:00
谢谢建议，我不太熟悉Linux下的磁盘分区，是否有必要像windows那样单独设置一个系统盘？以及多个磁盘的话 ...

或者看看这个示例。

https://www.bilibili.com/video/BV11Z4y1M7xZ/
https://www.bilibili.com/video/BV1WK4y1x728/

abin · 发表于 Post on 2020-11-11 17:18:55

jimulation 发表于 2020-11-11 17:00
谢谢建议，我不太熟悉Linux下的磁盘分区，是否有必要像windows那样单独设置一个系统盘？以及多个磁盘的话 ...

放弃微软的思维吧……linux下多硬盘很好用。

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-11 17:00:50

abin 发表于 2020-11-11 16:53
个人建议。
既然硬盘如此便宜，可以增加几百元，配置额外的硬盘。

谢谢建议，我不太熟悉Linux下的磁盘分区，是否有必要像windows那样单独设置一个系统盘？以及多个磁盘的话，管理和操作会变繁复么？

abin · 发表于 Post on 2020-11-11 16:53:40

个人建议。
既然硬盘如此便宜，可以增加几百元，配置额外的硬盘。

建议，系统采用独立硬盘，比如120GB固态，安装系统和软件。
或者采用更便宜的其他硬盘。

一个4TB 或者更大容量机械硬盘，存放数据。
现有的NVME硬盘可以单独用来做读写加速。常规高斯DFT计算，是否使用固态硬盘，计算速度没有明显差异。

系统、数据、读写，采用相互独立的整个硬盘，
可以有效预防手残失误操作删除数据或者破坏系统文件而导致计算平台挂掉。

多块独立硬盘，也可以用来自动增量备份，再也不用担心手残失误删除数据了。

有感于昨天有朋友问我，不小心执行了 rm -fr *，我还有机会吗？
有啊，如果一个硬盘，操作难度会大一点。
如果是系统和数据分离的硬盘，分分钟钟可以搞定。
当然如果有增量备份，那就是cp以下就搞定了呀。

多几百元，可以给自己一个保险。也许可以用到。

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-11 16:35:48

wyf4725801 发表于 2020-11-11 16:28
我个人优先推荐8272CL，如果店家有8275CL，我更倾向于8275CL

6278C和8272CL，看参数这俩区别貌似不大？

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