关于MOF建模

Nana

我实在太笨了，始终还是没搞明白怎么用MS来搭建MOF。

我们做实验做出来了一种MOF,与文献上的结构是一样的，但是文献中并没有给出这个MOF具体的结构，只给了这一个示意图。

我想问一下，要在MS中到底应该怎么才能建立出一个MOF结构呢。实在是不知道怎么做。

以下是我的错误做法
因为我们做出的这个晶体有做XRD，我参照教程中的根据XRD实验数据来反解晶体结构。
首先导入XRD数据，去除背底，平滑，指标化，然后解出晶胞参数，建立一个空晶胞。

第二步，我把这个MOF分子看作是由很多重复单元构成的，于是把一个小单元看作MOF分子的分子。
优化我画出来的分子，我采用的是forcite模块。

第三步，把优化完的分子放到空胞中，经过10cycle，最终得到的结构就是这样的。

一整套做下来，我始终觉得怪怪的。希望大家能指点下我，应该怎样搭建一个MOF分子，因为我觉得我始终搭建的并不是个MOF，而是一个有机金属小分子结构了。
谢谢大家。

丁越

在袁大强老师的微信公众号：“孔道”  里有两篇他写的关于MOF和COF材料建模的介绍，里面介绍了三款这方面的建模软件，大家可以参考一下。以及在这个微信公众号中的这篇文章《Zeo++: 多孔材料孔结构性质的高通量分析软件》

丁越

Materials Studio 在多孔框架材料研究中的初步应用 - 道客巴巴 https://m.doc88.com/p-6931338509834.html
可以看看这个，另外这个老师有个微信公众号：孔道

王秦星

我也在做MOF的模拟，搞了好几个月也没做出结构来（做一些自己预想的结构）。我刚开始也是用MS试着画一些已经有cif文件的晶体，但我没用它的参数试着自己做单体做晶体，但还是搞不对。听人说可以用聚合物做晶体，但不晓得具体怎么做。

kevin

zyj19831206 发表于 2015-11-20 14:02
很多分子筛结构MS里都有的，你可以自己去选择，没有的结构可以去分子筛数据库里面寻找。

老师，还有两个问题，

问题1：MS可以导出cif文件，Gaussain也能打开，但是分子太多了，感觉软件都要崩了。我在网上搜了说可以用VESTA软件转成gif格式再用GV打开。请问还有其他方法么？

问题2：我是能找到催化记得结构了，比如ZSM-5是MFI结构分子筛，我怎么确定MS里打开的MFI就是我要的ZSM-5或H-ZSM-5呢？基础太薄，对分子筛的这些了解不是很多，如果有帖子或书什么的麻烦老师给推荐下。

我是个问题少年，谢谢老师了

kevin

zyj19831206 发表于 2015-11-20 14:02
很多分子筛结构MS里都有的，你可以自己去选择，没有的结构可以去分子筛数据库里面寻找。

恩恩，谢谢老师，我还一直以为是CCDC里有，一直也没找到,你一说我就搜到分子筛数据库了，我去好好找找我想要的结构。

zyj19831206

kevin 发表于 2015-11-20 14:00
老师我也有个问题想请教一下，我也想算一下分子筛的催化，之前都没算过，看过几篇文献，我想问，催化剂的 ...

很多分子筛结构MS里都有的，你可以自己去选择，没有的结构可以去分子筛数据库里面寻找。

kevin

zyj19831206 发表于 2015-11-19 19:01
你的意思是完全自己设计一个新的MOF结构，那么你看看那篇文献是怎么做的，否则自己乱做，只会浪费时间， ...

老师我也有个问题想请教一下，我也想算一下分子筛的催化，之前都没算过，看过几篇文献，我想问，催化剂的结构是可以有地方copy过来么（比如CCDC)还是自己在GV里构建(我现在还只会用点Gaussian)?谢谢老师了

zyj19831206

Nana 发表于 2015-11-18 09:43
嗯嗯，就是没有cif..所以完全不知道如何下手

你的意思是完全自己设计一个新的MOF结构，那么你看看那篇文献是怎么做的，否则自己乱做，只会浪费时间，事倍功半。

Nana

zyj19831206 发表于 2015-11-17 20:56
没有mof 的cif 文件吗？

嗯嗯，就是没有cif..所以完全不知道如何下手

zyj19831206

没有mof 的cif 文件吗？