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[VMD] 求助:VMD载入GROMACS的轨迹后进行了一些显示的设置后如果将其保存?

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VMD载入GROMACS的轨迹后进行了一些显示的设置,我想将这些显示设置保存起来,方便下次直接打开调整,请问应该如何保存?

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发表于 Post on 2022-11-3 10:16:26 | 只看该作者 Only view this author

好滴,知道了,谢谢老师~

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发表于 Post on 2022-11-3 08:48:59 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2022-11-2 23:31
老师,您好,我的gromacs程序进行动力学模拟,得到的轨迹文件比较大,显示vmd无法载入1G以上的轨迹文件, ...


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-11-2 23:31:19 | 只看该作者 Only view this author

老师,您好,我的gromacs程序进行动力学模拟,得到的轨迹文件比较大,显示vmd无法载入1G以上的轨迹文件,想请问老师这种情况应该如何处理,辛苦您了

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发表于 Post on 2022-10-26 14:14:20 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2022-10-25 11:46
老师,谢谢您,但是还有一点不太清楚,具有操作时转换轨迹命令是gmx trjconv md.xtc -pbc mol fixmd.xtc ...
显然得带上-f、-o
仔细看help

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发表于 Post on 2022-10-25 11:46:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-24 23:52
看我的动力学培训的ppt

老师,谢谢您,但是还有一点不太清楚,具有操作时转换轨迹命令是gmx trjconv md.xtc -pbc mol fixmd.xtc实现md.xtc到fixmd.xtc轨迹转换吗,但是不能成功,所以想请问老师,是哪里的问题

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发表于 Post on 2022-10-24 23:52:53 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2022-10-24 22:34
老师,您好,我想看一下分子自组装的动画,但是由于有太多轨迹分子造成的联想,导致不能看清分子的聚集情 ...

看我的动力学培训的ppt


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发表于 Post on 2022-10-24 22:34:11 | 只看该作者 Only view this author

老师,您好,我想看一下分子自组装的动画,但是由于有太多轨迹分子造成的联想,导致不能看清分子的聚集情况。想请问这种情况应该如何去除这个连线并且可以看到相应的动画呢

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发表于 Post on 2021-1-29 19:29:09 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-1-27 12:14
老师,我按照您说的保存了一个后缀是.vmd的文件,然后重新打开vmd载入gro 和xtc后,点file-load visualiz ...

直接载入.vmd文件,自动就会载入gro和轨迹,不要手动载入
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-27 17:02:54 | 只看该作者 Only view this author
邱美佳 发表于 2021-1-27 12:14
老师,我按照您说的保存了一个后缀是.vmd的文件,然后重新打开vmd载入gro 和xtc后,点file-load visualiz ...

我只载入gro和.vmd文件,不载入xtc就不会出现软件闪退的问题。是不是这个保存显示设置只能保存一帧,不能保存轨迹的呀?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-27 12:14:27 | 只看该作者 Only view this author

老师,我按照您说的保存了一个后缀是.vmd的文件,然后重新打开vmd载入gro 和xtc后,点file-load visualization state 载入vmd之后软件老是闪退,这是什么原因呢?

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发表于 Post on 2021-1-27 10:32:37 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2021-1-27 09:14:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 snljty 于 2022-10-25 11:59 编辑

VMD main窗口 Save Visualization State

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发表于 Post on 2021-1-27 08:34:02 | 只看该作者 Only view this author
http://sobereva.com/545

但要自己写命令,但我也不会
又菜又爱玩

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