obgmx离线程序及其安装使用简介

tjuptz · 发表于 Post on 2020-12-26 15:46:25

本帖最后由 tjuptz 于 2020-12-27 21:11 编辑

在社长推荐的gromacs拓扑生成工具中，用来生成近似UFF力场参数的拓扑的在线工具OBGMX因某些原因已经无法使用了。在一个学术交流群里得知，可以通过邮件向作者索要Linux二进制程序、离线使用，现分享到论坛。因是非开发者分享，所以特别提醒使用该工具的同仁记得在论文中引用：G. Garberoglio. OBGMX: a web-based generator of GROMACS topologies for molecular and periodic systems using the Universal Force Field. J. Comput. Chem. 33 (2012), 2204-2208
http://dx.doi.org/10.1002/jcc.23049

该工具依赖openbabel，http://sobereva.com/440里提供了安装方法。并且根据该文件包内容记载，最好是2.3.2版本。该工具是在Ubuntu下编译，经测试在centos7.6下正常使用。安装方法如下：

yum -y install openbabel 2.3.2
tar -xjf obgmx.tar.bz2
mkdir /usr/local/ob-gg-232
mv ./share /usr/local/ob-gg-232

复制代码

记得把share文件夹放到那个路径，之后可以在obgmx文件所在目录通过./obgmx命令获得usage

Usage: ./obgmx [options] <filename>
options: description:
-h add hydrogens before calculating energy
-d include debug statements
-LB use Lorentz-Berthelot mixing rule [def. geometric]
-14 mult 1-4 multiplication parameter [def. 1.0]
-H use harmonic form for angle potential [def. cosine]
-G idx use geometrical data. An OR of:
1: bond lengths
2: angles
4: dihedral

复制代码

简单测试了下，xyz mol2都可以处理的。

obgmx.tar.bz2 (2.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 430)

顺便记录一下，如果遇到yum lock问题，可以参照https://my.oschina.net/liting/blog/358501该网页方法解决

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-17 12:31:11

slxc920113 发表于 2023-9-14 19:24
分子动力学模拟不是直接拿一大个盒子是创建拓扑文件的，而是生成组分的拓扑再搭建盒子。对于必须当作完整 ...

好的，我明白了，感谢告知！

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-9-14 19:24:28

xiaotengteng 发表于 2023-9-14 16:44
您好，这个AuToFF的在线工具只支持.cif、.vasp文件上传文件大小1M以内且原子数小于1000，对于大一点的模 ...

分子动力学模拟不是直接拿一大个盒子是创建拓扑文件的，而是生成组分的拓扑再搭建盒子。对于必须当作完整结构处理的晶体，很少会出现1000个原子以上的单胞。

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-14 16:44:05

slxc920113 发表于 2023-9-8 22:14
AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种 ...

您好，这个AuToFF的在线工具只支持.cif、.vasp文件上传文件大小1M以内且原子数小于1000，对于大一点的模型好像就不可以了，想问问有了解实体软件么，感谢！

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-13 09:54:04

slxc920113 发表于 2023-9-8 22:14
AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种 ...

好的，感谢分享！我去尝试一下。

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-13 09:53:30

tjuptz 发表于 2023-9-8 16:43
在论文搜搜gmx和lammps 文件互转

好的，谢谢老师！

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-9-8 22:14:00

xiaotengteng 发表于 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

AuToFF（https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36）现在完全可以替代obgmx的功能，支持多种软件的力场格式。而且因为lanmps支持的函数形式更加丰富，其实都不需要像文献那样做近似处理。

tjuptz · 发表于 Post on 2023-9-8 16:43:12

xiaotengteng 发表于 2023-9-7 11:31
老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

在论文搜搜gmx和lammps 文件互转

xiaotengteng · 发表于 Post on 2023-9-7 11:31:48

老师，请问我获得.itp,.top,.ffout文件之后，怎样可以转换成LAMMPS所需要的data文件呢？辛苦老师！

朱朱朱 · 发表于 Post on 2022-3-2 14:06:17

老师您好，感谢您的分享。我想获取UFF力场参数所以安装了obgmx，安装完之后如何获取我所需的原子的UFF力场参数呢？我没有找到相关教程，还希望您指点

tjuptz · 发表于 Post on 2021-9-5 22:23:04

lhlwqh 发表于 2021-9-5 20:51
老师，这个分享已经找不到资源了，方便再分享一下吗？谢谢啦

去那个老师帖子里问问吧，我这也没有

lhlwqh · 发表于 Post on 2021-9-5 20:51:39

tjuptz 发表于 2021-7-5 20:49
http://bbs.keinsci.com/thread-22807-1-1.html
用这里面大佬的windows 版本

老师，这个分享已经找不到资源了，方便再分享一下吗？谢谢啦

tjuptz · 发表于 Post on 2021-7-23 13:35:50

Kangtor 发表于 2021-7-23 10:03
请问如何多核使用obgmx

我也不知道，这个应该只是单核的？

Kangtor · 发表于 Post on 2021-7-23 10:03:21

请问如何多核使用obgmx

tjuptz · 发表于 Post on 2021-7-5 20:49:39

nana0327 发表于 2021-7-4 14:22
装OBGMX没有成功，我有两个配体急需要生成它的itp和gro文件，可以帮我试一下用OBGMX可以生成吗，万分感谢

http://bbs.keinsci.com/thread-22807-1-1.html
用这里面大佬的windows 版本

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[GROMACS] obgmx离线程序及其安装使用简介

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