求助DMOL3对分子和周期性体系electrostatic potential中计算的区别

peroxo · 发表于 Post on 2020-11-17 07:06:19

1. 用dmol3对co2分子和放在晶胞中的co2进行electrostatic potential和electron density计算，发现默认生成的electron density isosurafce生成的isovalue很不同，查看了官方的help说“0.2 electrons/Å3 for crystals and 0.017 electrons/Å3 for molecules”，为什么会有这么大的区别？试了如果在晶胞中用0.017的isovalue会非常奇怪。

2. 从图片中两个slice上的esp数值还能看出，两种方法算出来的potential也很不同：molecule的esp（CO2.jpg）有正有负，而在periodic system（CO2 in crystal.jpg）的esp就没有负的。这个又是为什么呢？

谢谢各位老师！

kaier · 发表于 Post on 2021-11-19 12:21:11

wzkchem5 发表于 2021-11-10 18:23
那是说难以直接探测到分子吸附在哪里，也就是不好直接表征。但是你可以换个思路，如果吸附在表面，那么吸 ...

好的，我试试，感谢感谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-10 18:23:45

kaier 发表于 2021-11-10 10:33
吸附的研究我刚刚接触。对于多孔材料吸附气体或者液体分子，我问过一些表征的老师，对于吸附在孔道内部或 ...

那是说难以直接探测到分子吸附在哪里，也就是不好直接表征。但是你可以换个思路，如果吸附在表面，那么吸附量和表面积成正比；如果吸附在内部，那么吸附量和体积成正比。你制备若干份不同比表面的样品，看看吸附量是和表面积的线性比较好还是和体积的线性比较好，就知道了

kaier · 发表于 Post on 2021-11-10 17:33:18

wzkchem5 发表于 2021-11-10 16:51
建议自学一下基础的立体几何

吸附的研究我刚刚接触。对于多孔材料吸附气体或者液体分子，我问过一些表征的老师，对于吸附在孔道内部或表面不大好做表征。当然也许研究吸附的可能会有一些特定的方法，这个我了解不多，因此看到了相关的内容想请教一下具体的内容

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-10 16:51:00

kaier 发表于 2021-11-10 02:56
大佬，这个具体是啥理论，有啥判别标准，我来查查

建议自学一下基础的立体几何

kaier · 发表于 Post on 2021-11-10 10:00:24

wzkchem5 发表于 2021-11-9 23:38
实验上应该知道。这个问题属于实验好做但是计算不太好做的问题

谢谢老师解答。实验上您认为主要有哪些方法可以来验证呢

kaier · 发表于 Post on 2021-11-10 09:56:40

喵星大佬发表于 2021-11-10 04:13
你测吸附量和你的吸附材料的量是几次方关系不就知道了嘛

大佬，这个具体是啥理论，有啥判别标准，我来查查

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-11-10 04:13:23

kaier 发表于 2021-11-9 11:36
如何知道分子是吸附在其表面还是孔洞里面呢

你测吸附量和你的吸附材料的量是几次方关系不就知道了嘛

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-9 23:38:05

kaier 发表于 2021-11-9 04:36
如何知道分子是吸附在其表面还是孔洞里面呢

实验上应该知道。这个问题属于实验好做但是计算不太好做的问题

kaier · 发表于 Post on 2021-11-9 11:36:35

wzkchem5 发表于 2020-11-17 14:17
如果分子是吸附在沸石里面，而不是吸附在表面，那就不需要切slab，直接在三维晶格里放小分子就行

如何知道分子是吸附在其表面还是孔洞里面呢

peroxo · 发表于 Post on 2020-11-18 05:48:03

喵星大佬发表于 2020-11-17 14:31
而且可能要用超胞，至少要让小分子和相邻镜像不能有相互作用

受教了，谢谢老师

卡开发发 · 发表于 Post on 2020-11-17 15:28:47

peroxo 发表于 2020-11-17 13:25
谢谢老师，我现在的问题就是吸附了小分子后与框架吸附位点的静电作用分析。有的文献处理这种周期体系吸附 ...

尺寸足够大边缘处理得当也是可以使用团簇的近似的，真实的体系本身就是一个足够大的团簇，只是比原子分子尺度足够大才用周期边界近似罢了。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-11-17 14:31:53

wzkchem5 发表于 2020-11-17 14:17
如果分子是吸附在沸石里面，而不是吸附在表面，那就不需要切slab，直接在三维晶格里放小分子就行

而且可能要用超胞，至少要让小分子和相邻镜像不能有相互作用

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-17 14:17:39

peroxo 发表于 2020-11-17 13:09
我现在做的是沸石吸附所以感觉没法像slab那样处理对周期体系的处理不是特别懂

如果分子是吸附在沸石里面，而不是吸附在表面，那就不需要切slab，直接在三维晶格里放小分子就行

peroxo · 发表于 Post on 2020-11-17 13:25:48

卡开发发发表于 2020-11-17 11:32
严格来说，块体没办法直接比较，周期体系没有真正意义上的真空。而表面体系也是通过定义距离表面足够远的 ...

谢谢老师，我现在的问题就是吸附了小分子后与框架吸附位点的静电作用分析。有的文献处理这种周期体系吸附小分子的方法是将晶体切成部分的nonperiodic superstructure来计算孔道的esp（10.1002/ange.201408933）。不知道这样的处理是否严谨？我尝试过想将我的晶体结构也做切割，但能量计算总不能收敛，不知道老师您有没有知道相关的资料可以借鉴一下。

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