请问：此文献采用的基组是什么？合理吗？在Gaussian中该如何写入？

细雨微凉

最近浏览到一篇有关Ru配合物的文章：Optically Pure C1‑Symmetric Cyclic(alkyl)(amino)carbene Ruthenium Complexes for Asymmetric Olefin Metathesis（J. Am. Chem. Soc. 2020, 142, 19895−19901 ），中间有关于使用Gaussian 09进行量子化学计算的部分，在其SI中，是这样描述计算细节的：

Geometries were optimized with the Gaussian09 package using the PBE0-D3 functional. The electronic configuration of the system was described with the split-valence SVP basis set for main group atoms (C, H, N, Cl and O) and the relativistic Stuttgart-Dresden effective core potential with the associated valence triple-ζ basis set for Ru. All geometries were confirmed as minimum or transition state through frequency calculations. The reported free energies were built through single point energy calculations on the PBE0-D3 geometries using the PBE0-D3 functional and the triple-ζ TZVP basis set for main group atoms. Solvent effects were included with the PCM model using THF as the solvent.To this PBE0-D3/TZVP electronic energy in solvent, thermal corrections were added from the gas-phase frequency calculations at the PBE0-D3/SVP level.



Q1：前两处红线部分描述的基组是 SVP 和 SDD 吗？为什么要这么写？
Q2：根据文献的描述，结构优化的时候写入的文件是否是如下：

（Link0描述略去）
#p PBE1PBE/genECP EmpiricalDispersion=GD3BJ

text

0 1
Ru                2.36660000    9.17930000    8.81770000
...（分子结构描述略去）
（空格）
****
C H O P Cl N F 0
SVP
****
Ru 0
SDD
**** （空格）
Ru 0
SDD
（空格）
（空格）


Q3：该篇文章采用的基组等，适合进行其描述的任务吗？（指结构优化、自由能计算等）

sobereva

细雨微凉 发表于 2020-12-2 09:23
谢谢Sob老师，把帖子里格式改了，希望对后面的人也有所帮助；其实就是因为前后文理解不能所以才准备问问 ...

想交代得详细点，让外行读者也能理解此基组/赝势特征就多写点，想省事就不写具体描述。没有什么统一要求。

细雨微凉

sobereva 发表于 2020-12-2 07:32
帖子里提及SI时不需要上传，直接给出文章链接，其他人自行下即可，本身SI是免费下载的，放在论坛里太占论坛 ...

谢谢Sob老师，把帖子里格式改了，希望对后面的人也有所帮助；其实就是因为前后文理解不能所以才准备问问；另外，像这种  the relativistic Stuttgart-Dresden effective core potential with the associated valence triple-ζ basis set 的描述在文章里可以直接写成SDD 吗？感觉这样的描述有点奇奇怪怪的感觉，还是说正规的写法是这么要求的？

sobereva

帖子里提及SI时不需要上传，直接给出文章链接，其他人自行下即可，本身SI是免费下载的，放在论坛里太占论坛空间，给你去掉了。

1 是。你懂基本基组常识自然就知道为什么

2 第二次
Ru 0
SDD
之前要空行，仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

3 适合。但单点可以用更高级别，诸如双杂化泛函结合def2-TZVP
文中表述在准确性上略微欠缺。PBE0-D3/TZVP里TZVP有一定歧义，而且后头说thermal corrections were added from the gas-phase frequency calculations at the PBE0-D3/SVP level但根据前面描述，几何优化似乎对Ru用的是SDD。文章的这种含糊表述十分不建议效仿。必须把def-和def2分清楚。