原子间距离和模拟时间关系曲线图怎么获得？

zhufayan

各位大侠，最近看到了一篇关于MD模拟数据解析中给出了两个原子间距离和模拟时间的关系曲线图（如下图所示，截图于文章中，纯属学术研究讨论，不侵犯作者著作权），该方法对本人的研究有很大的帮助，所以想学习下，请大侠们指导下具体求解方法，非常感谢！！！

zhufayan

sobereva 发表于 2020-12-30 08:50
不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的计算化学公社论坛新 ...

谢谢卢老师

zhufayan

sobereva 发表于 2021-1-16 08:06
举一反三

谢谢卢老师

凛爵

我想在这个帖子下补充一些东西和疑问，请检查。
首先我的初始文件有1000个残基，我想将残基分成两个组并计算两组几何中心间距，所以我用索引文件分为r_1-500和r_501-1001然后我直接使用distance加上select语句好像是不行的，然后我最后尝试先对tpr文件和xtc文件用
Gmx select -s md.tpr -f md.xtc -n .ndx语句分组
再用 Gmx distance -s md.tpr -f md.xtc -n .ndx -select “cog of group 5 plus cog of group 6” -oall  这个语句就成功了。
中间是要多这一步骤select对吗

xiaoche

昊彦祖 发表于 2021-1-11 19:57
您好，请问如何用-select语句描述group1和group2的质心间的距离呢

先建立一个索引组包含目标原子信息分为group1和group2.
''com of group1 plus com of group2''

sobereva

昊彦祖 发表于 2021-1-11 19:57
您好，请问如何用-select语句描述group1和group2的质心间的距离呢

举一反三

zhufayan

昊彦祖 发表于 2021-1-11 19:57
您好，请问如何用-select语句描述group1和group2的质心间的距离呢

这个问题您解决了吗？解决了的话给我也分享下吧，非常感谢

zhufayan

CHC 发表于 2021-1-5 17:34
gromacs中有命令：gmx distance -f md.xtc -s md.tpr -select "resid 58 and name O plus resid 84 and nam ...

谢谢您

昊彦祖

CHC 发表于 2021-1-5 17:34
gromacs中有命令：gmx distance -f md.xtc -s md.tpr -select "resid 58 and name O plus resid 84 and nam ...

您好，请问如何用-select语句描述group1和group2的质心间的距离呢

CHC

gromacs中有命令：gmx distance -f md.xtc -s md.tpr -select "resid 58 and name O plus resid 84 and name H1" -oall distance.xvg。这样可以得到58位残基原子O和84位残基H1原子之间的距离随时间的变化

zhufayan

谢谢卢老师

sobereva

不要24小时内同时在公社QQ群和公社论坛里同一问题，注意看群文件里群规，以及论坛置顶的计算化学公社论坛新人必读。


如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“原子间距离和模拟时间关系曲线图 ”改了，以后务必注意