travis MD轨迹分析时correlation depth的意思求助

一条君 · 发表于 Post on 2021-3-7 16:20:26

本帖最后由一条君于 2021-4-19 10:28 编辑

用travis 做分子动力学轨迹分析，输入文件是由vmd或gmx trjconv将xtc转成pdb格式，均出现报错提示Warning: Unexpected end of PDB file ；Error: Atom count = 0 at time step 2003，请问原因是，如何解决？是否转换格式出了问题，谢谢

（2）另外，a、Enter the physical time distance between successive trajectory frames in fs:——是输入帧间隔时间？轨迹是2ps一帧，所以这里填2000吧；
b、Enter the correlation depth of the DACF(Dimer Existence Autocorrelation Functions) in trajectory frames: [2250]，不太理解correlation depth意思，是选择哪帧开始的意思吗，默认2250，输入1结果好像不太对

Travis输入文件和运行日志见附件，谢谢

1279127246 · 发表于 Post on 2024-5-22 18:36:56

非大佬，仅个人经验：
correlation depth基本决定了你最终结果地时间尺度，这里输入的数字➗20大概就是你追踪了多久的msd。至于为什么名字里有个correlation……我依稀记得（不知在哪里，想不起来了也找不到了）看过TRAVIS计算msd是把全部的帧分成3部分然后再怎么怎么计算。所以大概是要考虑计算结果的准确性而不显式地分析了相关性。
我一般这里就用它默认地值就行（直接回车）。如果要自己设置的话，根据TRAVIS的要求，这个值不要超过总步数的30%。

qiyan · 发表于 Post on 2023-12-21 17:13:40

本帖最后由 qiyan 于 2023-12-21 17:23 编辑

请问大佬，这个报错会对结果产生影响嘛，怎么样可以消除这个呢，期待您的回复，我用的时gmx trjconv -f npt2.trr -s npt2.tpr -b 10000 -e 20000 -dt 1 -o npt.pdb -pbc nojump -ur compact -center

lihongyu · 发表于 Post on 2021-10-10 20:14:40

travis MD轨迹分析时correlation depth的意思求助
这个问题你解决了嘛
可以要一个联系方式嘛，想交流一下TRAVIS的使用

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