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[新手求助] 二氧化硅与水、钠离子的弱相互作用优化收敛问题

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各位老师们好,初学gaussian,关于二氧化硅与水、钠离子的弱相互作用优化收敛问题想请假一下。我用了二氧化硅团簇、一个钠离子、一个水分子(MS导入为mol文件),总共55各原子。在gaussian上设置相关参数后,用的40核192G内存的机子进行构型优化和频率计算,想得到二氧化硅与水分子和钠离子之间的相互作用。但是跑了两天多,还是没计算完成(没有报错,但一直在运行)。然后我根据sob老师的解决几何优化不收敛的文章对关键词进行了修改,opt=loose也试过了,也是运算很久,个人想法是构型出现了问题,但不知道哪里有错,望老师们能指导。如果有什么表述不清楚的,我会继续修改问题,谢谢!!!

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二氧化硅、钠离子、水分子体系

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发表于 Post on 2021-3-2 12:30:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-1 16:00
PM6对这个体系不怎么靠谱,而且还是没带色散校正的情况

3-21G就太糟糕了,因为还达不到能定性正确描述 ...

嗷,是我无知了,谢谢指正
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 22:11:24 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-1 21:52
这种体系不建议用clean,clean只对比较小的、常见的分子可靠,对较大或者不常见的分子,可能clean后的结 ...

好的 谢谢 我再试试 感谢化学公社每一位热心解答的老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 22:09:46 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-3-1 21:52
这种体系不建议用clean,clean只对比较小的、常见的分子可靠,对较大或者不常见的分子,可能clean后的结 ...

好的 谢谢 我再试试 感谢化学公社每一位解答的老师

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发表于 Post on 2021-3-1 21:52:38 | 只看该作者 Only view this author
zzzco 发表于 2021-3-1 18:03
sob老师,我的课题是二氧化硅与阳离子(盐溶液)之间的相互作用过程,用了分子模拟后打算继续用量化加点 ...

这种体系不建议用clean,clean只对比较小的、常见的分子可靠,对较大或者不常见的分子,可能clean后的结构比clean之前还不合理。
建议在MS里用UFF优化结构,然后导入GaussView,不clean直接算。如果初始团簇足够合理,连UFF优化都可以省。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 18:03:38 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zzzco 于 2021-3-1 18:26 编辑
sobereva 发表于 2021-3-1 16:01
已经说了,当前模型根本没意义,说耗时多少也没意义

顺带一提,恰当模型下,可以把底层(不与Na和水直 ...

sob老师,我的课题是二氧化硅与阳离子(盐溶液)之间的相互作用过程,用了分子模拟后打算继续用量化加点深度,然后结合宏观实验做一个讨论。量化模型的合理性和可靠性是我一直在努力的,我是用的MS软件中自带的无定形二氧化硅构建的4.5埃的团簇,本来是类似于圆形的,先MS的clean,保存成mol文件,再Gaussian上用clean,就变成了不是圆形状的二氧化硅团簇了。请问老师有什么好的建议吗

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发表于 Post on 2021-3-1 16:01:55 | 只看该作者 Only view this author
zzzco 发表于 2021-3-1 14:37
好的,sob老师,昨天的收敛结果我看错了,是电脑出bug了,看了fchk文件后,还没计算成功,而且计算freq本 ...

已经说了,当前模型根本没意义,说耗时多少也没意义

顺带一提,恰当模型下,可以把底层(不与Na和水直接接触的)二氧化硅的原子用相对小一些的6-31G*
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-3-1 16:00:10 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-1 14:51
不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq,你应该先预优化一下,比如先 opt pm6,然后 opt B3LYP/3-21G,逐 ...

PM6对这个体系不怎么靠谱,而且还是没带色散校正的情况

3-21G就太糟糕了,因为还达不到能定性正确描述体系的程度,拿它预优化比起不做预优化,最终总耗时甚至更高
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 15:28:28 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-3-1 14:51
不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq,你应该先预优化一下,比如先 opt pm6,然后 opt B3LYP/3-21G,逐 ...

明白了 我现在改 谢谢指导!!

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发表于 Post on 2021-3-1 14:51:26 | 只看该作者 Only view this author
zzzco 发表于 2021-3-1 14:37
好的,sob老师,昨天的收敛结果我看错了,是电脑出bug了,看了fchk文件后,还没计算成功,而且计算freq本 ...

不要一上来就 B3LYP/6-311G** opt freq,你应该先预优化一下,比如先 opt pm6,然后 opt B3LYP/3-21G,逐步加大基组,这样可以节约大量时间。
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 14:37:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-28 20:11
你都说是钠离子了,显然整体应当带一个正电荷

好的,sob老师,昨天的收敛结果我看错了,是电脑出bug了,看了fchk文件后,还没计算成功,而且计算freq本身也比较耗时,白高兴了。。。另外请教一下sob老师,这个体系计算大概需要多久,假设构型没出错,也按照老师给的关键词写输入文件(如果我能早点知道不收敛就可以早点改,像之前算了两三天等不来)

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发表于 Post on 2021-2-28 20:11:17 | 只看该作者 Only view this author
zzzco 发表于 2021-2-28 19:20
您好,是这样的,我弄了两个文件,一个是有电荷,一个是无电荷。我是看了sob老师的文章才知道怎么加电荷

你都说是钠离子了,显然整体应当带一个正电荷
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-28 19:20:36 | 只看该作者 Only view this author
北大-陶豫 发表于 2021-2-28 14:50
楼上说得很好了,我再补充一点。你为什么是无电荷 doublet,不应该是 +1 电荷 singlet 吗?doublet 的话就 ...

您好,是这样的,我弄了两个文件,一个是有电荷,一个是无电荷。我是看了sob老师的文章才知道怎么加电荷

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-28 17:23:29 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-28 14:14
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

按照freeman老师和sob老师的修改建议,我已改正,并且收敛了。非常感谢老师们。sob老师让看的文章我之前都有看过,是学习不到位,我会继续努力。临近毕业,我需要用gaussian算很少的一部分数据,很多操作上确实不熟练,见笑了。还有,sob老师,我报了您这届的班,但要写论文,所以去不了,我想单独请教我体系的问题,不知私聊您可好?

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发表于 Post on 2021-2-28 14:50:29 | 只看该作者 Only view this author
楼上说得很好了,我再补充一点。你为什么是无电荷 doublet,不应该是 +1 电荷 singlet 吗?doublet 的话就不得不用 ub3lyp,比 rb3lyp 又慢一大截
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
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