关于大环分子中两个二面角同时进行柔性扫描问题

大肥猫 · 发表于 Post on 2020-11-11 21:09:21

如图所示分子，我想同时让C4-C9和C11-12两个单键旋转（即呋喃环旋转360度），请问各位老师用柔性扫描如何实现？我试了扫描C5-C4-C9-C10二面角但是总是失败，我写的算法如下，请问该如何修改？还有我末尾写的限制性优化感觉有问题，写不写出来的结果一样，请问各位老师实现这个扫描正确的写法是什么？谢谢~

# PM6 opt=modredundant nosymm

conf1

0 1
C                -2.80322400 1.02389800 -0.30694800
C                -2.96970500 -0.29668200 0.09212800
C                -1.85552900 -1.14377000 0.22547400
C                -0.58422400 -0.64636000 -0.04070300
C                -0.38935900 0.69531200 -0.46175100
C                -1.51731900 1.51025200 -0.58405700
O                -1.33335700 2.81336500 -0.99228500
O                -2.02065500 -2.43755500 0.62399800
C                0.64470700 -1.44957800 0.08698000
C                1.70571100 -1.16493100 0.88988800
C                2.89316400 -1.55416500 0.18869900
C                4.21205400 -0.87556100 0.39422100
C                4.08577000 0.56897500 -0.20403300
C                0.99593500 1.23314700 -0.83307400
C                1.84031600 1.76128700 0.32363300
C                3.13771600 1.47861900 0.54221700
C                1.10615800 2.69448500 1.25508100
C                2.45257000 -2.16708300 -0.95217600
O                1.08921100 -2.11501800 -1.03853800
O                -4.16773400 -0.89816100 0.39063800
C                -5.34939700 -0.12622600 0.26204600
H                -3.65973000 1.68338000 -0.40878700
H                -2.19964500 3.23868500 -1.07595500
H                -2.97573300 -2.57052400 0.75190100
H                1.65953500 -0.59074200 1.80168900
H                4.47900300 -0.81651300 1.45597400
H                5.02457400 -1.40157200 -0.12091300
H                5.08185800 1.03193100 -0.20035900
H                3.79022100 0.46164600 -1.25300300
H                1.54241100 0.46363600 -1.38123200
H                0.83550200 2.06611200 -1.52865400
H                3.58619000 1.95248700 1.41753000
H                0.63641100 3.51555100 0.70020000
H                1.77244700 3.11728900 2.01312700
H                0.29138900 2.16702600 1.76871800
H                2.95731400 -2.64447400 -1.77898800
H                -5.33519600 0.73695800 0.94009300
H                -5.48322300 0.22467800 -0.76938500
H                -6.17511000 -0.78631600 0.53181000

5 4 9 10 S 36 10.

4 F
5 F
9 10 F
9 19 F
10 11 F
11 18 F
18 19 F
4 5 14 F
5 4 9 F
9 10 11 F
9 19 18 F
10 9 19 F
10 11 18 F
11 18 19 F

大肥猫 · 发表于 Post on 2020-11-15 16:13:09

sobereva 发表于 2020-11-15 08:24
好好把我的博文里的GIC介绍看了，举一反三

好的老师，我在尝试了，有问题再请教您！

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-15 08:24:09

大肥猫发表于 2020-11-14 15:26
您好，您给的例子是非环状手性中心的翻转例子，请问我要实现这个环中呋喃环的旋转如何写扫描语言呢？

好好把我的博文里的GIC介绍看了，举一反三

大肥猫 · 发表于 Post on 2020-11-14 15:26:49

喵星大佬发表于 2020-11-12 21:37
https://mp.weixin.qq.com/s/bs-oJ6EDnFh6y1KDKqwD7A

您好，您给的例子是非环状手性中心的翻转例子，请问我要实现这个环中呋喃环的旋转如何写扫描语言呢？

大肥猫 · 发表于 Post on 2020-11-13 10:38:43

喵星大佬发表于 2020-11-12 21:37
https://mp.weixin.qq.com/s/bs-oJ6EDnFh6y1KDKqwD7A

谢谢您~我尝试一下，不懂的地方再来请教

大肥猫 · 发表于 Post on 2020-11-13 10:36:44

123qwertybobo 发表于 2020-11-12 21:09
9 10 都F了，你咋旋转呢？

“9 10 F” 的意思不是固定C9-C10键长的意思吗？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-11-12 21:37:12

https://mp.weixin.qq.com/s/bs-oJ6EDnFh6y1KDKqwD7A

123qwertybobo · 发表于 Post on 2020-11-12 21:09:54

9 10 都F了，你咋旋转呢？

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-11 21:14:56

尝试用GIC定义扫描设定，让两个二面角同步旋转，仔细看
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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