关于吉布斯自由能的计算

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-14 11:29:08

请问大神，计算染料分子的基态氧化势，文献中给出的公式如图所示

文献中指出，G0VOC and G+VOC are the Gibbs free energy of the neutral and oxidized molecule in its ground state in gas phase，那么在用Gaussian计算时，是否是分别在气相下对中性分子和阳离子做opt freq计算，在输出文件中的sum of electronic and thermal free energies 即为所求？还需不需要进行频率校正？

后一个括号中的DG0sol and DG+sol are the solvation free energy change of the neutral and oxidized ground state molecule in solution，是否是用Gaussian计算中性和阳离子在溶剂中的最优结构即opt，之后分别在溶剂中和气相中做freq计算，输出文件的sum of electronic and thermal free energies 的差值即为所求？

guoguoupc · 发表于 Post on 2017-5-12 09:03:16

恩，恩，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2017-5-11 14:25:09

guoguoupc 发表于 2017-5-11 09:59
请教，基态氧化势的计算：首先，计算分子在气相下，中性和阳离子的opt freq；然后，计算分子在溶液中，中性 ...

M052X。算溶解自由能是什么泛函和优化是什么泛函完全无关，完全不需要一样

guoguoupc · 发表于 Post on 2017-5-11 09:59:16

请教，基态氧化势的计算：首先，计算分子在气相下，中性和阳离子的opt freq；然后，计算分子在溶液中，中性和阳离子的opt, 然后利用M052X/6-31G* scrf=(smd,solvent=dichloromethane)的单点能减去M052X/6-31G*的单点能，得到溶解自由能。分子在气相优化的时候，采用的是M06泛函；求溶解自由能时，要采用M06泛函？还是用M052X泛函？如果采用后者，虽然在smd下，计算精度最高，但和前面优化气相分子用的不是一个泛函呢？？？

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-24 14:05:47

sobereva 发表于 2015-11-24 12:57
可以
def-TZVP在高斯里就是TZVP

谢谢sob老师耐心的指导

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-24 12:57:22

aristotleemma 发表于 2015-11-24 10:58
sob老师，用M062X泛函，用TZVP或者def2基组来计算单点能，频率计算还使用b3lyp/6-31G** , 可以么？
输 ...

可以
def-TZVP在高斯里就是TZVP

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-24 10:58:39

本帖最后由 aristotleemma 于 2015-11-24 11:00 编辑

sobereva 发表于 2015-11-24 10:07
不对。
M052X/6-31G*仅用于获得溶解自由能，因为SMD溶剂模型在这个级别上精度最好。

sob老师，用M062X泛函，用TZVP或者def2基组来计算单点能，频率计算还使用b3lyp/6-31G** , 可以么？
输入命令：#p M062X/TZVP (或者defTZVP def2TZVP)

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-24 10:07:57

aristotleemma 发表于 2015-11-24 09:32
sob老师，对于我计算的这个体系，用M052X/6-31g*做单点计算，取电子能量，还用b3lyp/6-31g*做振动分析， ...

不对。
M052X/6-31G*仅用于获得溶解自由能，因为SMD溶剂模型在这个级别上精度最好。

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-24 09:32:40

本帖最后由 aristotleemma 于 2015-11-24 09:37 编辑

sobereva 发表于 2015-11-24 09:17
显然算不动。计算量在那个帖子里的图里已经充分体现了，最便宜的CBS-4M都够呛。

sob老师，对于我计算的这个体系，用M052X/6-31g*做单点计算，取电子能量，还用b3lyp/6-31g*做振动分析，然后取频率校正过的ZPE和deltaG, 相加得到气相自由能，这样呢？

kevin · 发表于 Post on 2015-11-24 09:29:43

aristotleemma 发表于 2015-11-24 09:26
http://sobereva.com/221 看看这个帖子

谢谢楼主

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-24 09:26:08

kevin 发表于 2015-11-24 09:19
请问楼主，你的这些校正因子是怎么确定的？我看文献一直没搞明白。

http://sobereva.com/221 看看这个帖子

kevin · 发表于 Post on 2015-11-24 09:19:38

aristotleemma 发表于 2015-11-23 15:42
sob老师，我按照这个方法计算了一个分子的基态氧化势，但是结果好像不太正确，我把过程仔细说一下，希望 ...

请问楼主，你的这些校正因子是怎么确定的？我看文献一直没搞明白。

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-24 09:17:49

aristotleemma 发表于 2015-11-24 09:08
sob老师，我计算的体系是有机染料，每个分子平均70个原子，想采用G4方法，可行么？
计算时输入命令：# G ...

显然算不动。计算量在那个帖子里的图里已经充分体现了，最便宜的CBS-4M都够呛。

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-24 09:08:59

sobereva 发表于 2015-11-23 20:04
“在群里看见这最好不要用弥散函数”这是错误的，根本没有这条。而且优化、频率计算用弥散函数并无什么意义 ...

sob老师，我计算的体系是有机染料，每个分子平均70个原子，想采用G4方法，可行么？
计算时输入命令：# G4 即可？

aristotleemma · 发表于 Post on 2015-11-24 08:51:41

sobereva 发表于 2015-11-23 20:04
“在群里看见这最好不要用弥散函数”这是错误的，根本没有这条。而且优化、频率计算用弥散函数并无什么意义 ...

谢谢sob老师的指点

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