求助：GAFF力场的二面角扭转势能

现在就好 · 发表于 Post on 2021-2-24 15:56:11

各位老师好，本人在用动力学模拟的方法做一个有关小分子中二面角扭转的课题，其中小分子力场是用GAFF力场构建的。然后审稿人提了这样一个问题（如图），我有点看不明白他想让干嘛。

希望各位老师帮帮忙，它是让在GAFF力场里面计算扭转势能？拜托了，谢谢大家

现在就好 · 发表于 Post on 2021-3-15 11:34:36

sobereva 发表于 2021-3-11 01:06
原理上，势能曲线上算各个点的QM能量用的是什么结构，算MM能量就用什么结构
如果说你不想在柔性扫描的时 ...

谢谢老师的回复

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-11 01:06:02

现在就好发表于 2021-3-10 09:51
请问Sob老师，在和QM扭转势对比的时候，做的力场的扭转势时是要固定角度优化其他原子所得到的势能项吗？

原理上，势能曲线上算各个点的QM能量用的是什么结构，算MM能量就用什么结构
如果说你不想在柔性扫描的时候让其它项的影响掺进去，把无关的一些键长键角冻结也可以

现在就好 · 发表于 Post on 2021-3-10 09:51:00

sobereva 发表于 2021-2-25 12:54
用量化做柔性扫描（见下文），和力场的这个扭转势进行对比，检验力场的合理性
详谈使用Gaussian做势能面扫 ...

请问Sob老师，在和QM扭转势对比的时候，做的力场的扭转势时是要固定角度优化其他原子所得到的势能项吗？

现在就好 · 发表于 Post on 2021-2-26 09:06:15

k64_cc 发表于 2021-2-26 08:49
先不用管torsion。先拿QM扫描二面角，再用MM拿到QM scan结果的总能量，和QM能量对比。

相差较远的时候 ...

非常感谢老师的帮助。请问老师这个MM的能量获取的办法用Amber可以得到吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-2-26 08:49:02

现在就好发表于 2021-2-25 22:42
非常感谢sob老师的回复，但是老师我还想请教一下力场的扭转势怎么做呀，谢谢老师。

先不用管torsion。先拿QM扫描二面角，再用MM拿到QM scan结果的总能量，和QM能量对比。

相差较远的时候可以通过tune二面角参数减小差距。

现在就好 · 发表于 Post on 2021-2-25 22:42:01

sobereva 发表于 2021-2-25 12:54
用量化做柔性扫描（见下文），和力场的这个扭转势进行对比，检验力场的合理性
详谈使用Gaussian做势能面扫 ...

非常感谢sob老师的回复，但是老师我还想请教一下力场的扭转势怎么做呀，谢谢老师。

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-25 12:54:21

用量化做柔性扫描（见下文），和力场的这个扭转势进行对比，检验力场的合理性
详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474（http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html）

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