MD模拟的系综和有关格式转换问题

gongxd325 · 发表于 Post on 2021-3-19 16:42:12

本帖最后由 gongxd325 于 2021-3-19 18:31 编辑

请教几个使用xtb时遇到的问题：

（1）xtb做MD模拟时，假如不设置系综或者设NVT=false，模拟的是什么系综？文档里没有说明，查了输出结果，里面也没发现系综的相关信息。xtb能不能用NPT系综做MD模拟？

（2）有盒子信息的pdb文档如何转换为Turbomole的coord格式？coord是xtb采用的周期性坐标输入格式，试了OpenBabel（可以pdb->xyz，但没有3D信息）和MultiWFN好像都不能。

（3）用MultiWFN把一系列pdb文件转为xyz格式，是否可以用批处理？过程中有一步需要确认输出文件名（默认回车），不知道在控制文档中如何处理？
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2
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？
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谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-23 21:50:40

bobosiji 发表于 2021-3-23 12:05
"xtb做周期性AIMD我没什么经验，用CP2K跑GFN1-xTB的NPT的AIMD是没问题的"
xtb 和 CP2K跑GFN1-xTB 都可 ...

CP2K可以，很理想

xtb似乎可以，但似乎做得比较初级。我没实际试过不便评论

bobosiji · 发表于 Post on 2021-3-23 12:05:53

sobereva 发表于 2021-3-19 18:55
1 当前语境下NVT控制的是是否用热浴。false就不用热浴。xtb做周期性AIMD我没什么经验，用CP2K跑GFN1-xTB的N ...

"xtb做周期性AIMD我没什么经验，用CP2K跑GFN1-xTB的NPT的AIMD是没问题的"
xtb 和 CP2K跑GFN1-xTB 都可以在模拟里用周期性边界条件了么？可以模拟周期性材料比如石墨烯、MoS2
了么？多谢提点~

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-20 21:17:27

gongxd325 发表于 2021-3-19 20:56
谢谢Sob老师！
我是想用xTB的GFNFF对较大体系做MD模拟（分子量约3-6万，原子数3-5千的体系）。
不知道C ...

有点费劲

gongxd325 · 发表于 Post on 2021-3-19 23:05:03

Lacrimosa 发表于 2021-3-19 19:56
之前论坛里有人写过xyz转coord格式的脚本，具体在哪个帖子里我找不到了。脚本在这里

谢谢！

gongxd325 · 发表于 Post on 2021-3-19 20:56:07

sobereva 发表于 2021-3-19 18:55
1 当前语境下NVT控制的是是否用热浴。false就不用热浴。xtb做周期性AIMD我没什么经验，用CP2K跑GFN1-xTB的N ...

谢谢Sob老师！
我是想用xTB的GFNFF对较大体系做MD模拟（分子量约3-6万，原子数3-5千的体系）。
不知道CP2K用GFN1-xTB模拟这样的体系是不是可能，速度怎样？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-19 19:56:24

之前论坛里有人写过xyz转coord格式的脚本，具体在哪个帖子里我找不到了。脚本在这里

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-19 18:55:30

1 当前语境下NVT控制的是是否用热浴。false就不用热浴。xtb做周期性AIMD我没什么经验，用CP2K跑GFN1-xTB的NPT的AIMD是没问题的

2 Multiwfn不支持coord格式，也没打算支持。自己写个小程序转换即可，很简单

3 可以，而且很容易，在此基础上举一反三
一键把所有gjf文件转成xyz文件、把所有Gaussian输出文件转成gjf文件的脚本
http://sobereva.com/530

输入回车的那行留空即可

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