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[GROMACS] 求助模拟计算苯的密度,在温度距离沸点15K左右时,计算密度和实验值差异过大

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我想用模拟来计算密度和实验值比较来矫正一下立场参数,选的物质是苯

模拟的温度280-350每隔10K取一个点,计算出来的结果在温度较低时还是很准确的,但是在340K和350K的时候,模拟得到的结果感觉最后得到的气体状态的苯的密度,
比如340K时,实验密度是0.83左右,模拟的密度在0.0055,压力都是1bar,但是苯的沸点是353.3K, 想请教一下原因! 是需要调大压力吗,但是实验的密度是在1bar下得到的。

谢谢大家!

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发表于 Post on 2022-5-6 10:44:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-6 09:23
语义不明
密度突变自然对应体积突变,质量是恒定的

谢谢sob老师。我确实模拟出来密度与温度呈现出很好的线性关系,但温度与体积在高温时确实出现了突变。我也在理理思路。
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发表于 Post on 2022-5-6 09:23:15 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2022-5-5 23:44
谢谢sob老师的恢复。25摄氏度以下我也模拟了,因为密度与温度一直都是线性关系,因此我想提高温度看能不 ...

语义不明
密度突变自然对应体积突变,质量是恒定的

另外搞清楚到底想要模拟什么问题,突变到底是什么、可能对应什么,先把物理上的问题考虑清楚
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-5 23:44:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-5 09:02
正丁烷沸点是-1摄氏度,不知道你为什么模拟到700摄氏度

100个分子偏小点

谢谢sob老师的恢复。25摄氏度以下我也模拟了,因为密度与温度一直都是线性关系,因此我想提高温度看能不能看到密度发生突变的一个拐点,然并没有。但是体积发生了相应的突变,这能不能就认为这个突变温度是正丁烷的突变温度
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发表于 Post on 2022-5-5 09:02:46 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2022-5-4 13:01
sob老师,您好。我在模拟纯的正丁烷的沸点时,把模拟温度范围设置为25℃~1000℃,在NPT系综下模拟不同温 ...

正丁烷沸点是-1摄氏度,不知道你为什么模拟到700摄氏度

100个分子偏小点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-5-4 13:01:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-25 20:35
应当先明确研究目的是什么
在很多普适性的力场参数下模拟,能把物质在常温附近的性质描述好就已经不容易, ...

sob老师,您好。我在模拟纯的正丁烷的沸点时,把模拟温度范围设置为25℃~1000℃,在NPT系综下模拟不同温度下正丁烷的密度,最后作图发现:温度与密度、温度与焓程线性关系,而温度与体积在沸点前后都程线性关系,当温度到达700摄氏度以上时出现突变抬升。总的结果是没有模拟到正丁烷的沸点,我正丁烷cell是100个分子,是不是模型太小的原因?
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发表于 Post on 2022-5-1 21:17:28 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-1 15:16
对,也是一样的

谢谢,我试试,看能不能做出自己想要的结果
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发表于 Post on 2022-5-1 15:16:26 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2022-4-30 23:47
若是这样,那也可以不删除分子,把体积增加一半也是可以的吧

对,也是一样的
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2022-5-1 06:47:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-30 23:13
先建一个纯液体的盒子(密度和纯液体相当),再删掉一半的分子。这样相当于是一半液体一半真空,不过和一 ...

若是这样,那也可以不删除分子,把体积增加一半也是可以的吧
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发表于 Post on 2022-4-30 23:13:36 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2022-4-30 14:27
一半液体一半气体这怎么建模?怎么定义气体和液体

先建一个纯液体的盒子(密度和纯液体相当),再删掉一半的分子。这样相当于是一半液体一半真空,不过和一半液体一半气体差不多是一个意思
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-4-30 21:27:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-30 20:52
我没有跑,我只是说理论上肯定会出现突变。
可以试试一开始就让体系是一半液体一半气体,这样确保体系不 ...

一半液体一半气体这怎么建模?怎么定义气体和液体
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发表于 Post on 2022-4-30 20:52:20 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2022-4-30 13:42
但我模拟的温度超过实验值,依然程线性关系,我预想的也是沸点之处会出现突变。您也是用的NPT系综来跑得 ...

我没有跑,我只是说理论上肯定会出现突变。
可以试试一开始就让体系是一半液体一半气体,这样确保体系不会是过热液体,也不会是过冷蒸汽。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-4-30 20:42:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-30 19:58
沸点处密度会突变,如果你看到的是线性关系,说明要么沸点不在你模拟的温度区间内,要么液体出现过热或者 ...

但我模拟的温度超过实验值,依然程线性关系,我预想的也是沸点之处会出现突变。您也是用的NPT系综来跑得么?
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发表于 Post on 2022-4-30 19:58:52 | 只看该作者 Only view this author
xylz6188 发表于 2022-4-30 12:35
您好,楼主,请教一个问题?我摸你正丁烷的沸点,是在恒压变温条件下,通过NPT系综来模拟它们的密度变化, ...

沸点处密度会突变,如果你看到的是线性关系,说明要么沸点不在你模拟的温度区间内,要么液体出现过热或者气体出现过冷,导致本该相变实际却没有相变。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-4-30 19:35:04 | 只看该作者 Only view this author
您好,楼主,请教一个问题?我摸你正丁烷的沸点,是在恒压变温条件下,通过NPT系综来模拟它们的密度变化,最后发现密度、体积与温度呈线性关系,而且线性特别好。但单独从密度来看,无法判断它的沸点到底是哪一个温度,这应该怎么处理。
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