生物计算方面有哪些方向？

xiayu1985 · 发表于 Post on 2021-1-12 19:46:36

本帖最后由 xiayu1985 于 2021-1-12 19:48 编辑

化学理论计算方面，普遍的就是性质和化学反应机理的计算。生物领域中蛋白质结构难以表征，或者表征并不准确（x-ray会破坏某些S-S化学键）,生物理论计算有哪些方向呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-15 07:56:40

xiayu1985 发表于 2021-1-14 11:07
由于对这个领域不熟悉因此对于问题的描述比较模糊。你说了以后，我觉得我想问的应该是“生物理论计算”。 ...

酶催化反应过程、毒性分子致病和药物分子药效机理、蛋白质/核酸结构相关问题（如不同温度、不同溶剂、结合不同分子或离子时结构的差异和构象变化过程）、蛋白质-配体结合稳定性、生物大分子与纳米材料的相互作用、分子穿越生物膜等等。分子对接，蛋白质结构从头预测，同源模建等等有时也都可以算进去

xiayu1985 · 发表于 Post on 2021-1-14 11:07:56

本帖最后由 xiayu1985 于 2021-1-14 11:27 编辑

sobereva 发表于 2021-1-12 20:48
不知道你到底是要问“生物理论计算”还是“生物计算”，后者还牵扯生物信息学相关的东西，而前者的“理论” ...

由于对这个领域不熟悉因此对于问题的描述比较模糊。你说了以后，我觉得我想问的应该是“生物理论计算”。至于哪个范畴，还请sob老师谈一谈，这些领域有哪些，能解决哪些问题？例如化学理论计算有探索反应机理的（属于Gaussian应用），有研究方法的等。目前我看到比较多的是蛋白质折叠，好像alphafold在CASP中取得了很好的成绩。

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-1-13 01:32:32

I don't understand the question but all biological calculation (molecular dynamics for examples) are based on quantum mechanics and molecular mechanics, protein folding and characterization are based on what we find experimentally, I don't know if you mean in this kind of things direction in the calculations

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-12 20:48:05

不知道你到底是要问“生物理论计算”还是“生物计算”，后者还牵扯生物信息学相关的东西，而前者的“理论”我不知道你具体指什么范畴

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[综合交流] 生物计算方面有哪些方向？

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