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[综合交流] 如何仅通过分子的原子间距求出各原子坐标?

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求助,如题,如何仅通过通过分子的原子间距求出各原子坐标,或者有什么软件可以直接得到吗?萌新首问,十分感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 07:50:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-14 02:02
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)对geometry distance方法有介绍,先把这 ...

收到,感谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 07:49:36 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-11-13 20:15
有距离矩阵似乎是可以的,MEGA应该就是整这个的

好的,十分感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-14 07:49:13 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-11-13 19:38
我以前也搜过distance geometry的教材,然后发现有点难就放弃了加油题主

好的,十分感谢

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发表于 Post on 2020-11-14 02:02:44 | 只看该作者 Only view this author
Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)对geometry distance方法有介绍,先把这书这部分看了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
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发表于 Post on 2020-11-13 20:15:26 | 只看该作者 Only view this author
QH崔 发表于 2020-11-13 17:06
抱歉,表述可能有问题,是有距离矩阵,不知道您说的方向是不是指相对的方向这样?

有距离矩阵似乎是可以的,MEGA应该就是整这个的

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发表于 Post on 2020-11-13 19:38:46 | 只看该作者 Only view this author
我以前也搜过distance geometry的教材,然后发现有点难就放弃了加油题主
自动做多参考态计算的程序MOKIT

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发表于 Post on 2020-11-13 18:22:21 | 只看该作者 Only view this author
QH崔 发表于 2020-11-13 17:06
抱歉,表述可能有问题,是有距离矩阵,不知道您说的方向是不是指相对的方向这样?

有这样的方法,你可以搜一下distance geometry,好像叫这个
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2020-11-13 17:45:01 | 只看该作者 Only view this author
这是个很有意思的问题,我以前也考虑过。假设第一个原子位于原点,第二个原子位于z轴上,给出完整的距离矩阵是有可能求出三维坐标的,但是会丢失手性R, S之类的信息,因为它们可以具有相同的距离矩阵。假定不考虑手性等问题,对于四五个原子,很容易手推出(与内坐标类似)每个原子的坐标,对于一般的分子,如何设计一个高效的算法,这好像还是个挺难的数学问题。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-13 17:06:26 | 只看该作者 Only view this author
biogon 发表于 2020-11-13 16:45
只有距离怎么得到坐标,方向都没有

抱歉,表述可能有问题,是有距离矩阵,不知道您说的方向是不是指相对的方向这样?

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发表于 Post on 2020-11-13 16:45:27 | 只看该作者 Only view this author
只有距离怎么得到坐标,方向都没有

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